4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.4 Kết quả giải trình tự
Kết quả giải trình tự sẽ cho ta trình tự dạng chữ (A, G, T, C) và trình tự dạng peak. Trình tự giải từ sens primer đƣợc tổng cộng 314 / 336 nucleotic :
GGGGTAGGTAGGACCCTGTGGCACCCAGGCGCCGAAGACGCAGAAGAGGAGGCAATCGCCGCTCTACGAAGAACTGGAGTTCCCCG AGGACGAGGCTCAAGCGAGACATTCGTGTTTACAAAGGACAACCTCGTGGGCAACACCCAAGGAAGTTTCACCTTCGGGCCGAGTCT ATCAGACTGTCCGGCATTCAAGGATGGAATACTCAAGGCCTACCATGAGTATAAGATCACAAGCATCTTACTTCAGTTCGTCAGCGAG GCCTCTTCCACCTCCTCCGGTTCCATCGCTTATGAGTTGGACCCCCATTGCAA
Kết quả giải trình tự bằng Antisense primer đƣợc 308 / 336 nucleotic:
CTAGAGGAGGAGGTGGAGAGGCCTCGCTGACGAACTGAAGTAAGATGCTTGTGATCTTATACTCATGGTAGGCCTTGAGTATTCCATCC TTGAATGCCGGACAGTCTGATAGACTCGGCCCGAAGGTGAAACTTCCTTGGGTGTTGCCCACGAGGTTGTCCTTTGTAAACACGAATGT CTCGCTTGAGCCTCGTCCTCGGGGAACTCCAGTTCTTCTTGAGCGGCGATTGCCTCCTCTTCTGCGTCTTCGGCGCCTGGGTTGCCCAGG GGCCGTGACCATAACCACTGGC TGAACTCTGT TAGCGCGA
Dùng phần mềm CLUSTAL X để so sánh hai trình tự giải đƣợc. Kết quả so sánh sẽ cho thấy những vị trí tƣơng đồng và không tƣơng đồng trên đoạn gen đó. Vị trí các nucleotide tƣơng đồng đƣợc đánh dấu “ * ”, không tƣơng đồng dấu “ - ”. Những
Hình 4.3 Kết quả giải trình tự dạng peak bằng Antisense primer Hình 4.2 Kết quả giải trình tự dạng peak bằng Sense primer
nucleotide tại các vị trí không tƣơng đồng (thƣờng ở đoạn đầu), ta sẽ kết hợp với trình tự dạng peak để hoàn chỉnh đoạn gen mong muốn. Dƣới đây là kết quả so sánh trình tự giải đƣợc từ 2 primer.
*: Trình tự tƣơng đồng -: Trình tự không tƣơng đồng
anti: Trình tự giải đƣợc nhờ Antisense primer Sens: Trình tự giải đƣợc nhờ Sense primer
Trình tự hoàn chỉnh của đoạn gen mong muốn sẽ có tổng số 339 nucleotic, trong đó có 3 nucleotide loại A, 1 ở đầu 3’ và 2 đầu 5’. Sở dĩ có thêm 3 nucleotic trên là do kết quả của phản ứng PCR (Dr. Mchael blader). Dƣới đây là trình tự cDNA hoàn chỉnh của PLRV sau khi đối chiếu kết quả giải trình tự dạng peak và dạng chữ từ hai primer Sense và Antisense.
Kết quả so sánh trên ngân hàng gen với độ tƣơng đồng 100% . Nhƣ vậy trình tự ta có đƣợc là chính xác đồng thời kết quả này cũng khẳng định đây chính là đoạn gen của PLRV và mẫu đƣợc kiểm tra đã bị nhiễm virus PLRV chứ không phải virus nào khác. Ngoài ra cũng khẳng định đƣợc rằng tại Đà Lạt không hề có bất kỳ đột biến nào ở đoạn gene trên.
Kết quả giải trình tự bằng Antisense primer
Hình 4.5 Trình tự sợi Sense của đoạn cDNA của PLRV
Hình 4.6 Kết quả so sánh trình tự sản phẩm PCR của PLRV trên ngân hàng gen (Query: Trình tự của sản phẩm PCR; Sbjct: Trình tự có sẵn trên ngân hàng gen)