Trong nghiên cứu này, khoảng cách di truyền giữa 5 mẫu so sánh đã được tính toán theo bộ dữ liệu tổng hợp của vùng nucleotide trnH-psbA dài 300 bp. Trình tự ADN đoạn gen trnH-psbA của 5 loài lựa chọn (bảng 2.1). Sau khi được so sánh, cắt bỏ các phần không trùng khớp hai đầu thì còn lại 1 đoạn ADN dài 262 nucleotit, trong đó phần trăm các ba-zơ tương ứng được thể hiện ở bảng 3.2.
Bảng 3.2. Thành phần các base (%) c a loài nghiên cứu
T C A G Total H. racoploea 38.0 15.1 32.2 14.7 245 H. parviflora 38.4 14.3 33.1 14.3 245 H. mollissima pA ab1 33.7 14.2 33.2 19.9 246 Pteleopsis 40.2 12.1 32.4 15.3 281 Shorea robusta 32.4 14.2 39.3 14.1 262
Các tính toán về khoảng cách di truyền được thực hiện trên phần mềm MEGA 5.01 theo các thông số mặc định và mô hình hiệu chỉnh của Kimura, khoảng cách di truyền được tính theo cả đột biến hoán đổi (transition) nucleotide A - T hoặc G - C và hoán vị (tranversion) nucleotide A - C hoặc A - G hoặc T - C hoặc T - G. Dữ liệu ADN được coi là các trình tự tương đồng (homologous) có ngh a là các loài tiến hóa từ một tổ tiên.
Bản 3.3. Hệ số s á ữ ặ ỷ á l s sán . 1 2 3 4 5 1.H. racoploea 2.H. parviflora 0,013 3.H. mollissima pA ab1 0,074 0,079 4.Pteleopsis 0,273 0,261 0,369 5.Shorea robusta 0,670 0,653 0,749 0,718
ết quả phân tích về khoảng cách di truyền cho thấy đúng như dự đoán, 3 loài cùng chi Sao (Hopea) có khoảng cách di truyền thấp hơn hẳn cho với 2 loài còn lại (dao động từ 0,013 đến 0,079), đặc biệt 2 loài H. racoploea và H. parviflora là 2 loài đặc hữu đều có nguồn gộc từ Ấn Độ nên khoảng cách di truyền của chúng là thấp hơn hẳn (0,013), so với loài Hopea mollissima của
Việt Nam là 0,074 với H. racoploea và 0,079 với H. parviflora.
3.2.6. Xây d ng cây phát sinh ch ng loại
Từ kết quả về sự sai khác về trình tự nucleotide vùng trnH-psbA giữa Sao mặt quỷ với các loài được dùng so sánh, sơ đồ mối quan hệ di truyền giữa 5 loài này được thiết lập (hình 3.11). Sơ đồ đã thể hiện mối quan hệ giữa 3 loài cùng chi Hopea là gần g i hơn, thể hiện bằng nhóm chung trong cùng 1
nhóm. Hai loài còn lại là Pteleopsis anisoptera và Shorea robusta là 2 loài khác hẳn nhau về chi nên đã được thể hiện bằng 2 nhánh riêng biệt.
Hình 3.11. Mối quan hệ di truyền của Sao mặt quỷ với 1 số loài khác trên cơ sở phân tích trình tự vùng trnH - psbA bằng phương pháp
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
1. Kết luận
Qua quá trình tiến hành nghiên cứu, chúng tôi đã thu được các kết quả chính như sau:
1.1. Đã xây dựng được bản mô tả loài Sao mặt quỷ (Hopea mollissima
C.Y.Wu, 1957) ở Việt Nam, kèm theo một số thông tin về phân bố, sinh thái và giá trị tài nguyên, phân biệt với Sao hòn gai.
1.2. Nhân bản thành công vùng gen trnH – psbA của loài Sao mặt quỷ ở Việt Nam.
1.3. Đã giải mã và phân tích được trình tự gen trnH – psbA của loài Sao mặt quỷ ở Việt Nam.
1.4. Xây dựng được mối quan hệ di truyền của loài Sao mặt quỷ với một số loài khác thuộc chi Sao, họ Dầu.
2. K ến n ị
Hiện nay, các loài cây họ Dầu (Dipterocarpaceae) nói chung và Sao mặt quỷ nói riêng đang đứng trước nguy cơ bị đe dọa tuyệt chủng nghiêm trọng. Cho nên, cần có các nghiên cứu sâu hơn về các đặc tính sinh học c ng như những dẫn liệu di truyền ở cả cấp độ quần thể và loài, phục vụ công tác bảo tồn và phục hồi hiệu quả, góp phần bảo vệ đa dạng sinh học và phát triển kinh tế.
TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Tài liệu tiếng Việt
1. Nguyễn Tiến Bân (1997), Cẩm nang tra cứu và nhận biết các họ thực vật hạt kín ở Việt Nam, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội.
2. Nguyễn Tiến Bân & nnk (2007), Sách đỏ Việt Nam, Phần II (Thực vật), tr. 174-175, Nxb KHTN & CN, Hà Nội.
3. Bộ khoa học và Công nghệ Việt Nam (2007), Danh lục đỏ Việt Nam,
Nxb KHTN & CN, Hà Nội.
4. Lê Mộng Chân, Lê Thị Huyên (2000), Thực vật rừng, Nxb Nông
Nghiệp, Hà Nội.
