Với tiềm lực tài chính mạnh và khả năng sử dụng vốn ngắn hạn đầu tư dài hạn, các NHTM có thể đóng vai trò là nhà đầu tư trên thị trường trái phiếu, đặc biệt là đối với trái phiếu Chính phủ, vốn đòi hỏi tầm nhìn đầu tư trung và dài hạn. Trên thực tế, một số lượng lớn trái phiếu Chính phủ và công trái là do NHTM mua.Các NHTM đầu tư vào trái phiếu chính phủ ở mức độ nhất định, sẽ tạo ra hiệu quả cao trong việc sử dụng vốn của các NHTM nói riêng và của nền kinh tế nói chung. Nhiều nghiên cứu và thực tế của các nước đã cho thấy, việc đầu tư quá nhiều vào trái phiếu chính phủ của các NHTM cũng gây khó khăn cho thực thi chính sách tiền tệ.Khi các NHTM có xu hướng đầu tư quá nhiều vào trái phiếu chính phủ với thời hạn dài hơn các kỳ hạn huy động, khiến các định chế này phải đối mặt với tình trạng thiếu hụt vốn khả dụng. Sự mất cân đối vốn khả dụng mang tính cơ cấu có thể ảnh hưởng đến việc phân bổ vốn khả dụng các ngân hàng trên thị trường liên ngân hàng và ảnh hưởng đến lãi suất thị trường liên ngân hàng, làm cho lãi suất qua đêm biến động mạnh khi sự mất cân bằng là đáng kể. Khi đó, NHTW buộc phải sử dụng các nghiệp vụ thường xuyên để bơm vốn cho các NHTM nhằm giảm sự biến động lãi suất trên thị trường liên ngân hàng và như vậy, vô hình trung NHTW đã cung ứng tiền qua ngân sách, qua đó có thể gây áp lực lạm phát.
Thực tế đến đầu năm 2008, xét trên tổng thể mức độ đầu tư vào trái phiếu chính phủ và các loại trái phiếu khác của các NHTM Việt Nam đang ở một tỷ lệ chưa cao so với tổng nguồn vốn huy động, nhưng so với nguồn vốn huy động VND có kỳ hạn từ 12 tháng trở lên thì chiếm tới 36% và riêng lẻ cũng có ngân hàng mức độ đầu tư vào các loại trái phiếu chính phủ là rất lớn, lên tới trên 30% tổng nguồn vốn huy động.