Không thể phủ nhận những bước tiến nổi bật trong thời gian qua của Sở giao dịch Ngân hàng TMCP Ngoại thương Việt Nam, tuy nhiên SGD vẫn còn tồn tại một số hạn chế như sau:
Thứ nhất, hệ thống dịch vụ của ngân hàng vẫn còn mang nặng về dịch vụ ngân hàng truyền thống, chất lượng chưa đáp ứng được nhu cầu của khách hàng, công tác marketing khách hàng vẫn chưa được chú trọng đúng mức.
Thứ hai là trong quy trình cấp tín dụng, tiếp xúc trực tiếp với khách hàng là các nhân viên quan hệ khách hàng, họ trực tiếp thu thập thông tin khách hàng,xem xét hồ sơ vay vốn của khách hàng, sau đó nhân viên quan hệ khách hàng chỉ đưa ra các đề xuất về cấp tín dụng và cung cấp thông tin để đưa ra thẩm định sơ bộ về khách hàng, còn quyền đồng ý hay không là thuộc về phòng quản lý tín dụng hoặc các cấp cao hơn. Tuy nhiên phòng quản lý tín dụng thường không tiếp xúc trực tiếp với khách hàng, một công việc rất quan trọng trong quá trình thẩm định, mà chỉ sử dụng những thông tin được cung cấp từ cán bộ quan hệ khách hàng, trong khi việc thu thập thông tin khách hàng trực tiếp cũng đã rất khó khăn, không chính xác. Do vậy việc thẩm định hồ sơ vay vốn có khi cũng không thỏa đáng. Mặt khác, xét về mặt cơ cấu tổ chức bộ máy, mặc dù phòng quản lý tín dụng có ý kiến độc lập trong quá trình cấp tín dụng nhưng vẫn thuộc sự quản lý của giám đốc hội sở, vẫn hưởng các lợi ích từ hoạt động kinh doanh của chi nhánh, do đó không thể đảm bảo sự khách quan về các nhận định, phân tích đối với các khoản vay.