Thực hiện cải cách hành chính trong khâu nhận thủ tục và cấp giấy phép đầu tư. Khi nhận các dự án đầu từ và cấp phép phải xem xét thật kỹ hiệu quả kinh tế mà dự án đó mang lại trong ngắn hạn và dài hạn. Chúng ta đang rất cần vốn đầu tư nước ngoài để phát triển kinh tế nhưng cũng phải lựa chọn công nghệ và dự án kèm theo tiêu chí môi trường và phát triển bền vững. Không nên lựa chọn các dự án tuy có mức đầu tư lớn nhưng lại là công nghệ cũ và tác hại đến môi trường, dự án phải hài hòa với mục tiêu quy hoạch phát triển của từng vùng và của cả nước.
Thủ tục đăng ký kinh doanh và cấp phép sau khi đã được chấp thuận thì cần phải rút ngắn thời gian thực hiện để tạo điều kiện thuận lợi cho các nhà đầu tư, tránh trường hợp chồng chéo thủ tục giữa các bên làm kéo dài thời gian đang ký và gây phiền hà tốn
Hiện nay, Thông tư 66/2010 hướng dẫn việc xác định giá cho các giao dịch đã ra đời nhưng văn bản hướng dẫn cụ thể các mức phạt hay các hình thức xử phạt cụ thể vẫn chưa cụ thể rõ ràng. Thiết nghĩ, chính phủ cần ban hành qui chế xử phạt cụ thể cho các trường hợp phát hiện hành vi chuyển giá, phổ biến rộng rãi cho mọi thành phần kinh tế và nhà đầu tư đều biết và chấp hành. Việc cụ thể hóa hình thức phạt và mức phạt sẽ tạo nên sự công bằng và hiệu quả trong công tác kiểm tra và xử lý các trường hợp vi phạm đồng thời giảm các tiêu cực có thể xảy ra trong công tác kiểm tra.
Dựa vào kinh nghiệm của các quốc gia khác thì Việt Nam có thể xây dựng cho mình một tỷ lệ phạt cho các trường hợp thực hiện hành vi chuyển giá. Tương tự như mức phạt tại Mỹ thì Việt Nam có thể áp dụng như sau: Khi cơ quan thuế xem xét các nghiệp vụ chuyển giao tại MNC trên cơ sở áp dụng các phương pháp xác định giá thị trường theo hướng dẫn Thông tư 66/2010, nếu phát hiện có sai biệt giữa giá doanh nghiệp kê khai với giá thị trường, đồng thời doanh nghiệp không chứng minh được lý do hợp lý của sự sai biệt này thì cơ quan thuế có thể áp dụng mức phạt từ 20% đến 40% tùy theo mức độ sai lệch lớn hay nhỏ. Trường hợp cơ quan thuế xem xét sự khác biệt này dựa vào lợi nhuận sau khi áp dụng các phương pháp căn bản so sánh lợi nhuận của doanh nghiệp với lợi nhuận bình quân ngành thì có thể đưa ra một tỷ lệ phạt sao cho phù hợp, đồng thời phải đảm bảo tính răn đe cho các doanh nghiệp khác.
Tuy nhiên, trong những trường hợp đặc biệt, doanh nghiệp có đầy đủ chứng từ hợp pháp để chứng minh sự khác biệt về giá cả là hợp lý thì doanh nghiệp sẽ không bị phạt.