Tranh chấp giữa người mua và người bán về bộ chứng từ thường là do người bán xuất trình bộ chứng từ không phù hợp với quy định của L/C, giao chứng từ giả mạo, hoặc không thể lập bộ chứng từ thanh toán phù hợp do đã chấp nhận một yêu cầu chịu sự khống chế của người mua, hay do người mua vì không muốn nhận hàng nên từ chối thanh toán… tùy mỗi trường hợp cụ thể lại có cách xử lý riêng:
a/ Trường hợp người bán không thể lập được bộ chứng từ thanh toán theo quy định của L/C do đã chấp nhận một L/C có các điều khoản mà người mua đã
do sức ép của thị trường hoặc các sức ép khác mà người bán đã phải chấp nhận một L/C trong đó yêu cầu một hay một số loại chứng từ do người mua hoặc người thay mặt người mua cung cấp, hoặc chấp nhận một L/C và việc thực hiện các quy định của L/C đó vẫn chịu sự chi phí của người mua. Vì vậy, sau này nếu người mua không có thiện chí, không cung cấp các chứng từ hoặc không nhận hàng thì người bán sẽ không thể lập được chứng từ phù hợp với L/C do đó không thể nhận được tiền hàng. Khi đó người bán sẽ phải thương lượng để yêu cầu người mua nhận hàng hoặc cung cấp các chứng từ còn thiếu. Nếu người mua không thực hiện thì sẽ phát sinh tranh chấp.
b/ Trường hợp phát sinh tranh chấp do người mua không nhận được hàng, ví dụ, người bán xuất trình vận đơn nhận hàng để xếp “received for shipment B/L” mà chưa có dấu “on board” hoặc các chứng từ khác có sai biệt rồi sau đó thuyết phục người mua chấp nhận sai biệt đó của chứng từ để chỉ thị cho ngân hàng thanh toán. Người mua nếu đồng ý và sau này không nhận được hàng thì sẽ không có quyền khiếu nại người bán hoặc ngân hàng vì chứng từ không phù hợp mà chỉ có quyền khiếu nại hoặc kiện người bán theo quan hệ hợp đồng. Chính vì vậy người mua tốt nhất không nên vội vã chấp nhận các sai biệt của chứng từ và đồng ý cho ngân hàng thanh toán tiền. Hoặc người bán giao chứng từ phù hợp với L/C nhưng lại là chứng từ giả mạo thì chứng tỏ người bán đã có ý đồ lừa đảo, không giao hàng. Khi chứng từ phù hợp L/C, NH sẽ trả tiền và không chịu trách nhiệm gì, vì vậy người mua lúc này chỉ có cách duy nhất để ngăn chặn việc ngân hàng trả tiền bằng cách cung cấp các bằng chứng về sự lừa đảo với tòa án. Tuy nhiên, biện pháp này chỉ có kết quả khi ngân hàng chưa kịp thanh toán cho người bán, nếu thanh toán rồi thì ngân hàng sẽ không chịu trách nhiệm gì. Vì
vậy, cách giải quyết tốt nhất là doanh nghiệp phải nên xem xét kĩ đối tác trước khi ký hợp đồng và can thiệp kịp thời khi phát hiện các dấu hiệu lừa đảo.
c/ Trường hợp người bán xuất trình được bộ chứng từ phù hợp nhưng không thể hiện đúng thực tế giao hàng, hàng kém chất lượng. Khi bộ chứng từ phù hợp, NH sẽ chỉ căn cứ vào chứng từ để thanh toán cho người hưởng lợi, không xem xét đến thực tế giao hàng. Chính vì vậy, dù tiền hàng đã được trả, nhưng thực tế hàng giao không đúng như đã thỏa thuận trong hợp đồng, người mua nhận được không đủ hàng hoặc hàng kém chất lượng, giảm chất lượng do ẩm mốc, lẫn tạp chất… Người mua sẽ yêu cầu người bán gửi hàng thay thế hoặc giảm giá lô hàng. Tuy nhiên, nếu người bán không thiện chí hợp tác, từ chối gửi lại hàng hoặc giảm giá khiến cho người mua phải tự xử lý hàng hoá như dỡ hàng, lưu kho cho đến khi vấn đề được giải quyết hoặc phải tìm người mua mới bán lại với giá thấp. Đồng thời, người mua phải chịu những chi phí như lưu tàu quá hạn, phí lưu kho… Để đòi bồi thường những tổn thất do việc giao hàng không đúng như trong hợp đồng, người NK sẽ kiện người XK dựa trên hợp đồng mua bán quốc tế hai bên đã ký kết và các chứng từ hàng hóa có liên quan.