5. Võ Văn Chi – Trần Hợp, Cây cỏ có ích ở Việt Nam, tập 2, Nxb Giáo
dục, Hà Nội.
6. Nguyễn im Đào (2003), Danh lục các loài thực vật Việt Nam, tập 2, (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
tr.333, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội.
7. Hồ Huỳnh Thuỳ Dương (2008), Sinh học phân tử, tr. 136, Nxb Giáo
dục, Hà Nội.
8. Phạm Hoàng Hộ (1999), Cây cỏ Việt Nam, tập 1, tr.439, NXB Trẻ, Tp
Hồ Chí Minh.
9. Viện điều tra quy hoạch rừng (1978), Cây gỗ rừng Việt Nam, tập 4, tr.130, Nxb Nông Nghiệp, Hà Nội.
10. Viện điều tra quy hoạch rừng, Bộ Lâm nghiệp (1995), Công trình Khoa
học kỹ thuật điều tra quy hoạch rừng (1991-1995), Nxb Nông nghiệp,
2. Tài liệu tiếng Anh
11. Ashton, P.S. (2004). Dipterocarpaceae. In Tree Flora of Sabah and Sarawak, Volum 5. Soepadmo, E. Saw, L G. and Chung, R. C. K. eds. Government of Malaysia, Kuala Lumpur, Malaysia. ISBN 983-2181-59-3. 12. Ashton, PS Dipterocarpaceae Flora Malesiana 1982 Series I, 92:. 237-552 13. Ashton, P. (1998). Hopea mollissima. In: IUCN 2011. IUCN Red List of
Threatened Species. Version 2011.2.
14. Lecomte, H. (Resdacteur) (1923), Flore Generale de I’ Indo-Chin, Vol 2, pp 479-496.
15. Li Hsiwen – editor (1990), “Dipterocarpaceae”, Flora Reipublicae
Popularis Sinicae, pp. 114-131, Published by Science Press (Beijing)
16. Sanger F., Nicklen S., Coulson A.R., 1977: DNA sequencing with chain - terminating inhibitors, Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 74 (12): 5463 - 5468. 17. S. Indrioko, O. Gailing, R. Finkeldey (2006). "Molecular phylogeny of
Dipterocarpaceae in Indonesia based on chloroplast DNA". Plant Systematics and Evolution 261 (1-4): 99–115.
18. Xavier J. L., (2000): A rapit method for plant genomic instability using Unanchored - Microsatellite primer. Plant Molecular Biology Reporter 18: 283a - 283g.
19. Xi-wen Li, Jie Li & Peter S. Ashton (2007), "Dipterocarpaceae". in Flora of China Vol. 13 Page 48. Published by Science Press (Beijing)
and Missouri Botanical Garden Press.
3. Tài liệu internet
20. http://tropicos.org/
MỤC LỤC
MỞ ĐẦU ... 1
Lý do chọn đề tài ... 1
ục đích của đề tài ... 2
ngh a khoa học và thực tiễn ... 2
Điểm mới của đề tài ... 2
CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ... 4
1.1. Giới thiệu về en (Vùn đệm) trnH-psbA ... 4
1.2. Lƣợc sử nghiên cứu ... 5 (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});
1.2.1. Trên thế giới ... 5
1.2.2. Ở Việt Nam ... 5
CHƢƠNG 2. ĐỐI TƢỢNG, THỜI GIAN VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ... 7
2.1. Đố ƣợng nghiên cứu ... 7
2.2. Đị đ ểm nghiên cứu ... 7
2.3. Thời gian nghiên cứu ... 8
2.4. P ƣơn p áp n ên ứu ... 8
2.4.1. Phương pháp phân loại bằng hình thái học ... 8
2.4.2. Phương pháp đọc trình tự gen ... 8
2.4.2.1. Sơ đồ nghiên cứu ... 9
2.4.2.2. Phương pháp tách chiết ADN tổng số. ... 9
2.4.2.3. Phương pháp điện di ADN trên gel agarose ... 11
2.4.2.4. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction) ... 12
2.4.2.5. Phương pháp đọc trình tự nucleotide ... 13
2.4.3. Phương pháp phân tích số liệu ... 14
3.1. Đặ đ ểm loài Sao mặt quỷ ở Việt Nam ... 15
3.1.1. Đặc điểm hình thái... 15
3.1.2. Đặc điểm sinh học - sinh thái ... 20
3.1.3. Phân bố, hiện trạng và giá trị tài nguyên ... 20
3.2. Trình t gen trnH-psbA c a loài Sao mặt quỷ ... 21
3.2.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số ... 21
3.2.2. Kết quả nhân bản gen trnH-psbA bằng PCR ... 22
3.2.3. Kết quả giải trình tự gen trnH-psbA... 23
3.2.4. So sánh trình tự nucleotide mẫu nghiên cứu với một số loài khác thuộc họ Dầu (Dipterocarpaceae). ... 24
3.2 5. Khoảng cách di truyền giữa các mẫu nghiên cứu ... 26
3. 2. 6. Xây dựng cây phát sinh chủng loại ... 27
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ... 29
PHỤ LỤC
Các công trình nghiên cứ l ên n đến khóa luận
Báo cáo tại: “Hội nghị sinh viên nghiên cứu khoa học các trường ĐHSP toàn quốc lần thứ VI”. (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});