Bên cạnh những mặt đạt được như trên đã nêu, cũng phải thấy rằng công tác thu hút và sử dụng ODA trong thời gian qua cũng có những mặt chưa được, trong một số trường hợp việc sử dụng ODA còn kém hiệu quả, gây thất thoát, lãng phí. Những yếu kém trong công tác thu hút và sử dụng ODA chủ yếu là:
-Chưa nhận thức đúng đắn và đầy đủ về bản chất của ODA: trong quan niệm của một số cơ quan, đơn vị thụ hưởng ODA vẫn còn tư tưởng “ODA thời bao cấp” coi nguồn vốn này là nguồn vốn viện trợ hoàn toàn không cần hoàn trả lại, hậu quả của những suy nghĩ sai lệch này là không tính toán đến hiệu quả kinh tế, tính bền vững sau dự án và khả năng trả nợ.
- Quy trình và thủ tục thu hút, sử dụng nguồn vốn ODA chưa rõ ràng, thiếu minh bạch, việc thi hành các thủ tục pháp lí về thu hút và sử dụng ODA chưa nghiêm và quy trình thủ tục quản lí vốn ODA của Việt Nam và nhà tài trợ chưa hài hòa, gây thất thoát, lãng phí, giảm hiệu quả đầu tư.
- Cơ cấu tổ chức và phân cấp quản lí nguồn vốn ODA chưa đạt hiệu quả, do ODA là nguồn vào từ nước ngoài nên khi vào Việt Nam sẽ gặp phải nhiêu vấn đề khó khăn như ngôn ngữ, các quy định về thủ tục, giấy tờ ,quy trình… trong khi trình độ ngoại ngữ của cán bộ quản lí nguồn vốn ODA còn hạn chế.
- Việt Nam đã đàm phán với các nhà tài trợ và kí kết các điều ước quốc tế khi dự án hoặc báo cáo nghiên cứu khả thi nhưng chưa được sự phê duyệt của cấp có thẩm quyền nên sau khi kí kết phải mất nhiều thời gian chỉnh sửa dự án làm chậm trễ trong quá trình giải ngân làm giảm hiệu quả sử dụng nguồn vốn ODA, là mất lòng tin đối với một số nhà tài trợ.
- Khó khăn về vốn đối ứng, dù đã có quy định ưu tiên tuyệt đối về vốn đối ứng cho các chương trình, dự án ODA và đã có lệnh nghiêm cấm sử dụng vốn đối ứng cho các mục đích khác nhưng trên thực tế không được thực hiện đúng gây nên trở ngại lớn đối với nhiều ban quản lí.