Khi nhận được thông báo hàng đến, chủ hàng phải mang vân đơn gốc, giấy giới thiệu của cơ quan đến hãng tàu để nhận lệnh giao hàng (D/O - delivery order). Hãng tàu hoặc đại lý giữ lại vận đơn gốc và trao 3 bản D/O cho người nhận hàng. Sau đó nhân viên giao nhận sẽ cầm D/O kèm bộ hồ sơ đi khai hải quan gồm:
Phiếu tiếp nhận tờ khai hải quan (1 bản theo mẫu)
Tờ khai hải quan (2 bản, 1 bản cán bộ hải quan giữ và 1 bản người khai hải quan lưu)
Tờ khai trị giá tính thuế (2 bản, 1 bản cán bộ hải quan giữ và 1 bản người khai hải quan lưu)
Phụ lục tờ khai (1 bản, đối với hàng nhiều chủng loại, không thể thể hiện hết trên tờ khai)
Phụ lục tờ khai trị giá tính thuế (nếu có) Phiếu đóng gói Packing List (1 bản gốc) Hóa đơn thưong mại ( 1 bản gốc)
Hợp đồng (1 bàn sao y)
Vận đơn đường biển (Bill of Lading )
Bản sao hóa đơn cước vận tải (đối với các lô hàng nhập khẩu theo FOB hoặc ex-work)
Giấy ủy quyền (Bản sao y nếu ngươì kí trên tờ khai không phải ngươì đại diện doanh nghiệp)
Lệnh giao hàng hoặc Thông báo hàng đến (Delivery order hoặc Notice of Arrival)
Nhân viên giao nhận sẽ mang bộ chứng từ này đển nộp cho cán bộ hải quan tiếp nhận hồ sơ, sau đó ngồi chờ lấy số tiếp nhận hồ sơ trên bảng điện tử được cập nhật tự động trên hệ thống. Cán bộ hải quan sẽ kiểm tra tính hợp lệ của chứng từ và bộ hồ sơ có đầy đủ hay không. Nếu hợp lệ, nhân viên gia nhận sẽ qua quầy cán bộ hải quan kế bên để nộp lệ phí rồi ngồi chờ phân kiểm và tính thuế. Sau khi thu phí mở tờ khai, cán bộ hải quan sẽ phát hành 2 biên lai gồm một biên lai đỏ và một biên lai tím, cán bộ hải quan sẽ giữ biên lai tím và trả laị cho nhân viên giao nhận biên lai đỏ để mang về thanh toán lại với công ty. Khi nộp lệ phí hải quan xong, hồ sơ sẽ được chuyển qua tính thuế. Trong khi chờ được phân kiểm và tính thuế, nhân viên giao nhận sẽ theo dõi thông tin được cập nhật tự động trên máy tính để biết được ngươì sẽ kiểm hóa và liên hệ. Cán bộ phụ trách khâu thuế sẽ kiểm tra doanh nghiệp áp mã thuế có đúng không. Trường hợp áp mã sai thì hồ sơ sẽ bị trả lại cho bộ phận tiếp nhận hồ sơ và nhân viên giao nhận sẽ nhận và sửa lại bộ hồ sơ cho đúng và hợp lệ.
Bộ hồ sơ áp mã thuế đúng sẽ được chuyển qua bộ phận kiểm hóa. Nhân viên giao nhận sẽ ghi lại số điện thoaị và tên cán bộ kiểm hóa để liên hệ. Đồng thời kiểm tra vị trí hàng hóa nằm ở kho nào của cảng dựa trên thông báo hàng đến hoặc lệnh giao hàng. Sau đó sẽ mang lệnh giao hàng đến văn phòng hải quan giám sát của cảng để được đối chiếu với bảng lược khai hàng - Manifest. Thường trước khi tàu cập cảng, thuyển trưởng hay chủ tàu sẽ phaỉ nộp bản này để hải quan giám sát chặt chẽ. Cán bộ hải quan sẽ kiểm tra các thông tin chi tiết trên lệnh giao hàng.
Trong quá trình ngổi đợi phân kiểm, nhân viên giao nhận sẽ giám sát trên bảng diện tử để theo dõi lô trên bảng điện tử, số tờ khai hiện lên tại bước nào thì sẽ bị kiểm hóa theo bước đó, trường hợp không thấy thì lô hàng có thể được miễn kiểm, nhân viên giao nhận có trách nhiệm hỏi lại cán bộ hải quan để xác nhận.
Nếu lô hàng bị kiểm hóa, cán bộ kiểm hóa sẽ kiểm tra về sự phù hợp của tên hàng hóa trên tờ khai, số lượng, chất liệu, xuất sứ hàng hóa nếu có dấu hiệu nghi ngờ thì yêu cầu giám định. Sau khi hoàn tất sẽ ghi lại kết quả kiểm hóa lên mặt sau của tờ khai rồi chuyển cho cục trưởng cục hải quan kí và chuyển trả lại cho nhân viên giao nhận.
Kiểm hoá về sự phù hợp xuất xứ, số lượng, tính chất hàng hoá trên tờ khai. Trong trường hợp đặc biệt nếu có phát hiện dấu hiệu nghi ngờ có thể yêu cầu giám định về chất liệu sản phẩm.Thông thường, cán bộ hải quan sẽ kiểm tra bằng mắt thường, đối với những hàng hoá có tính chất đặc biệt thì có yêu cầu về nghiệp vụ (gọi là đi giám định) và thường doanh nghiệp phải trả cho chi phí giám định này. Đa phần các lô hàng nhập khẩu của công ty là hàng định danh như: quần áo, kiếng mát, túi xách nên không phải kiểm định mà có thể tra trực tiếp trên biểu thuế nhập khẩu.
Sau khi lô hàng được kiểm tra là phù hợp thì sẽ chuyển qua cán bộ phụ trách tính thuế nhập khẩu. Ở khâu này sẽ thực hiện biện pháp nghiệp vụ so sánh số thuế doanh nghiệp đã áp mã trên tờ khai với các mặt hàng đồng loại, có tính chất tương đương, hàng cùng có xuất xứ. Nếu phát hiện doanh nghiệp áp mã thấp hơn thì cán bộ hải quan sẽ ra quyết định điều chỉnh thuế. Trong trường hợp doanh nghiệp không đồng ý thì làm phiếu yêu cầu tham vấn giá, trong khi chờ đợi sự chấp thuận của tổng cục trưởng cục hải quan thì doanh nghiệp vẫn phải nộp đúng số thuế do cán bộ hải quan chỉ định.Khi đã nộp thuế đầy đủ cán bộ hải quan sẽ chuyển cục trưởng ký duyệt
thông quan. Lúc này nhân viên công ty sẽ liên lạc về phòng kế toán của công ty, thông báo số thuế cần nộp và số tài khoản của hải quan, phòng kế toán có nhiệm vụ sắp xếp thanh toán nhanh chóng để đảm bảo lô hàng được lấy về kho nhanh chóng. Sau khi đã thanh toán, phòng kế toán sẽ fax tờ điện chuyển tiền lên chi cục hải quan, lúc này cán bộ hải quan sẽ kiểm tra tiền đã vô tài khoản hay chưa và sẽ ra quyết định thông quan cho doanh nghiệp.
Một số trường hợp ngoại lệ, doanh nghiệp sẽ được hưởng ân hạn thuế trong vòng 45 đến 90 ngày tuỳ tình trạng hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp. Điều kiện được ân hạn thuế là doanh nghiệp phải kinh doanh trong lĩnh vực hàng tiêu dùng, đây là nhóm hàng chịu quản lý rui ro về giá và chất lượng của nhà nước.