4. Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
3.2. Kết quả phân tích điện di và phân tích khối dữ liệu phân tử
Chúng tôi đã tách chiết DNA tổng số và thực hiện thành công phản ứng PCR cho 4 mẫu nghiên cứu, mỗi mẫu với 3 gen theo phương pháp đã trình bày ở Chương 2. DNA tổng số không có màu và hòa tan hoàn toàn trong dung dịch TE. Sản phẩm PCR có hàm lượng cao và cho 1 băng sắc nét (Hình 3.1).
21
Trình tự DNA của gen rbcL, matK, và trnLF của 4 mẫu nghiên cứu đã được giải trình tự thành công với kích thước thu được lần lượt là 850, 1000, 400 bp. Sơ đồ điện di giải trình tự cho các đỉnh huỳnh quang rõ ràng. Chúng tôi giải trình tự hai chiều (hai mạch xuôi và ngược) để thu được đầy đủ thông tin và độ dài của các đoạn mạch sản phẩm.
Trình tự các gen được BLAST trên ngân hàng Genbank (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch), và kết quả BLAST thể hiện trình tự từng gen của 4 mẫu có mức độ tương đồng rất cao (99%) so với các dữ liệu hay các trình tự đã có của mỗi gen trên ngân hàng gen. Thông tin từ kết quả tìm kiếm BLAST cho thấy, các đoạn trình tự gen mà chúng tôi giải được là chính xác.
Chúng tôi giải thành công 10 trình tự mới và tiến hành gióng hàng, sắp xếp alignment cho từng khối dữ liệu đơn rbcL, matK, và trnLF. Chúng tôi thu được ma trận dữ liệu của 3 gen rbcL, matK, và trnLF lần lượt là 890, 1200, 1000 pb. Khối dữ liệu kết hợp cả 3 gen có kích thước là 3090 bp (Hình 3.2). Trong đó khối dữ liệu trnLF và matK là khó tiến hành gióng hàng, sắp xếp nhất do có nhiều đoạn gen tiến hóa nhanh và nhiều khoảng nối giữa các đoạn gen.
Hình 3.2. Kết quả alignment.
22