- Không thể hiện tính minh bạch như thuế quan Dễ biến tướng hơn thuế quan(chỉ thay đổ
Thuốc lá nguyên liệu
Chính phủ chỉ định nhà sản xuất trong nước là
nhà nhập khẩu,hạn ngạch thuế quan được phân bổ theo tỉ lệ hạn ngạch sản xuất trong nước của mỗi nhà sản xuẩt đối với sản phẩm thuốc lá.
Thuốc lá nguyên liệu nhập khẩu về để sản xuất
thuốc lá xuất khẩu được hoàn thuế nhập khẩu hoặc có thể được miễn thuế nhập khẩu nếu xuất khẩu trong vòng hai tháng.
Muối
Một số thành viên yêu cầu Việt Nam bãi bỏ hạn ngạch thuế quan với muối vì không có sản phẩm phi nông nghiệp nào khác bị áp dụng hạn ngạch thuế quan ở VN.
Đại diện của VN :muối là nguồn thu nhập chính của hàng trăm nông dân nghèo, áp dụng hạn ngạch cho muối là đảm bảo đời sống cho nông dân.
Đường
Trước khi gia nhập :đường được nhập khẩu thông qua chế độ cấp giấy phép tuỳ ý của Bộ TM.
Sau khi gia nhập :thay bằng hạn ngạch thuế quan (QĐ số 19/2006/QĐ-BTM ngày 20/4/2006).
Nguyên nhân: mía được trồng ở các khu vực
địa bàn khó khăn với điều kiện tự nhiên bất lợi và việc xen canh với các loại cây trồng khác rất khó thực hiện.
Cơ chế phân bổ và quản lí hạn ngạch thuế quan.
VN áp dụng và quản lí hạn ngạch thuế quan phù hợp với các nguyên tắc và quy định hiện hành của WTO,bao gồm các quy định về đối xử tối huệ quốc và đối xử quốc gia GATT 1994.
Phù hợp với chính sách quản lí nhập khẩu hiện hành của VN.
Những nguyên liệu nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan ,sau đó xuất khẩu được hoàn thuế nhập khẩu .Hàng hoá được nhập khẩu theo hạn ngạch thuế quan và sau đó xuất khẩu sẽ không bị tính vào lượng hạn ngạch thuế quan thực hiện.
Phương pháp phân bổ hạn ngạch thuế quan
Thông tư số 04/2006/TT-BTM quy định ba phương pháp phân bổ hạn ngạch thuế quan:
Phương pháp A:phân bổ hạn ngạch cho người sử dụng cuối cùng.
Phương pháp B:chính phủ sẽ chỉ định nhà nhập khẩu .
Phương pháp C:hạn ngạch được phân bổ theo tình hình kinh doanh trước đó.
Lưu ý :pháp luật hiện hành không đề cập đến phương pháp phân bổ hạn ngạch thuế quan bằng đầu thầu.