Đánh giá đa dạng di truyền loài Xá xị tại một số tỉnh miền Bắc dựa trên trình tự trnH-psbA
MỤC LỤC
TONG QUAN VAN DE NGHIÊN CUU 1.1. Đặc điểm sinh học loài Xá Xi
Nghiên cứu về đa dang di truyền của các loài thuộc chỉ Cinnamomum
Locus trnH-psbA đã được khuếch đại thành công ở nhiều thực vật hạt kín và hạt ‘Tuy nhiên, trong nhiều thực vật hạt kín trnH-psbA lại có kích thước rit ngắn (~ 300 bp), kích thước của trinh tự này thay đổi lớn do sự có mặt của gen rpS19 hoặc các gen giả nằm giữa vùng gen của hai gen tH và psbA. CBOL (Consortium for the Bareode of Life) thấy ring khả năng phân biệt loài của rrnH-psbA là cao nhất (69%) trong số 7 locus được thử nghiệm. Trên đối tượng các loài thuộc họ Long Não (Lauraceae), nhóm nghiên cứu của Liu (Liu và es, 2016) đã sử dụng 04 trình tự ADN mã vạch là marK, zbcL, trnH-psbA và ITS2 đề đánh giá hiệu quả phân biệt loài.
48 phát hiện những chất tạp nhiễm là một loại gia vị có giá trị cao, thường bi pha trộn với các loài kếm chất lượng như Cinnamomwm cassia và. Sudmoon và cộng sự (2014) đã sử dụng các vùng ;poB, rbcLL và matK để xác định bảy loài đã biết là Cinnamomum aromaum (dầu cassia), C. verum) và C, burmannii và bày loài chưa biết là các loài quế (họ long. Nghiên cứu này nhằm điều tra sự da dang về loài của Cinnamomum được sử dụng trong các loại thuốc truyền thống, chất tạo hương cho thực phẩm và chưng cất dé lấy dầu thơm ở Thái Lan bằng kỹ thuật RAPD.
Họ đã thành cụng trong việc phõn biệt rừ rang cỏc loài cú giỏ trị tương đồng về di truyền nằm trong khoảng từ 0,56 đến 0.84 để hiển thị ic ký tự lá khác nhau. ‘Theo tìm hiểu tại Việt Nam hiện nay chưa thấy các nghiên cứu về ADN mã vạch đối với loài Xá xị nhưng đã có một số công trình nghiên cứu ứng.
VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU tựa chọn mẫu và cách lẤy mẫu
- Hóa chất và các thiết bị sử dụng trong nghiên cứu
- Lặp lại bước trên 1 lần nữa
- Trình tự và thông tin về cặp mỗi
- Chu trình nhiệt độ cho phản ứng PCR mỗi tral - psbA Các bước Số chukì | Nhiệtđộ'C | Thờigian
Các trang thiết bị và dụng cụ thí jghigm gồm: Cân phân tích, Máy quang phổ định lượng ADN Scan Drop 250, Máy chụp ảnh gel (Gel Doc It,. Mỹ), Hệ thống điện di (Cleaver Scientific Ltd, Anh), Bé ôn nhiệt, Máy lắc. Phương pháp nghiên cứu trong phòng thi nghiệm cia Viện Công nghệ Sinh học Lâm nghiệp. Ly tâm xong tiến hành loại bỏ cột lọc mau tím, hút 400 jul địch dưới ống dịch thu (lưu ý không hút cặn) rồi chuyển sang dng eppendorf 1,5 ml mới. Thêm 1,5 lần thé tích Buffer AW1 va trộn ngay bang pipet. Gin vio cột. khi hết dich chiết AWD).
Dinh lượng nồng độ ADN va độ tỉnh sạch bằng cách đo chi số ODzas„, (ty lệ hap thụ quang của ADN ở bước sóng 260 nm so với độ hap thụ quang. Nụng độ ADN thu được càng cao va giỏ trị OD¿zứzxu nằm trong khoảng 1,8 — 2,0 được coi là ADN tách chiết có độ tinh sạch cao. Thành phần và nằng độ các chat sử dụng trong phản ứng PCR STT Thanh phần Thể tích.
