Bên cạnh những ưu điểm mà công ty đã đạt được thì cũng tồn tại một số hạn chế. Có những điểm công ty làm sai hoặc không thực hiện theo chế độ, quy định của nhà nước ban hành, có những điểm là do công ty làm chưa hợp lý, chưa hiệu quả, chưa tốt nhất cho hoạt động sản xuất kinh doanh của công ty.
Tài khoản sử dụng
Về Tài khoản hàng hóa: Công ty không mở chi tiết cho tài khoản hàng hóa để phản ánh chi phí mua hàng mà chi phí mua hàng công ty hạch toán vào tài khoản chi phí bán hàng của công ty (TK 641) như vậy là sai nguyên tắc vì chi phí mua hàng thuộc về giá vốn của hàng hóa.
Giảm giá hàng bán (TK 532)
Mặc dù là một công ty kinh doanh thương mại nhưng công ty không sử dụng tài giảm giá hàng bán mà giảm trực tiếp vào giá bán hàng hóa. Công ty giải thích là để cho tiện hạch toán, giảm bớt công việc kế toán. Nhưng như vậy là không hợp lý, sẽ không thể hiện đúng bản chất của việc giảm giá hàng bán, không thể hiện được tác dụng của việc giảm giá, không khuyến khích được khách hàng vì khách hàng không thấy rõ được các khoản mình được ưu tiên, miễn giảm.
Tài khoản dự phòng giảm giá hàng bán (159) Mặc dù kinh doanh banh kẹo là một sản phẩm có giá lên xuống thất thường nhưng công ty không sử dụng tài khoản
dự phòng giảm giá hàng bán, có nghĩa là cũng không trích lập dự phòng này. Công ty không lập dự phòng giảm giá sẽ dẫn đến khả năng rủi ro cao cho các mặt hàng tồn kho vì các mặt hàng này giảm giá sẽ làm cho hàng tồn kho của công ty giảm giá trị nếu vẫn ghi nhận như khi mua về thì sẽ không phản ánh đúng giá trị tài sản của công ty, sẽ ảnh hưởng đến lợi nhuận của công ty. Và làm ảnh hưởng đến việc phân tích các chỉ số của công ty kéo theo là ảnh hưởng đến chiến lược phát triển của công ty.
Phương pháp hạch toán
Hạch toán nghiệp vụ xuất hàng khuyến mại
Là một công ty kinh doanh thương mại lớn việc khuyến mại cho khách hàng để thu hút khách hàng, nâng cao doanh thu tiêu thụ cho công ty là một trong những chiến lược bán hàng của công ty. Những nghiệp vụ xuất hàng khuyến mại của công ty không hạch toán đúng theo quy định của nhà nước ban hành. Khi xuất kho hàng hóa để khuyến mại công ty không ghi tăng giá vốn và giảm hàng hóa mà ghi tăng trực tiếp vào chi phí bán hàng. Hạch toán như vậy tuy không làm thay đổi lợi nhuận của công ty nhưng sai quy định hiện hành.
Sổ sách kế toán
Sổ cái
Công ty mở sổ cái cho các tài khoản chi tiết là sai quy định. Sổ cái chỉ mở cho các tài khoản tổng hợp, để theo dõi tổng hợp một tài khoản, vậy mà công ty mở sổ cái cho các tài khoản chi tiết sẽ không thể hiện rõ được tác dụng của sổ cái các tài khoản là theo dõi tổng hợp phát sinh trên tài khoản đó và không đúng theo quy định ban hành.