Chương trình GDĐH sẽ được phân chia rõ theo hai hướng chính: hướng nghiên cứu - phát triển và hướng nghề nghiệp - thực hành. Hướng nghiên cứu - phát triển về cơ bản vẫn giữ cơ cấu trình độ theo mô hình 4:2:3 tương ứng với các bằng cấp cử nhân - thạc sĩ - tiến sĩ như hiện nay.
Còn hướng nghề nghiệp - thực hành sẽ thiết kế cơ cấu trình độ theo mô hình 2:2:1:1:3, tức là thực hiện đào tạo đa giai đoạn cả chương trình ĐH (2:2), thạc sĩ (1:1) để tăng thêm cơ hội học tập và phân tầng trình độ nhân lực được đào tạo. Bộ GD-ĐT sẽ qui định thêm các văn bằng trung gian đánh dấu từng giai đoạn học tập.
Đặc biệt, hướng nghề nghiêp - thực hành sẽ được ưu tiên phát triển về số lượng, mở rộng qui mô giai đoạn đầu, các chương trình cao đẳng (CĐ) và thu hẹp qui mô giai đoạn sau nhằm nâng cao chất lượng, đảm bảo cơ cấu hình tháp về trình độ nhân lực đáp ứng nhu cầu sử dụng. Nhưng giữa hai hướng đào tạo kể trên có qui định về sự tương đương trình độ.
Hệ thống trường ĐH trong tương lai
Hệ thống GDĐH cũng sẽ được phân chia lại. Trong đó hệ thống trường THCN từng bước chuyển sang CĐ kỹ thuật với bằng CĐ kỹ thuật hai năm. Các trường CĐ cộng đồng được củng cố và phát triển phục vụ nhu cầu nhân lực cho các địa phương. Các trường ĐH mở hiện có sẽ được củng cố cùng với việc phát
triển hệ thống đào tạo từ xa ở qui mô toàn quốc trên nguyên tắc mở đầu vào theo phương thức ghi danh, chuẩn về chương trình và kiểm tra đánh giá, bằng cấp được công nhận tương đương với hệ chính qui.
Đề án cũng chính thức đặt mục tiêu xây dựng một số trường ĐH kiểu mới, hiện đại đạt trình độ tiên tiến trong khu vực làm hình mẫu cho hệ thống GDĐH và thành lập hai trường đào tạo sau ĐH trong hai Viện Khoa học và công nghệ VN và Viện Khoa học xã hội VN. Đồng thời xây dựng một số trường ĐH trong các doanh nghiệp lớn để gắn kết đào tạo với sử dụng, ưu tiên phát triển các ĐH, CĐ tư thục, khuyến khích thành lập cơ sở đào tạo của các trường ĐH nước ngoài có uy tín tại VN...
Sẽ xây dựng 14 trường ĐH trọng điểm; củng cố và nâng cấp các trường hiện tại cũng như xây dựng các trường mới; tăng cường thu hút các trường ĐH uy tín trên thế giới mở chi nhánh tại VN.
Các cơ sở GDĐH sẽ được phân tầng để phát triển chất lượng phù hợp với vai trò của mình, có một số cơ sở GDĐH có tiềm năng sẽ được phát triển để có thể trở thành ĐH tầm cỡ thế giới, tầm cỡ khu vực, nhưng có cơ sở GDĐH phát triển để đáp ứng yêu cầu đào tạo nguồn nhân lực cho các địa phương.
Theo đánh giá của các chuyên gia giáo dục, hiện nay, sự bất cập của GDĐH nước ta là khả năng đáp ứng của hệ thống GDĐH đối với nhu cầu đào tạo nhân lực cho đất nước và nhu cầu học tập của nhân dân. Hiện qui mô đào tạo ĐH của chúng ta chỉ đáp ứng được khoảng 10% tỉ lệ trong độ tuổi học ĐH, chỉ là một nền GDĐH dành cho số ít.