Vi sinh vật thường phân huỷ các lipit để khai thác năng lượng. Các triglyxerit (tức các triaxylglyxerol ), là những este của glyxerol và các axit béo được dùng làm nguồn năng lượng phổ biến và sẽ được đề cập trong phần này. Những chất này có có thể vị thuỷ phân tới glyxerol và các axit béo nhờ những vi sinh vật có các enzym lipaz. Sau đó glyxerol bị photphoryl hoá, bị oxi hoá tới dihidroxyaxeton photphat, và bị phân huỷ hơn nữa theo con đường đường phân.
Các axit béo từ các triaxylglyxerol và từ các lipit khác thường bị oxi hoá theo con đường β - oxi hoá sau khi bị biến đổi thành các este của coenzym A. Trong con đường khép kín thành chu trình này, các axit béo bị phân hủy tới axetyl - CoA để sau đó chất này đi vào chu trình TCA hoặc được dùng trong sinh tổng hợp. Trong quá trình β - oxi hoá, có tạo thành axetyl - CoA, NADh, và FADH2; NADh và FADH2có thể bị oxy hoá theo chuỗi vận chuyển điện tử để cung cấp thêm ATP. Axetyl - CoA béo, đã bị ngắn đi hai cacbon, lại sẽ được oxy hoá thêm một vòng nữa của chu trình này. Các axit béo của lipit là nguồn giàu năng lượng để vi sinh vật sinh trưởng. Theo một cách tương tự, các vi sinh vật sinh trưởng tốt trên các hydrocacbon của dầu mỏ, trong điều kiện hiếu khí.
Các thực phẩm chứa lipit, như bơ chẳng hạn, có thể bị hỏng do vi sinh vật phân huỷ lipit trong đó, bằng các kiểu phân huỷ như thuỷ phân, β - oxi hoá axit béo vv..., và tạo thành glỷeol và hỗn hợp các axit béo, khiến bơ trở nên cúng và có vị đắng.