1/Hình dạng, kích thước của protein
Protein có khối lượng phân tử (Mr) tương đối lớn và thay đổi trong một dải rộng từ hơn 10 nghìn đến hàng trăm nghìn dalton. Các phân tử protein có thể có dạng cầu (kể cả hình bầu dục) hoặc dạng sợi. Thuộc về dạng cầu hầu hết là những protein có hoạt tính xúc tác hoặc vận chuyển như enzyme, hemoglobin, globulin...tỷ lệ giữa trục dài và trục ngắn của phân tử bé hơn hoặc bằng 20.
2/Cấu trúc của protein
Cấu trúc bậc 1 (cấu trúc sơ cấp)
Cấu trúc bậc I của protein biểu thị thành phần và trình tự các amino acid trong phân tử protein, cấu trúc này được giữ vững bằng liên kết peptide - liên kết cộng hoá trị.
Cấu trúc bậc I là bản dịch của mã di truyền, việc xác định cấu trúc bậc I là cơ sở để tổng hợp nhân tạo protein bằng phương pháp hoá học hoặc bằng các biện pháp công nghệ sinh học. Ví dụ: năm 1953, lần đầu tiên Frederick Sanger (người Anh) đã xác định trình tự sắp xếp các amino acid trong phân tử insulin và đến năm 1966 protein này lần đầu tiên đã được tổng hợp bằng phương pháp hoá học. Ngày nay người ta đã có thể dùng vi khuẩn Escherichia coli để tổng hợp insulin.
Cấu trúc bậc 1 của ribonucleseas ở bò Cấu trúc bậc 2 (cấu trúc thứ cấp)
Biểu thị của cấu trúc bậc II là sự xoắn của chuỗi polypeptide, là tương tác không gian giữa các gốc amino acid ở gần nhau trong mạch polypeptide tạo thành hai dạng xoắn α và xắn β. Nói cách khác, là dạng không gian cục bộ của từng phần trong mạch polypeptide. Cấu trúc này được làm bền nhờ các liên kết hydro được tạo thành giữa liên kết peptide ở kề gần nhau, cách nhau những khoảng xác định.
Bảng 4: Số lượng xoắn α và phiến gấp ββββ trong chuỗi đơn của một số protein Protein (số gốc) Số gốc (%) Xoắn αααα Phiến gấp ββββ Chymotrypsin (247) 14 45 Ribonuclease (124) 26 35 Carboxypeptidase (397) 38 17 Cytochrom C (104) 39 0 Lysozyme (129) 40 12 Myoglobin (153) 78 0
Cấu trúc không gian của protein
Bằng phương pháp nhiễu xạ tia X, người ta đã nghiên cứu cấu trúc không gian ba chiều của các phân tử protein, đó là hình dạng do sự xoắn để tạo xoắn α và phiến gấp β tạo thành cấu trúc bậc II, đó là hình dạng do sự cuộn lại của các chuỗi có cấu trúc bậc II để tạo thành cấu trúc bậc III và vị trí của sự sắp xếp các protein có cấu trúc bậc III đó trong không gian để tạo thành cấu trúc bậc IV.
Sơ đồ cấu trúc không gian của protein
Trong cấu trúc không gian ngoài liên kết hydro thì liên kết cầu disulfua trong cấu trúc bậc II và đặc biệt trong cấu trúc bậc III có ý nghĩa hết sức quan trọng để giữ cấu trúc cuộn khúc của chuỗi polypeptide thành khối. Đặc trưng cho protein hình cầu, là tương tác không gian giữa các gốc amino acid ở xa nhau trong mạch polypeptide. Trong nhiều protein cầu có chứa các gốc Cystein tạo nên liên kết disulfua giữa các gốc Cystein xa nhau trong mạch polypeptide làm cho mạch bị cuộn lại. Ngoài ra cấu trúc bậc III còn được giữ vững bằng các loại liên kết khác như Van der Waals, liên kết hydro, liên kết tĩnh điện giữa các gốc amino acid v.v...
Cấu trúc bậc IV chỉ đặc trưng cho những phân tử protein có cấu trúc từ hai hay nhiều chuỗi protein hình cầu, tương tác với nhau sắp xếp trong không gian tạo nên. Mỗi một chuỗi polypeptide đó được gọi là một tiểu đơn vị (subunit), chúng gắn với nhau nhờ các liên kết hydro, tương tác Van der Waals giữa các nhóm phân bố trên bề mặt của các tiểu đợn vị để làm bền cấu trúc bậc IV.
Như vậy, cấu trúc không gian của protein là hình dạng của phân tử protein được cấu thành do sự sắp xếp trong chuỗi và giữa các chuỗi polypeptide trong không gian.