Mặc dầu những thành tựu của kỹ thuật chuyển gen rất to lớn và dễ nhận thấy nhưng những nguy hại từ nó cũng không nhỏ, thật khó nắm bắt và đề phòng.
Nhìn lại dưới góc độ tiến hoá,chuyển gen nhân tạo làm đảo lộn dòng gen trong tự nhiên, dễ sinh ra một sự ưu chuyển dòng gen hỗn độn
trong tự nhiên mà con người khó kiểm soát hết được, gây hiểm họa cho môi trường sinh thái và bệnh ung thư tiềm ẩn.
Gây mất cân bằng hệ sinh thái, có khả năng sinh sản thấp, nếu lai với động vật tự nhiên có thể
làm giảm khả năng sinh sản, giảm số lượng, đe doạ sự tồn tại của loài.
Một số có khả năng kháng bệnh kém hoặc có biểu hiện bệnh lý.
Hocmôn tăng trưởng của người, cừu, lợn và bò đã được chèn vào nhiễm sắc thể tế bào để chúng tăng trưởng
nhanh, tăng tỷ lệ nạc/mỡ và tăng chuyển hóa thức ăn... Tuy nhiên, chi phí tương đối cao để tạo ra các giống vật nuôi chuyển gen và chúng dễ bị bệnh, như lợn
chuyển gen hocmôn tăng trưởng đã lớn rất nhanh
nhưng sau đó chúng bị loét dạ dày, hư thuận và gan, nhạy cảm với viêm phổi, dễ bị viêm da và mất khả năng sinh sản.
Cừu chuyển gen tăng trưởng người và bò cũng dễ bị bệnh tiểu đường, dẫn đến chết sớm.
Động vật biến đổi gen để sản xuất các sản phẩm phi thực phẩm, chẳng hạn như con bò sản xuất thuốc trong sữa.Nhưng dược phẩm này có thể gây tác dụng phụ.
Trong khi đó, những ứng dụng trong y học của động vật chuyển gen dễ dàng được chấp nhận hơn bởi đó là giải pháp ít rủi ro. Trong tương lai không xa, các nhà khoa học hy vọng sẽ làm tăng nhận thức của công chúng và sự chấp nhận