Các nghiên cứu sẽ tập trung để giải quyết một số vấn đề nhằm tạo tiền đề cho việc tạo ra công nghệ mới, hàng hoá mới. Các hướng nghiên cứu chính là:
Chọn tạo giống: Sẽ tiến hành nghiên cứu chọn giống đối với các đối tượng có xu hướng sản xuất hàng hoá lớn như tôm chân trắng, tôm Sú, cá Rô phi (tiếp tục), cá Chim, cá Giò, Ngao Bến Tre…dựa trên những hiểu biết trong lĩnh vực di truyền kết hợp sử dụng công nghệ sinh học hỗ trợ chọn và tạo giống. Tính trạng được lựa chọn là lớn nhanh, hiệu quả sử dụng thức ăn, tỷ lệ thịt và khả năng kháng bệnh cao. Các sản phẩm sau này là đàn bố mẹ hoặc con giống có các ưu thế được chọn sẽ được cung cấp cho các cơ sở sản xuất giống hoặc nuôi thương phẩm.
Công nghệ sản xuất giống: Tập trung nghiên cứu công nghệ sinh sản nhân tạo đối với các đối tượng nuôi mới (gia hoá), đặc biệt các đối tượng có giá trị kinh tế cao từ các khâu nuôi vỗ bố mẹ, kích thích sinh sản nhân tạo, kỹ thuật
ấp trứng, ương nuôi ấu trùng thành con giống trong điều kiện an toàn sinh học cao.
Công nghệ nuôi: Nghiên cứu và ứng dụng các tiến bộ khoa học sẽ được chú trọng để phát triển công nghệ nuôi tiên tiến nhằm nâng cao năng suất, hiệu quả kinh tế, an toàn vệ sinh thực phẩm và môi trường nuôi trên tất cả các hình thức nuôi (nuôi biển, nước lợ, nước ngọt, nước lạnh). Đối với nuôi biển, công nghệ lồng bè và hệ thống công trình, thiết bị nuôi biển đồng bộ là những nghiên cứu được ưu tiên trong giai đoạn tới. Bên cạnh đó, các hệ thống nuôi trên bờ công nghệ cao (tuần hoàn nước, an toàn sinh học) cũng sẽ được nghiên cứu nhằm đẩy nhanh phát triển nuôi biển theo hướng sản xuất hàng hóa tập trung. Ngoài các công nghệ cho các đối tượng nuôi truyền thống và các đối tượng nuôi tiềm năng, các nghiên cứu sẽ tập trung vào các đối tượng nuôi chủ lực đã được ngành xác định.
Dinh dưỡng và thức ăn: Đây là lĩnh vực khá mới đối với Viện I. Trong thời gian tới, Viện I sẽ tăng cường, nâng cấp trang thiết bị nghiên cứu và đào tạo thêm nguồn nhân lực thông qua các chương trình, dự án nghiên cứu và hợp tác quốc tế. Hướng nghiên cứu chính trong lĩnh vực này là nghiên cứu xây dựng công thức thức ăn phù hợp cho các đối tượng mới như cá nuôi nước ngọt bản địa, cá nước lạnh và cá biển theo các hướng: tăng tốc độ tăng trưởng, tăng hiệu quả sử dụng thức ăn, giảm chi phí thức ăn, tăng chất lượng thịt cá...Việc nghiên cứu các nguồn nguyên liệu thức ăn trong nước thay thế các nguồn nguyên liệu nhập nội cũng sẽ được chú trọng. Viện I sẽ hợp tác chặt chẽ với các doanh
nghiệp sản xuất thức ăn để kết quả nghiên cứu có thể được ứng dụng sớm nhất vào thực tiễn sản xuất.
Chế phẩm sinh học:Sẽ đầu tư nghiên cứu các chế phẩm sinh học nhằm cải tạo môi trường trên nền tảng sử dụng các tập đoàn vi sinh có lợi hoặc các nhóm enzim, nhằm đảm bảo an toàn hệ sinh thái trong ao hồ nuôi. Hướng nghiên cứu khác là xác định các hoạt tính sinh học trong các đối tượng thuỷ sản, đặc biệt là các đối tượng hải sản làm nguyên liệu cho công nghiệp, y tế, sản xuất mỹ phẩm, thực phẩm….
Môi trường và sức khỏe động vật thủy sản: Viện I sẽ tập trung vào việc đánh giá tác động môi trường, thích ứng với biến đổi khí hậu và các giải pháp thân thiện với môi trường trong việc đảm bảo môi trường nuôi bền vững. Các nghiên cứu về sức khỏe động vật thủy sản sẽ đi theo hướng phòng bệnh chủ động thông qua việc đảm bảo môi trường nuôi, tăng cường sức khỏe và tăng khả năng kháng bệnh bằng các giải pháp nhằm đảm bảo an toàn vệ sinh thực phẩm bao gồm chọn giống kháng bệnh, sử dụng chế phẩm sinh học và vaccine phòng bệnh. Bên cạnh đó các nghiên cứu nhằm xác định tác nhân, nguyên nhân gây bệnh đối với các bệnh mới xuất hiện cũng sẽ được Viện chú trọng.
