Các DNV&N được hưỡng các ưu đãi về thuế khi mới thành lập theo quy định của luật khuyến khích đầu tư trong nước (sửa đổi 1998), không có sự phân biệt thành phần kinh tế. Trong đó các DNV&N có dự án đầu tư thuộc lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư được miễn, giãm tiền sử dụng đất từ 50 – 100%; miễn, giảm tiền thuê đất từ 3 năm đến suốt thời gian thực hiện dự án; miễn, giảm thuế sử dụng đất từ 50 -100% trong suốt thời gian thực hiện dự án. Về thuế thu nhập doanh nghiệp các DNV&N có dự án đầu tư thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi được hưỡng thuế suốt ưu đãi từ 15 - 25%; thời hạn miễn thuế thu nhập từ 2 -4 năm và giảm 50% số thuế trong thời hạn từ 2 – 9 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế. Ngoài ra, theo luật khuyến khích đầu tư trong nước, các nhà đầu tư sản xuất kinh doanh hang xuất khẩu còn được hưởng thêm ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp với mức giảm từ 20 – 50% hoặc miễn toàn bộ số thuế thu nhập phải nộp theo quy định từng trường hợp. Về thuế xuất nhập khẩu các DNV&N có dự án đầu tư thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn ưu đãi cũng được miễn thuế đối với nhập khẩu máy móc, thiết bị tạo thành TSCĐ mà trong nước chưa sản xuất được.
Bên cạnh đó, các DNV&N cũng được phép dành một phần vốn để đầu tư phát triển khoa học công nghệ và được hoạch toán vào giá thành sản phẩm; được lập quỹ phát triển khoa học công nghệ, nguồn vốn của quỹ này được hình thành từ lợi nhuận trước thuế và các nguồn khác nếu có; được miễn, giảm thuế theo quy định của pháp luật đối với các hoạt động khoa học công nghệ như: thực hiện các hợp đồng NCKH, các sản phẩm đang sản xuất thử nghiệm sản phẩm làm ra từ công nghệ mới lần đầu, các hoạt động tư vấn chuyển giao khoa học công nghệ, các hoạt động dịch vụ thông tin khoa học và công nghệ...
