phải đối mặt với nhiều khó khăn thách thức đến từ những thay đổi mau lẹ của tình hình trong nước và quốc tế và từ chính những bất cập trong nội bộ của mình.
Vị thế hoạt động của NHNN bị lệ thuộc quá lớn vào các thể chế hành chính nhà nước đã kìm hãm tính năng động và khả năng sáng tạo trong suốt quá trình đổi mới. Cấu trúc hệ thống NHNN quá cồng kềnh, làm cho hiệu lực quản lý không cao, năng lực, trình độ cán bộ của NHNN còn yếu về quản lý vĩ mô và nghiệp vụ ngân hàng
theo cơ chế thị trường, hạ tầng công nghệ và hệ thống thanh toán của NHNN còn lạc hậu, bất cập về mặt quản lý, điều hành so với thông lệ và chuẩn mực quốc tế về các hệ thống thanh toán quan trọng. Tính độc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm của NHNN trong hoạt động còn nhiều hạn chế. Tuy còn không ít những bất cập và hạn chế, nhưng tiến trình đổi mới của NHNN Việt Nam gần 30 năm qua, đã để lại cho công cuộc xây dựng đất nước hiện nay những bài học có giá trị sâu sắc trên nhiều lĩnh vực ở cả khâu quản lý, quản trị điều hành, cả ở khu vực kinh doanh và môi trường kinh doanh.
Đổi mới NHNN phải phù hợp với tiến trình đổi mới nền kinh tế quốc dân. Đổi mới NHNN luôn luôn là yếu tố đột phá, đi trước để phục vụ cho nền kinh tế. Sự phát triển của nền kinh tế vừa là nhu cầu, vừa là điều kiện thúc đẩy NHNN tiếp tục đổi mới triệt để hơn. Đổi mới hoạt động ngân hàng nói chung, của NHNN nói riêng không phải là việc riêng của ngành ngân hàng mà liên quan đến mọi mặt của đời sống kinh tế - xã hội do đó, phải có những bước đi thích hợp, vừa điểu chỉnh, khắc phục những mặt hạn chế. Trong điều hành CSTT phải gắn kết giữa ban hành chính sách và triển khai trên thực tế, kịp thời tiếp thu điều chỉnh những điểm không phù hợp với đòi hỏi từ cuộc sống; Triệt để tôn trọng nguyên tắc thị trường,sử dụng tổng hợp các công cụ của CSTT một cách công khai minh bạch, phối hợp với các bộ ngành cùng vào cuộc quyết liệt để “các dòng sông đều chảy”.