Chu trình nhiệt độ cho phản ứng PCR mỗi tral - psbA Các bước Số chukì | Nhiệtđộ'C | Thờigian. Nguyên tắc: Dựa vào đặc tính cầu trúc của nucleic acid là đại phân tử. Các phân tử có khối lượng và kích thước nhỏ sẽ đi chuyển nhanh hơn về cực dương.
Do đó, dựa vào vị trí các phân đoạn ADN thu được trên bản gel sau khi điện dĩ có thể xác định cũng như so sánh được kích thước của chúng với các thang ADN chuẩn. “Trước khi tiến hành cần lau sạch khay, lược, kiểm tra độ cân bằng của giá bể bằng giọt nước trên giá. Để nguội đến 60°C bổ sung thêm 3l Redsafe rồi dé từ từ cào khi đạt thể tích S0ml, cho vào lò vi sóng dun cho đến khi.
Sản phẩm PCR sau khi tỉnh sạch và kiểm tra nồng độ được đóng gói trong dng eppendorf 1,5 ml, thé tích khoảng 15 pL gửi đến Công ty First Base. (Malaysia) để giải trình tự nucleotide sử dụng bộ Kit BigDye® Terminator v3.1 Cycl squencing trên máy giải trình tự tự động dựa trên nguyên lý của. Kết quả giải trình tự sau khi nhận được hiển thị thông qua phần mềm.
KET QUA VÀ THẢO LUẬN
39 THOS 1,62, 33,2
'Vũng xen trnH-psbA là một trong những vùng biế Ất trong bộiđổi gen của lục lap ở các loài hat kin, Nó là một công cụ phổ biển để nị. Kết quả kiểm tra sản phẩm nhân bản*đoạn gen #nH-psbA bằng phương pháp điện di trên gel agarose 1,0% cho thấy đoạn gen trnH-psbA. Kết quả này cho thấy cặp mỗi rrnH_E/psbA _R đặc hiệu và có khả năng.
Sản phẩm PCR nhân bản đoạn gen /rnH-psbA sẽ được tinh sạch và xác định trình tự nucleotide. Sản phẩm PCR nhân bản các đoạn ADN mã vạch của 54 mẫu Xá xi được tinh sạch và xác định trình tự nucleotide theo cả hai chiều tại công ty I*. 'Với mỗi mẫu Xá xi nghiên cứu, đoạn trình tự ADN mã vạch rrnH-psbA, được.
THIT
Da dạng di truyền và đa dang nucleotide c quần thể Xá xj tại 5 tinh miền Bắc dựa trên (rình tự nucleotide đoạn ứrnH-ps6A,
Khoảng cách di truyền cũng là một chỉ số dé đánh giá đa dang di truyền. ‘Tho và Hòa Binh là 0,0 cho thấy hai quan thể này có quan hệ di truyền rất gần gũi. Có thể do hoạt động khai thác quá mức và khả năng tái sinh kém ma.
(2021) nghiên cứu đoạn trình tự /ruH-psbA đài 452 bp của 5 quần thể loài Cinnamomum chago tại Trung Quốc cho thấy sự đa dạng nucleotide tại 13 vị trí, có 4 haplotype trong các quan thẻ nghiên cứu. Đa dạng di truyền của loài C. chago thấp hơn nhiễu so với các loài phân bố rộng trong họ Long não như C. caÀŠằ P10) khiờn cứu này, tỏc giả cho ring cỏc hoạt động gõy xio trộn thưởng xuyên của con người như sự tan phá va phân cách môi trường sống tự nhiên trong quan thể có tương quan chặt chẽ với mức độ đa dạng di truyền.
KET LUAN VA KIEN NGHI 1. Kết luận
TÀI LIEU THAM KHAO Tiếng Việt
(2012), Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi Proceedings of the National Academy of Sciences 109 (16): 6241- 6246. Sasikumar (2014), “DNA Barcoding for Discriminating the Economically Important Cinnamomum verum from Its Adulterants”, Food Biotechnology, Pages 183-194. (2014), Identifying Effic cy in Herbal Medicine Cinnamomum Species (Lauraceae) Using Banding Patterns and Sequence Alignments of 7poB, rbcL.
(2021), Genetic diversity, genetic structure, and demographic history of Cinnamomum chago, a plant species’ with extremely small populations in China.
