Ngành thuỷ sản nước ta mang đặc tính của một ngành kinh tế có hoạt động sản xuất đa dạng, tập trung sản xuất hàng xuất khẩu, phát triển dựa vào nền tảng nguồn lợi tự nhiên. Do vậy kinh tế thuỷ sản nước ta thường chịu nhiều rủi ro cả về mặt thị trường và môi trường trong quá trình phát triển, đặc biệt là trong bối cảnh kinh tế hội nhập hiện nay. Để ổn định mức tăng trưởng kinh tế của ngành cần phát triển bền vững, đặc biệt là trong các hoạt động khai thác, nuôi trồng, chế biến thủy sản và sản xuất giống.
Theo Quy hoạch tổng thể phát triển ngành thuỷ sản đến năm 2010 và định hướng đến năm 2020, ngành thuỷ sản phấn đấu trở thành ngành sản xuất hàng hoá lớn, tiếp tục phát triển vừa nhanh vừa bền vững. Phát triển bền vững ngành thuỷ sản phải là: tăng trưởng kinh tế nhanh và ổn định, thay đổi mô hình sản suất và tiêu thụ sản phẩm thuỷ sản theo hướng thân thiện với môi trường, tiết kiệm tài nguyên thiên nhiên, an sinh xã hội và an toàn sinh thái. Do đó, mục tiêu của ngành là nguồn lợi thuỷ sản phải được sử dụng lâu dài để vừa thoả mãn nhu cầu tăng thị phần xuất khẩu và mức tiêu thụ thuỷ sản nội địa trước mắt, vừa duy trì nguồn lợi cho các kế hoạch phát triển kinh tế thuỷ sản trong tương lai và cho các thế hệ mai sau. Định hướng chung của ngành
đến năm 2020 nhằm đưa ra 3 mục tiêu lớn: thứ nhất là phát triển nghề cá thương mại theo hướng công nghiệp hoá- hiện đại hóa với quy mô tập trung, sản xuất hàng hoá lớn và liên hoàn, cùng với việc hình thành các tụ điểm nghề cá lớn ở những khu vực có tiềm năng và triển vọng như ở dải ven biển, đồng bằng Nam Bộ và một số cụm đảo; thứ hai: đảm bảo chất lượng và tính cạnh tranh cao của hàng hoá thuỷ sản thông qua đa dạng hoá cấu sản phẩm, đầu tư xây dựng thương hiệu với các mặt hàng chủ lực; tạo tiền đề để từng bước chuyển từ quan điểm coi trọng “tổng sản lượng” sang coi trọng “giá trị gia tăng” của các sản phẩm thuỷ sản, giữ vững là ngành có kim ngạch xuất khẩu cao; thứ ba: tiếp tục chuyển dịch cơ cấu theo hướng ổn định khai thác ở vùng biển ven bờ, phát triển khai thác xa bờ hợp lý, phát triển mạnh nuôi trồng cả trên đất liền lẫn trên biển, đảm bảo nguồn cung cấp nguyên liệu chủ yếu cho xuất khẩu; đa dạng hình thức nuôi, đối tượng nuôi và cơ cấu giống nuôi…
Để đạt được mục tiêu trên thì nhiệm vụ chủ yếu của từng lĩnh vực sản xuất và quản lý của ngành thuỷ sản là: Về sản lượng khai thác đến năm 2010 phải giữ ở mức từ 1,5- 1,8 triệu tấn để bảo đảm ngưỡng bền vững tối đa; số lượng tàu thuyền đánh cá đến năm 2010 là 50.000 chiếc, trong đó tàu trên 75 CV khoảng 6.000 chiếc, từ 45- 75 CV là 14.000 chiếc… Sản lượng nuôi trồng thuỷ sản đến năm 2010 đạt khoảng 2 triệu tấn trong đó nuôi nước ngọt đạt 0,98 triệu tấn, nước lợ 1 triệu tấn và nuôi biển đạt 0,2 triệu tấn. Trong chế biến và xuất khẩu thuỷ sản, phấn đấu đến năm 2010 nâng tổng công suất lên 3.500- 4000 tấn/ngày và các cơ sở chế biến thuỷ sản theo phương thức công nghiệp đều đạt tiêu chuẩn ngành về điều kiện sẽ áp dụng hệ thống quản lý chất lượng phù hợp tiêu chuẩn quốc tế đưa sản lượng chế biến xuất khẩu lên 891.000 tấn với giá trị kim ngạch đạt 4 tỷ USD. Chú trọng phát triển thuỷ sản theo các vùng kinh tế sinh thái nhằm phát huy thế mạnh kinh tế vùng, thoả mãn nhu cầu ngày càng cao và phong phú của thị trường thuỷ sản nội địa và xuất khẩu.