T: GCATCGCAGAGAGTATACAGTACG P : GCAGAGAG.
2.2.4Đánh giá ưu, nhược điểm các thuật tốn.
Các nhà nghiên cứu cĩ thể đánh giá được thuật tốn khớp xâu dựa vào việc theo dõi các đặc điểm sau:
• Số lượng tìm kiếm: một vài ứng dụng, như là các cơng cụ tìm kiếm…, tìm kiếm cùng một văn bản nhiều lần đối với các câu truy vấn khác nhau. Việc xây dựng một cấu trúc dữ liệu đánh chỉ mục từ các văn bản trước đĩ để đánh giá chính là một thao tác quan trọng với độ phức tạp thời gian là O(m). Ngược lại, với các ứng dụng xử lý gĩi tin truyền trên mạng và trong tin sinh học, việc tìm kiếm trực tuyến khơng cĩ cấu trúc dữ liệu đánh chỉ mục cĩđộ phức tạp thời gianlà tuyến tính với n.
• Nén văn bản: một vài thuật tốn cĩ thể tìm kiếm trực tiếp với các văn bản nén với việc giải nén ở mức tối thiểu (hoặc khơng), trong khi những thuật tốn khác thì quét trên các văn bản gốc.
• Tiêu chuẩn so khớp: một sự so khớp cĩ thể chính xác hoặc gần đúng. Một sự so khớp chính xác yêu cầu các mẫu và các văn bản so khớp phải giống hệt nhau, trong khi sự gần đúng thì cho phép giới hạn số lượng khác biệt giữa chúng.
• Độ phức tạp thời gian: một vài thuật tốn cĩ độ phức tạp thời gian tuyến tính xác định, trong khi những thuật tốn khác cĩ thể cĩ độ phức tạp thời gian gần tuyến tính bởi sự bỏ qua các ký tự khơng tương đồng. Loại thứ hai cĩ thể nhanh hơn mức trung bình, nhưng khơng phải với trường hợp xấu nhất.
• Số lượng mẫu: một thuật tốn cĩ thể quét 1 mẫu hoặc đồng thời đa mẫu.
• Tính biểu diễn của thơng số kỹ thuật của mẫu: thơng số kỹ thuật mẫu cĩ phạm vi với xâu cố định để các biểu thức thơng thường trong tùy chọn cú pháp khác nhau…
2.2.4.1 Ưu điểm.