1. Phòng Hành Chánh quản trị 2. Phòng Tổ chức và huấn luyện.
3. Phòng nghiên cứu tổng hợp (bao gồm cả đội kiểm soát và đội thuyền vụ). 4. Phòng Kiểm soát
5. Phòng Kỹ thuật.
6. Phòng Kế toán, thuế giá biểu và thống kê. Các cơ quan ngoại gồm có:
1. Ty Hải quan thương cảng Sài Gòn. 2. Ty Hải quan Sân bay Tân Sơn Nhất. 3. Ty Hải quan Bưu điện Sài Gòn. 4. Và Ty Hải quan các tỉnh.
Qua từng thời kỳ bộ máy tổ chức của Cục có thay đổi cho phù hợp với tình hình thực tế và yêu cầu thực hiện nhiệm vụ của Cục và theo quy định chung của ngành Hải quan.
-Tổ chức bộ máy của Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh hiện tại:
1. 1.Văn phòng Cục.
2. Phòng Tổ chức cán bộ và đào tạo. 3. Phòng Thanh tra.
4. Phòng Nghiệp vụ.
5. 5 .Phòng Tham mưu chống buôn lậu và xử lý. 6. Phòng Trị giá tính thuế.
7. Phòng Kiểm tra sau thông quan.
8. Trung tâm dữ liệu và Công nghệ thông tin. 9. Đội Kiểm soát Hải quan.
11. Chi Cục Hải quan CK Cảng Sài Gòn khu vưc 1 12. Chi Cục Hải quan CK Cảng Sài Gòn khu vưc 2 13. Chi Cục Hải quan CK Cảng Sài Gòn khu vưc 3 14. Chi Cục Hải quan CK Cảng Sài Gòn khu vưc 4 15. Chi Cục Hải quan Bưu điện.
16. Chi Cục Hải quan Quản lý hàng gia công. 17. Chi Cục Hải quan Quản lý hàng đầu tư. 18. Chi Cục Hải quan Khu chế xuất Tân Thuận. 19. Chi Cục Hải quan Khu chế xuất Linh Trung. 20. Chi Cục Hải quan Tân Tạo.
2.2 Phân tích thực trạng hoạt động tính thuế tại Cục hải quan TP Hồ ChíMinh sau khi Việt Nam gia nhập WTO Minh sau khi Việt Nam gia nhập WTO
2.2.1 Phân tích thực trạng quy trình hoạt động tính thuế tại Cục hải quanTP Hồ Chí Minh sau khi Việt Nam gia nhập WTO TP Hồ Chí Minh sau khi Việt Nam gia nhập WTO
Cục Hải quan T.P Hồ Chí Minh là một đơn vị Hải quan lớn nhất của cả nước, thực hiện khối lượng công việc chiếm trên 40% khối lượng công việc của toàn ngành, và số thu ngân sách đạt gần 50% tổng số thu từ hoạt động XNK trong cả nước. Chính vì vậy, có thể khẳng định rằng, kết quả công tác của Hải quan TP.Hồ Chí Minh có tính quyết định quan trọng tới kết quả chung của ngành Hải quan .Năm 2007, ngành Hải quan thu nộp ngân sách đạt hơn 80.000 tỷ đồng… Với chỉ tiêu được giao thu nộp ngân sách năm sau luôn cao hơn năm trước từ 10 đến 15% (năm 2006 được giao 60.000 tỷ đồng, năm 2007 là 69.000 tỷ đồng), trong đó cục hải quan thành phố thu nộp ngân sách hơn 34.342 tỷ đồng ( chiếm gần 50 % thu ngân sách so với toàn ngành ) Công tác thu thuế của Hải quan luôn đòi hỏi sự nỗ lực của không chỉ của cục hải quan thành phố Hồ Chí Minh nói riêng mà đòi hỏi sự nỗ lực của toàn ngành . Đặt trong bối cảnh khi Việt Nam gia nhập WTO, hàng nghìn dòng thuế bị cắt