Mặc dù đã có những kết quả ứng dụng PMNM bước đầu, mức độ áp dụng PMNM ở Việt Nam vẫn còn hạn chế. Có thể tóm lược một số khó khăn chính đối với công tác ứng dụng và phát triển PMNM như sau.
Lãnh đạo thiếu quyết tâm
Việc quản lý, giám sát, thanh tra, xử lý vi phạm bản quyền kém hiệu quả. Vẫn còn những trường hợp sử dụng phầm mềm thương mại không có bản quyền và coi việc sử dụng những phần mềm không bản quyền này là việc đương nhiên và không chịu sức ép. Các cơ quan cũng chưa đưa ra quy định, chế tài, cơ chế khuyến khích sử dụng nguồn mở. Đối với người dùng, do chưa có chế tài bắt buộc sử dụng phần mềm văn phòng nguồn mở trong công việc nên cán bộ, nhân viên chưa có ý thức chủ động trong việc sử dụng.
Thói quen của người sử dụng khó thay đổi
Một trong những khó khăn cơ bản và khó khắc phục nhất là thói quen của người sử dụng và vấn đề phổ cập PMNM trong ngành giáo dục, trong xã hội, cộng đồng. Người Việt Nam đã “nghiện” và “thích dùng chùa” phần mềm. Nguyên nhân là do từ lúc học trong các cấp học từ phổ thông tới đại học đều sử dụng các phần mềm hệ điều hành và văn phòng thương mại nguồn đóng nên việc sử dụng hệ điều hành nguồn mở và phần mềm văn phòng nguồn mở Open Office gặp khó khăn do thói quen và sự khác biệt trong việc sử dụng.
Việc triển khai các phần mềm nguồn mở thông dụng gặp khó khăn do chưa được đào tạo chuyên sâu về PMNM. Việc triển khai các giải pháp nguồn mở trên máy chủ hoặc các ứng dụng nghiệp vụ nguồn mở gặp khó khăn do năng lực còn khá hạn chế, đặc biệt là hạn chế trong việc lập trình, triển khai hệ thống CNTT trên nền nguồn mở. Đối với ứng dụng các phần mềm nguồn mở thông dụng như OpenOffice, Ubuntu, ... mặc dù không quá khó nhưng vẫn gặp những trở ngại do chưa được đào tạo sử dụng các phần mềm này.
Sản phẩm, tài liệu và dịch vụ PMNM chưa thuận tiện cho việc sử dụng
Sản phẩm PMNM về cơ bản là đa đạng, đáp ứng hầu hết yêu cầu sử dụng của cộng đồng. Tuy vậy, sản phẩm PMNM cũng còn một số hạn chế như thường có nhiều phiên bản, nhiều dòng khác nhau nên thường tản mạn và gây khó khăn cho người sử dụng trong việc lựa chọn, nâng cấp sử dụng. Các tài liệu hướng dẫn sử dụng PMNM nhìn chung còn ít, chưa đa dạng, chưa được thẩm định nội dung mặc dù cũng đã có trên Internet, trên các diễn đàn về sản phẩm. Thiếu tài liệu hướng dẫn sử dụng tiếng Việt về PMNM. Đối với dịch vụ PMNM, cho dù đáp ứng yêu cầu mức độ cơ bản, tuy nhiên quy mô nhỏ, năng lực khá hạn chế. Hiện nay, các doanh nghiệp, tổ chức cung cấp dịch vụ PMNM đã bước đầu hình thành và hoạt động khá tốt, tuy quy mô còn nhỏ, năng lực chưa cao, khả năng hỗ trợ phạm vi rộng (cả nước) còn hạn chế. Bên cạnh đó, còn thiếu các trung tâm cung cấp dịch vụ hỗ trợ, tư vấn kỹ thuật, đào tạo, nghiên cứu về PMNM.
Khó khăn về tài chính
Mặc dù PMNM là phần mềm miễn phí về mặt bản quyền nhưng để triển khai áp dụng vẫn đỏi hỏi các chi phí nhất định để thực hiện các công tác như đào tạo, hỗ trợ kỹ thuật, bản địa hóa, tùy chỉnh cho phù hợp yêu cầu. Việc thiếu kinh phí cho ứng dụng và phát triển PMNM là một khó khăn thách thức chủ yếu khiến cho PMNM chưa được sử dụng rộng rãi ở Việt Nam.