Tổng hợp các quá trình trao đổi và biến đổi của vật chất và năng lượng trong một địa hệ gọi là cấu trúc chức năng của hệ thống đó.
Sự hoạt động chức năng của cảnh quan tuân theo những qui luật của vật lý, hóa học, cơ học và sinh học, bao gồm các quá trình sơ đẳng như vận động cơ học của vật liệu, các quá trình quang hợp, quá trình khoáng hóa v.v…
Chuyên ngành Địa hóa cảnh quan có vai trò lớn trong việc khảo sát cảnh quan về phương diện tương quan giữa các nguyên tố, tức là sự di chuyển theo chiều ngang và chiều thẳng đứng của chúng.
Hoạt động chức năng của hệ thống cảnh quan là một hoạt động tổng hợp, người ta phân biệt các kênh liên lạc chính giữa các thành phần của cấu trúc cảnh quan như sau:
1) Sự vận chuyển cơ học (do trọng lực) của vật chất (thể rắn, thể lỏng, thể khí) đi kèm với sự biến đổi thế năng thành động năng. Đặc điểm của kênh này là tính có hướng một chiều của nó. Ví dụ sự vận chuyển của nước dưới tác dụng của trọng lực. Sự di chuyển một khối lượng lớn nguyên tố quan trọng trong đó có các nguyên tố vi lượng. Sự chuyển dịch của muối và bụi do gió. Thông qua kênh này, các mối liên hệ theo chiều ngang và chiều thẳng đứng được thực hiện cũng như sự nhất thể hóa cảnh diện vào cảnh quan. 2) Các quá trình vật lý (phân tử) đảm bảo các khâu chính trong sự trao đổi theo chiều thẳng đứng giữa các thành phần chủ yếu nhờ năng lượng mặt trời. Ví dụ sự bốc hơi, sự dâng lên của nước theo các mao mạch trong đất, các dòng đối lưu của không khí.
3) Sự chuyển hóa sinh vật (sinh vật) rất quan trọng trong hệ thống các mối liên hệ giữa các hợp phần (nhờ đó mà có sự trao đổi vật chất giữa tất cả các hợp phần của cảnh quan) nhờ có năng lượng mặt trời. Sự chuyển hóa sinh vật đóng vai trò quan trọng trong việc điều chỉnh và ổn định cảnh quan: nếu như sự vận chuyển cơ học
mang vật chất ra khỏi cảnh quan thì sự chuyển hóa sinh vật giữ nó lại trong vòng tuần hoàn, ngăn cản sự mang chúng đi và như vậy là kìm chúng lại trong cảnh quan. Ví dụ sự quang hợp của thực vật, sự khoáng hóa…