Trong quá trình thực hiện việc thu hồi đất nông nghiệp cho nhiều mục đích khác nhau, trong đó chủ yếu là để phát triển các khu công nghiệp, đô thị và các công trình công cộng đã tồn tại không ít những khó khăn, hạn chế cần phải khắc phục, cụ thể như sau:
- Diện tích đất nông nghiệp bị thu hồi hầu hết là vùng đất tốt, có điều kiện thuận lợi cho canh tác, trong khi các diện tích đất đền bù là đất xấu, cách xa khu dân cư và điều kiện hạ tầng phục vụ sản xuất còn nhiều khó khăn.
- Việc thực hiện định giá bồi thường đất cũng như tài sản trên đất chưa phù hợp với giá thị trường và yêu cầu thực tế của việc chuyển đổi nghề nghiệp cho người nông dân.
- Một số địa phương chạy theo phong trào phát triển các khu công nghiệp, khu đô thị mà chưa cân nhắc đến hiệu quả; hoặc phát triển công nghiệp, dịch vụ bằng mọi cách mà chưa chú ý đúng mức đến tác động đối với người nông dân.
- Hiện tượng quy hoạch treo, quy hoạch các khu đô thị, khu công nghiệp tràn lan là khá phổ biến. Quá trình quy hoạch chuyển đổi mục đích sử dụng cũng như thẩm định các phương án sử dụng đất và xây dựng phương án bồi thường chưa thực sự khoa học, thiếu sự tham gia đầy đủ của các ngành, các tổ chức có liên quan hoặc đại diện cho quyền lợi của người nông dân.
- Thời gian triển khai công tác thu hồi đất kéo dài nhiều năm gây bất lợi đến tâm lý cũng như việc ổn định đời sống và việc làm của các hộ nông dân có đất nông nghiệp nằm trong diện bị thu hồi. Các yếu tố trượt giá hầu như chưa được tính đến trong định giá bồi thường, hỗ trợ cho người nông dân.
- Công tác tuyển dụng lao động tại các địa phương có đất bị thu hồi chưa thực sự hiệu quả. Do vậy, lao động nông nghiệp nhìn chung không đáp ứng được
yêu cầu của doanh nghiệp. Hầu hết các lao động nông nghiệp vẫn giữ nguyên nghề cũ sau khi đất sản xuất bị thu hồi; chỉ có một tỷ lệ rất nhỏ (khoảng vài %) chuyển sang nghề mới và tìm được việc làm ổn định. Có tới 67% số lao động nông nghiệp bị thu hồi đất vẫn giữ nguyên nghề sản xuất nông nghiệp; 13% chuyển sang nghề mới và khoảng 20% không có việc làm hoặc có việc làm nhưng không ổn định. So sánh với các lao động thuộc ngành phi nông nghiệp, lao động làm thuê và công nhân thì cơ hội của những người này chuyển sang nghề mới lớn hơn nhiều. Việc làm và thu nhập của các hộ sống chủ yếu dựa vào sản xuất nông nghiệp (chiếm tới 60%) là đối tượng bị tác động lớn nhất sau khi thu hồi đất và gặp nhiều khó khăn trong tìm kiếm việc làm mới. 53% số hộ có thu nhập giảm so với trước kia khi bị thu hồi đất nông nghiệp, chỉ có 13% số hộ có thu nhập tăng hơn trước [29, tr.53].
- Đội ngũ cán bộ làm công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng tại các địa phương vừa thiếu, vừa yếu, dẫn đến hiện tượng không giải đáp rõ những thắc mắc của người dân hoặc áp dụng không đúng chính sách, chế độ bồi thường, hỗ trợ làm ảnh hưởng đến quyền lợi của người bị thu hồi đất.
- Trong quá trình bồi thường, hỗ trợ tái định cư, nhiều nơi lại thiên về bảo vệ quyền lợi của nhà đầu tư mà chưa cân đối quyền lợi của người dân bị thu hồi đất.
2.2. Bảo đảm quyền con ngƣời cơ bản của nông dân bị thu hồi đất nông nghiệp tại Việt Nam