L ời nói đầ u
2. Các chức năng đã xây dự ng
2.6. Biểu đồ thống kê về virut cúm
Trong trang “prediction” nhấp vào tab “Statistic” chúng ta vào trang thống kê vềvirut cúm như hình 24.
Chương trình thống kê vềvirut cúm có sửdụng gói
chương trình “ChartDirector v.5.0”(phần mềm này của
công ty Advanced Software Engineering Limited, 2008,
“From year” và “To year”
ở bên dưới, mặc định 2
trường này thống kê tất cả các năm tìm thấy trong cơ
sở dữ liệu. Hình 25 minh họa thống kê virut cúm các vùng ởViệt Nam.
Ngoài ra, chúng ta còn có thể thống kê virut cúm cho Việt Nam qua
các năm chúng ta có thể
chọn năm thống kê từ năm nào đến năm nào trong trường “From year” và “To year” ở bên dưới, mặc định 2 trường này thống kê tất cả các năm
tìm thấy trong cơ sở dữ
liệu. Chúng ta có thểxem sốchuỗi tìm thấy trong cơ
sở dữ liệu bằng cách rê chuột qua cột biểu diễn.
Ngoài lựa chọn thống kê virut cúm ở Việt Nam thì chúng ta còn có thêm phần thống kê virut cúm trên thế giới qua các năm trong phần “World”. Để thống kê, chúng ta cũng có thể chọn năm thống kê từ năm nào đến
năm nào thông qua 2
trường “From year” (ví dụ năm bắt đầu là 2000) và “To year” (ví dụthống kê đến
năm 2009) ở bên dưới cửa sổthống kê. Mặc định của chương trình là thống kê tất cả các năm có trong cơ sở dữ liệu. Hình 27 minh họa thống kê virut cúm trên thế
giới qua các năm. Chúng ta có thể xem số liệu (số chuỗi tìm thấy) thống kê qua bằng cách rê chuột qua cột muốn xem.
Tài liệu tham khảo
[1] Brown, T. (2002) Genomes. BIOS Scientific Publishers Ltd, Oxford, UK, Second edn..
[2] CDC -Trung tâm ngăn chặn và kiểm soát dịch: http://www.cdc.gov/flu/avian- /gen-info/flu-viruses.html, http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol12no01/051254.htm. [3] Edgar, R. C. (2004) MUSCLE: multiple sequence alignment with high accura- cy and high throughput. Nucl. Acids Res., 32, 1792-1797. Link tải phần mềm
MUSCLE: “www.drive5.com/muscle/”.
[4] Higgins, D. (2003) Multiple alignment. In Salemi, M. and Vandamme, A.-M. (eds.), The Phylogenetics Handbook A Practical Approach to DNA and Protein Phylogeny, pages 45–60, Cambridge University Press, Cambridge.
[5] NCBI Thông tin về cơ sởdữliệu của NCBI như ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genom- es/INFLUENZA/README, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.ht- ml.
[6] Nippon Rinsho, 1997 Oct. Influenza virus genome structure and encode pro- teins, J Med Biol Res, 55(10): 2542-6.
[7] Notredame, C., Higgins, D. and Heringa, J. (200) T-COFFEE: A novel method for multiple sequence alignments. Journal of Molecular biology, 302, 2005-217. [8] Roderic D. M. Page Division of Environmental and Evolutionary Biology In- stitute of Biomedical and Life Sciences University of Glasgow, Glasgow G12 QQ, Scotland, UK. Link tải phần mềm về tại địa chỉ http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk- /rod/treeview.html.
[9] Thompson, J.D., Higgins, D. G. and Gibson, T. J. (1994) CLUSTAL W: im- proving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through se-
[10] Saitou N, Nei M (1987). "The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees". Mol Biol Evol 4 (4): 406-425.
[11] Voyles, 2002: The biology of Viruses. Mc Graw Hill.
[12] Thống kê của tổ chức y tế thế giới WHO: http://www.euro.int / influeza/20- 080702_9, Cumulative Number of Confirmed Human Cases of A-vian Influenza A/(H-5N) Reported to WHO 3 April 2008, http://www.who.int/csr/disease/avian- _influenza/en/.
[13] Wan X-F, Nguyen T, Davis CT, Smith CB, Zhao Z-M, et al, (2008) Evolu- tion of Highly Pathogenic H5N1 Avian Influenza Viruses in Vietnam between 2001 and 2007. Plos ONE 3(10): e3462. doi: 10.1371/journal.pone.0003462, 3, 1- 12.
