Sử dụng 2-phenylethanimine để minh họa. Đánh số các nguyên tử như hình
Chọn một vài liên kết và tiến hành phân tích. Trong trường hợp này chúng ta chọn liên kết được đánh dấu màu đỏ.
HVTH: Huỳnh Nguyễn Xuân Đào
Hướng dẫn sử dụng ChemBio3D 13.0 (ChemOffice 2012) GV: Bùi Thọ Thanh
C1 và C2 được đánh màu đỏ.
Khi phân tích conformers một liên kết, bạn có thể thiết lập các góc liên kết khác. Đối với hướng dẫn này, chúng tôi sẽ thiết lập C (1), C (2), C (3), C (4) góc liên kết nhị diện đến 90 độ như sau:
Bước 1: Trong bảng điều khiển ChemDraw, vẽ 2-phenylethanimine. Phân tử xuất hiện trong cửa sổ mô hình.
Bước 2: Vào Structure>Measurements>Generate All Dihedral Angles. Bảng đo xuất hiện.
Bước 3: Trong bảng đo lường, chọn liên kết C (1)-C (2)-C (3)-C (4).
Bước 4: Trong cột thực tế, thay đổi góc cho liên kết C(1)-C(2)-C(3)-C(4) đến 90 độ và nhấn ENTER.
Bước 5: Trong cửa sổ mô hình, chọn liên kết C (1)-C (2) bằng cách sử dụng công cụ các đối tượng di chuyển.
Bước 6: Để chạy các phân tích cấu tạo, đi đếnCalculations>Dihedral Driver>Single Angle Plot. Các nhị diện điều khiển đồ mở ra, hiển thị năng lượng conformational cho liên kết C (1)-C (2).
HVTH: Huỳnh Nguyễn Xuân Đào
Hướng dẫn sử dụng ChemBio3D 13.0 (ChemOffice 2012) GV: Bùi Thọ Thanh
Đồ thị biểu thị liên kết nhị diện C (1)-C (2) trong 2-phenylethanimine. Các mũi tên chỉ A) cấu tạo tối thiểu toàn cầu và B) một cấu tối thiểu địa phương.
Các đồ thị nhị diện với các vị trí conformer hiển thị. Chọn điểm A để tính toán tối thiểu toàn cầu và điểm B để tính toán tối thiểu địa phương.
Để chạy một giảm thiểu GAMESS trên mức tối thiểu toàn cầu:
1. Trong bảng xếp hạng nhị diện, nhấp vào một điểm trên toàn cầu tối thiểu (ví dụ, điểm A trong hình trên).
HVTH: Huỳnh Nguyễn Xuân Đào
Hướng dẫn sử dụng ChemBio3D 13.0 (ChemOffice 2012) GV: Bùi Thọ Thanh
2. Đi đến Calculations>GAMESS Interface>Minimize. Giao diện GAMESS hộp thoại sẽ mở ra.
3. Trong hộp thoại, chọn Run.
Năng lượng tối thiểu toàn cầu xuất hiện trong cửa sổ Output (khoảng -226.273 Kcal / Mol).
Để chạy một giảm thiểu GAMESS trên tối thiểu địa phương:
1. Trong bảng xếp hạng nhị diện, bấm vào một điểm trên tối thiểu địa phương (ví dụ, điểm B trong hình trên).
2. Đi đến Calculations>GAMESS Interface>Minimize. Giao diện GAMESS hộp thoại sẽ mở ra.
3. Trong hộp thoại, chọn Run.
Để giảm thiểu địa phương, kết quả là khoảng -226.270 Kcal / Mol. Các conformer ưa thích là thấp hơn khoảng 3 Kcal / Mol.
HVTH: Huỳnh Nguyễn Xuân Đào
Hướng dẫn sử dụng ChemBio3D 13.0 (ChemOffice 2012) GV: Bùi Thọ Thanh
KẾT LUẬN
ChemBio3D Ultra 130.0 là phần mềm hữu dụng rất cần thiết trong việc trình bày công thức phân tử trong không gian 3 chiều, minh họa cấu trúc của các ADN, protein....
Do vậy, nó là phương tiện tiện ích cho các nhà khoa học (Hóa – Sinh học) nói chung và đối với giáo viên chúng ta nói riêng trong việc soạn thảo giáo án, báo cáo khoa học, mô phỏng mô hình phân tử và rất nhiều điều khác nữa có liên quan đến bộ môn khoa học Hóa học và Sinh học.
HVTH: Huỳnh Nguyễn Xuân Đào