để cuộn gấp đúng protein
Vùng peptidase_S8_subtilisin_subset: mang chức năng của enzyme, chứa trung tâm hoạt động
Như vậy bị thiếu mất chuỗi tín hiệu
Trình tự chuỗi protein dự đoán:
AGKSSTEKKYIVGFKQTMSAMSSAKKKDVISEKGGKVQKQFKYVNAAAATLDEKAVKELKKDPSVAYVEEDHIAHEYAQSVPYGISQIKAPALHSQGYTGSNVKVAVIDSGIDSSHPDLNVRGGASFVPSETNPYQDG EDHIAHEYAQSVPYGISQIKAPALHSQGYTGSNVKVAVIDSGIDSSHPDLNVRGGASFVPSETNPYQDG SSHGTHVAGTIAALNNSIGVLGVAPSASLYAVKVLDSTGSGQYSWIINGIEWAISNNMDVINMSLGGPS GSTALKTVVDKAVSSGIVVAAAAGNEGSSGSTSTVGYPAKYPSTIAVGAVNSSNQRASFSSVGSELDVM
XÂY DỰNG PHƯƠNG ÁN TÁCH DÒNG
Dựa vào thông tin protein và chuỗi nucleotide được khuấy đại, xây dựng phương án tách dòng gene.
Công cụ có thể sử dụng: Phần mềm pDRAW32
https://www.acaclone.com/ .com/
Quy trình tách dòng Thực hiện Thực hiện phản ứng PCR để nhân đoạn gene cần tách dòng Thực hiện quá trình tái tổ hợp Biến nạp vào trong tế bào Sàng lọc các dòng tế bào mang vecto biến nạp
Nuôi cấy tế bào tái tổ hợp để thu sản phẩm Chu trình PCR: 94°C/4′ 35 chu kì: 94°C/45″ 54°C/1′ 72°C/1′ 72°C/10′
Sử dụng phần mềm pDRAW32 để thiết kế vecto tách dòng dòng
Giao diện của phần mềm pDRAW32
Thiết kế thêm trình tự cắt nối vào mồi
• Tế bào chủ để biến nạp tách dòng là
Bacillus subtilis strain WB800
• Để thuận tiện cho việc cắt nối bổ
sung trình tự cắt nối: Eco RI và
Xho I vào đầu 5’ của mồi xuôi và mồi
ngược
• Vecto tách dòng sử dụng là pTZ57R/T
Forward primer(5’-3’) GAATTCTGCCGGAAAAAGCAGTACAGA Reverse primer(5’-3’) CTCGAGTTTGTCCAAGTCGGGTGCTT
• Để quan sát chi tiết cấu trúc vecto tách dòng, truy cập đường dẫn:
https://www.snapgene.com/resources/pla smidfles/?set=ta_and_gc_cloning_vecto rs&plasmid=pTZ57R_T
Tài liệu tham khảo:
1.Cloning and enhancing production of a detergent- and organic-solvent-resistant nattokinase from Bacillus subtilis VTCC-DVN-12-01 by using an eight-protease-gene-
defcient Bacillus subtilis WB800 , Thao Thi Nguyen , Thi Dinh Quyen and Hoang Thanh Le 2. http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html
3.Giáo trình tin sinh học, GS.TS Nguyễn Văn Cách, nhà xuất bản Khoa Học và Kĩ Thuật, 2003 Thuật, 2003