Mối quan hệ giữa nội dung của một Cơ sở dữ liệu quan hệ và một tài liệu XML được thể hiện thông qua các mức so sánh về: mô hình dữ liệu, lược đồ và mức minh hoạ như sau:
Mức Mô hình dữ liệu
Nội dung quan hệ Nội dung XML
Relation → Attribute Element Type ---> Attribute
Mức lược đồ
Lược đồ quan hệ Lược đồ DTD/ XML
Relation A → Attribute X Relation B → Attribute Y
………..
Element Type a--->Attribute x Element Type a--->Attribute x
---
Mức minh hoạ
Cơ sở dữ liệu quan hệ Tài liệu XML
Tupe → Value Element Type ---> Attribute Element Value Attribute Value
Tại mức mô hình dữ liệu, nội dung quan hệ và nội dung XML có sự khác nhau đáng kể do những mục đích khác nhau của CSDL quan hệ và XML. Mục đích của CSDL quan hệ là để đáp ứng khả năng lưu trữ rộng lớn, truy cập hiệu quả và đảm bảo tính chắc chắn của chúng. Ngược lại, XML được sử dụng với mục đích đáp ứng như một định dạng về cấu trúc và sự trao đổi của những tài liệu siêu liên kết. Trong nội dung quan hệ, từ quan hệ chỉ ra các thuộc tính tương ứng của nó. Trong nội dung XML, từ kiểu phần tử chúng ta biết được các phần tử con và các thuộc tính tương ứng của chúng.
Sự khác nhau đáng kể về nội dung của quan hệ và XML có ảnh hưởng không tốt tới việc tích hợp cả hai mô hình này.
Tại mức lược đồ sự khác nhau cũng được chỉ rõ. Ở lược đồ quan hệ, mối liên hệ giữa các quan hệ và thuộc tính được xác định rõ: một lược đồ chỉ bao gồm các thuộc tính trong quan hệ tương ứng, một lược đồ quan hệ không thể bao hàm một lược đồ quan hệ khác trong nó. Ngược lại, một lược đồ XML hay một DTD chỉ ra: với mỗi kiểu phần tử được định nghĩa trong nó có thể bao gồm các thuộc tính, các phần tử con và các thuộc tính của các phần tử con đó.
Mặt khác, một DTD hay một lược đồ XML có thể được lưu trữ trực tiếp bên trong một tài liệu XML hoặc cũng có thể được lưu trữ trong một file tham khảo độc lập từ bên trong tài liệu XML bởi những trung gian URI. Đây là một trong những khác biệt cơ bản với CSDL quan hệ - nơi mà một lược đồ quan hệ thì bắt buộc phải lưu trữ bên trong CSDL và các mối quan hệ tới lược đồ thì phải được kiểm tra bởi hệ thống trước khi chèn chúng vào trong CSDL.
Cuối cùng, tại mức minh hoạ. Trong một CSDL quan hệ, với mỗi bộ (bản ghi) sẽ có một tập các giá trị tương ứng. Trong một tài liệu XML, với mỗi kiểu phần tử chỉ ra giá trị tương ứng của kiểu phần tử, các phần tử con, các thuộc tính và các giá trị tương ứng của chúng. Như vậy, chứng tỏ rằng các tài liệu XML là tự mô tả, nghĩa là các phần của lược đồ được định nghĩa trong các thẻ mẫu là bản sao trong mỗi tài liệu XML và khi đó lược đồ có được định nghĩa rõ ràng hay
không thì không quan trọng. Đây là một trong những điều trái ngược với CSDL