[14] Waterman, M. S. (2000) Introduction to Computational Biology. Chapman and Hall, London, UK, first crc press edn..
Các hình ảnh tham khảo
Hình 1. Cấu trúc tếbào (http://www.harlemschool.com/10TH/sci_pdf/graphics/an-
imal_cell.gif)...4
Hình 2. Mô hình cấu trúc phân tửADN(http://www.scp.ubc.ca/wpcontent/dna.gif) ...4
Hình 3. Cách mã hóa 20 axit amin ( http://plato.standford.edu/entries/information- biological/G-enticCode.png )...5
Hình 4. Cây tiến hóa(Wan X-F, Nguyen T, Davis -CT, Smith CB, Zhao Z-M, et al, 2008, Evolution of Highly Pathogenic H5N1, Avian Influenza Viruses in Vietnam between 2001 and 2007...7
Hình 5. Một sốvirut xuất hiện trong các trận dịch ( http://www.news.cornell.edu/- stories/Oct05/pademic_timeline.jpg )...9
Hình 6. Quá trình phát triển của virut cúm (http://www.csc-scc.gc.ca/text/pblct/h- sbulletin/2005/no2/vol3no2-2005_image001_e.gif)...12
Hình 7. Mô hình làm việc của chương trình...14
Hình 8. Ví dụthông tin chi tiết vềvi rút cúm ởViệt Nam trong các bài báo ởpub- med...15
Hình 9 . Giao diện trang đăng nhập vào đểquản lý cập nhật dữliệu...16
Hình 10. Tự động cập nhật dữliệu...17
Hình 11. Tran chủtìm kiếm chuỗi...21
Hình 12. Kết quảtìm kiếm Protein/Nucleotide/Coding region...22
Hình 15. Kết quảsau khi chọn download file FASTA...23
Hình 16. Sắp hàng đa chuỗi...24
Hình 17. Ví dụvềcây tiến hóa“http://coltech.vnu.edu.vn/courses/Bioinformatics- /”...24
Hình 18. Download file tree.zip sau khi thực hiện build tree...25
Hình 19. Trang xem sựphân bốcủa virut cúm...26
Hình 20. Phân bốcúm của các tỉnh/miền ởViệt Nam...27
Hình 21. Phóng to hình ảnh phân bốcúm ởViệt Nam...27
Hình 22. Phân bốcúm ở các nước trên thếgiới...27
Hình 23. Phóng to hình ảnh phân bốcúm ở các nước trên thếgiới...27
Hình 24. Giao diện chương trình thống kê vềvirut cúm...28
Hình 25. Thống kê virut cúm cho các vùng của Việt Nam...29
Hình 26. Thống kê virut cúm cho Việt Nam...29
Các bảng tham khảo
Bảng 1. Ví dụ2 chuỗi gene của Human và Chimpanzee...6
Bảng 2. Sau khi sắp hàng 2 chuỗi...6
Bảng 3. Ví dụ gióng hàng đa chuỗi...6
Bảng 4. Thống kê các trận đại dịch trên thếgiới (theo thống kê của tổchức y tếthế giới WHO http://www.euro.who.int/influenza/20080702_9 )...11
Bảng 5. Thống kê những trận dịch cúm những năm gần đây(theo thống kê của tổ chức y tếthếgiới WHO “Cumulative Number of Confirmed Human Cases of A- vian Influenza A/(H5N) Reported to WHO 3 April 2008 ” – http://www.who.int/- csr/disease/avian_influenza/en/)...11
Bảng 6. Ví dụvềchuẩn hóa thông tin tỉnh thành Việt Nam...16
Bảng 7. Thông tin trong tệp genomeset.dat...17
Bảng 8. Thông tin trong tệp influenza.cds...18
Bảng 9. Thông tin trong tệp influenza.dat...18
Bảng 10. Thông tin trong tệp influenza.faa...18
Bảng 11. Thông tin trong tệp influenza.fna...18
Bảng 12. Thông tin trong tệp influenza_aa.dat...19
Bảng 13. Thông tin trong tệp influenza_na.dat...19
Bảng 14. Bảng “genomeset”...19
Bảng 17. Bảng “protein”...20 Bảng 18. Dạng của file FASTA...23