Rủi ro tín dụng phát sinh khi NHTM cấp tín dụng cho người xuất khẩu, nhập khẩu nhưng đối tác không thực hiện được cam kết như đã thoả thuận khiến cho NH không thu hồi được vốn đúng hạn hoặc không thể thu hồi vốn hoặc phải bỏ ra nhiều chi phí để thu hồi lại khoản vốn đó. Rủi ro này chủ yếu trong phương thức tín dụng chứng từ.
Nhìn chung các doanh nghiệp Việt Nam chủ yếu là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, vốn ít và các NHTM Việt Nam là nhà tài trợ chủ yếu cho các hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu của doanh nghiệp thông qua phương thức tín dụng chứng từ. Trong phương thức này, phần lớn các doanh nghiệp hoạt động dựa vào sự tài trợ bằng uy tín hoặc bằng vốn vay của NH. Do phương án kinh doanh không khả thi hay những điều kiện khách quan như sự biến động giá cả và nhu cầu thị trường trong nước, tỷ giá ngoại tệ, chính sách thuế hay hàng nhập về không đảm bảo chất lượng làm cho các doanh nghiệp gặp nhiều khó khăn trong việc giải toả và thu hồi vốn lô hàng dẫn đến tình trạng người nhập khẩu bị thua lỗ, không có khả năng thanh toán đúng hạn khoản vay, thậm chí
phá sản không có khả năng thanh toán toàn bộ hoặc một phần vốn vay cho NH do đó ảnh hưởng đến khả năng thu hồi vốn của NH. Đối với L/C dùng vốn tự có ký quỹ dưới 100% thì nhiều doanh nghiệp có phương án kinh doanh khả thi nhưng do trình độ quản trị luồng tiền không tốt nên khi đến hạn thanh toán, doanh nghiệp không có đủ tiền và buộc NHTM phải cho vay bắt buộc. Trong trường hợp như vậy, NH mất nhiều chi phí và thời gian để theo dõi làm việc với khách hàng và thanh toán cho phía nước ngoài. Các L/C phát hành bằng vốn ngân sách đảm bảo về khả năng trả nợ nhưng lại rất rủi ro về khả năng thanh toán đúng hạn vì để rút vốn từ ngân sách phải làm rất nhiều thủ tục. Trong khi đó NH chỉ có 5 ngày làm việc kể từ ngày nhận chứng từ để kiểm tra và thanh toán.
Ngoài ra, khi tiến hành chiết khấu bộ chứng từ hàng xuất cho doanh nghiệp, nếu vì một lý do nào đó mà bộ chứng từ không được NH nước ngoài thanh toán thì NH Việt Nam có quyền truy đòi người xuất khẩu. Nhưng người xuất khẩu không đủ khả năng hoàn trả số tiền đó thì NH sẽ không thu hồi được vốn đã chiết khấu. NH cấp tín dụng để người xuất khẩu tiến hành sản xuất hay thu gom hàng hoá phục vụ xuất khẩu nhưng người xuất khẩu lại gặp rủi ro trong việc thanh toán bộ chứng từ gây ảnh hưởng đến khả năng trả nợ.
Rủi ro này xuất hiện phổ biến đối với hoạt động cho vay xuất khẩu các mặt hàng gạo, thuỷ sản… của NHNT.