-Đưa bản gel vào dung dịch hiện, lắc nhẹ cho đến khi các băng xuất hiện, sau đó đổ trực tiếp dung dịch cố định (đã dùng ở trên) lên trên bản gel để dừng phản ứng hiện, duy trì trong 4-6 phút.
- Rửa sạch lại bằng nước cất hat lần và để bản gel khô ở nhiệt độ phòng.
2.3.4. Đọc và phân tích sổ liệu
330, Đọc so liệu
331, Sau khi hoàn tất các bước của quá trình điện di, kết quả điện di sẽ được đánh giá thông qua cho điểm và mã hóa dữ liệu. Các bước cho điểm bao gồm:
- Liệt kê tất cả các băng xuất hiện ở tất cả giếng.
-Trên một giếng, băng có xuất hiện cho điểm 1, không xuất hiện cho điểm 0 và những dòng khuyết số liệu hoặc băng không chắc chắn cho điểm 9. 332, Phân tích số liệu
333, Thông qua các dữ liệu mã hóa, tính toán giá trị PIC (Polymorphism Imformation Content), các giá ttị về tỷ lệ di hợp tử, tỷ lệ khuyết số liệu...
334, *Giá tậ PIC
335, Giá tn PIC được tính theo công thức: PIC = 1 - n fj2 Trong đó fi là tần số của allele thứ i
336, PIC là đơn vị đo lường đa dạng alien trên một locus hay tần số liên hệ của các alien trong quần thể nghiên cứu. Locus với số lượng lớn alien xuất hiện vói tần suất bằng nhau sẽ có giá trị PIC cao nhất.
337, *Tỷ lệ khuyết số liệu (M%)
- Tính tỷ lệ khuyết số liệu từng dòng, từng cho tổng số mồi khảo sát. Loại bỏ những dòng có tỷ lệ khuyết số liệu lớn hơn 15%.
338, số mồi khuyết số liệu
339,
340, M% dòng341, t ĩ >
342, Tông sô môi sử dụng 343, Số dòng khuyết số liệu 344, 345, M% mồi = 346, 347, ? ĩ 348, Tông sô dòng nghiên cứu 349, *Tỷ lệ dị hợp tử (H%) 350, Tính tỉ lệ họp tà bằng cách chia số dấu khuếch đại nhiều băng cho hiệu số của tổng số dấu trừ đi dấu khuyết số
X 100
liệu. Loại bỏ dòng có tỷ lệ di hợp lớn hơn 20%.
351, Số mồi xuất hiện > 2 allen/1 locus SSR 352, H% = 353, Tổng số mồi sử dụng - số mồi khuyết số liệu *Hệ số tương đồng di truyền: GS là hệ số tương đồng di truyền được tính theo hệ so Jacard (Jacard và cs, 1997). Phân nhóm bằng phương pháp UPGMA (Unweighted Pair Group
Meyhod with
Arithmetical Averages)
354, *Khoảng cách di truyền (GD): GD = 1 - GS