Mặc dù có những đóng góp nhất định cả về lý thuyết lẫn thực tiễn, luận án cũng có những hạn chế nhất định:
Thứ nhất, vì hệ thống ngân hàng Việt Nam trong giai đoạn tác giả nghiên cứu từ 2011 đến 2017, có nhiều ngân hàng yếu kém và đang trong giai đoạn sáp nhập, hợp nhất, bị kiểm soát đặc biệt nên hạn chế về số liệu, mẫu quan sát nhỏ. Từ đặc thù trên nên nghiên cứu cũng không có điều kiện xem xét dữ liệu của các ngân hàng trước và sau sáp nhập.
Thứ hai, chưa đi sâu nghiên cứu vấn đề QTCT trong khối ngân hàng nước ngoài, ngân hàng liên doanh và các tổ chức tín dụng phi ngân hàng.
Thứ ba, khi phân tích rủi ro của ngân hàng, luận án mới chỉ áp dụng rủi ro phá sản và rủi ro tín dụng. Thế nên, sẽ tốt hơn nếu đưa vào nghiên cứu các loại rủi ro khác như: rủi ro tổng thể, rủi ro lãi suất, rủi ro thị trường, rủi ro hoạt động…. Đồng thời, khi phân tích hiệu quả tài chính của ngân hàng, luận án mới chỉ sử dụng thang đo ROA, ROE và NIM được thu thập từ báo cáo tài chính. Nguồn thông tin này mang tính chất thời điểm và ít nhiều được cho rằng thông tin này được điều chỉnh theo chiến lược kinh doanh của ngân hàng. Do vậy, sẽ tốt hơn nếu đưa vào nghiên cứu các thang đo hiệu quả tài chính theo cách tiếp cận thị trường.
Cuối cùng, do mục tiêu của đề tài chỉ xem xét một chiều về tác động của QTCT đến rủi ro và hiệu quả tài chính của ngân hàng, nên đề tài chưa nghiên cứu đầy đủ mối quan hệ hai chiều.
Để khắc phục được hạn chế này, tác giả đề xuất hướng nghiên cứu tiếp theo là nghiên cứu trong thời gian dài hơn, phạm vi rộng hơn hoặc sử dụng thêm số liệu của giai đoạn trước tái cơ cấu và sau tái cơ cấu. Đồng thời, sử dụng các thang đo rủi ro và hiệu quả tài chính đa dạng hơn.