Bộ Công thương ban hành Nghị định số 87/BTC-NĐ-KB ngày 14 tháng 4 năm 1955 của Bộ công thương về việc thành lập Sở Hải quan Hải Phòng., bao gồm các đơn vị trực thuộc: phòng Tổ chức cán bộ; phòng Hành chính quản trị; phòng Giám quản hàng hoá xuất nhập khẩu và công cụ vận tải xuất nhập cảnh; phòng Kiểm hoá và thuế – Giá biểu; Phòng Kiểm nghiệm hàng hoá; phòng Kiểm soát và xử lý; phòng Thuyền vụ làm nhiệm vụ bảo quản, điều động phương tiện thuỷ các loại để phục vụ công tác kiểm soát, sửa chữa, đóng mới tầu thuyền; đội Kiểm soát, giám sát vùng duyên hải; đội Thương cảng; phòng Hải quan Hòn Gai; phòng Hải quan Cửa Ông; phòng Hải quan Diêm Điền; phòng Hải quan Đồ Sơn; phòng Hải quan Cát Bà; phòng Quản lý xuất nhập khẩu.
Trải qua nhiều sóng gió và nhiều lần đổi tên năm 1994,Hải Quan thành phố Hải phong được đổi tên thanh Cục Hải Quan Hải Phòng.
Đến nay Cục Hải quan Hải Phòng gồm 20 đơn vị trực thuộc bao gồm: 09 chi cục Hải quan cửa khẩu và ngoài cửa khẩu, 08 phòng ban tham mưu, 03 đơn vị tương đương (Trung tâm DL&CNTT là đơn vị tương đương cấp phòng; Đội KSHQ là đơn vị tương đương cấp Chi cục và Chi cục kiểm tra sau thông quan là Chi cục thực hiện chức năng riêng biệt) để phù hợp với tnh hình mới.
Trải qua hơn nửa thế kỷ trưởng thành và phát triển, Cục Hải quan thành phố Hải Phòng trở thành một đơn vị điển hình của Hải quan Việt Nam với rất nhiều thành tích xuất sắc. Đặc biệt trong thời kỳ đổi mới, Hải quan Hải Phòng đã phát huy nội lực, sáng tạo, áp dụng khoa học công nghệ tiên tiến vào quản lý nhà nước về hải quan; liên tục là đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua toàn ngành Hải quan.