1. Trang chủ
  2. » Lịch sử lớp 12

Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu

53 14 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 53
Dung lượng 1,46 MB

Nội dung

Nội dung của bài toán trong nghiên cứu này là: đầu vào là tập các dữ liệu quan hệ tương tác giữa các cặp protein – protein đã được gán nhãn theo 2 lớp (dương tính – có tương tác, âm tí[r]

Ngày đăng: 15/01/2021, 13:07

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

Hình 2-1: Minh họa cấu trúc 3D một protein [2] - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 1: Minh họa cấu trúc 3D một protein [2] (Trang 11)
Hình 2-2: Cấu tạo của một amino acid - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 2: Cấu tạo của một amino acid (Trang 12)
Hình 2-3: Minh họa tương tác protei n– protein [5] - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 3: Minh họa tương tác protei n– protein [5] (Trang 14)
quả đầu ra là tương tác hoặc khơng tương tác. Sau khi thuật tốn tạo ra một mơ hình, tức là một hàm số mà đầu vào là một dữ liệu quan hệ protein – protein và đầu ra là một nhãn tương tác, hoặc khơng tương tác, khi nhận được một quan hệ protein – protein m - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
qu ả đầu ra là tương tác hoặc khơng tương tác. Sau khi thuật tốn tạo ra một mơ hình, tức là một hàm số mà đầu vào là một dữ liệu quan hệ protein – protein và đầu ra là một nhãn tương tác, hoặc khơng tương tác, khi nhận được một quan hệ protein – protein m (Trang 16)
Hình dạng của một cây quyết định là một cấu trúc cĩ thành phần: cĩ node trên cùng được gọi là gốc, đĩ là thuộc tính cĩ giá trị là điểm chia phân lớp tốt nhất trong tất cả các thuộc tính, các node ngồi cùng là các lá của cây quyết định, biểu thị cho các l - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình d ạng của một cây quyết định là một cấu trúc cĩ thành phần: cĩ node trên cùng được gọi là gốc, đĩ là thuộc tính cĩ giá trị là điểm chia phân lớp tốt nhất trong tất cả các thuộc tính, các node ngồi cùng là các lá của cây quyết định, biểu thị cho các l (Trang 18)
Hình 2-5: Minh họa thuật tốn SVM - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 5: Minh họa thuật tốn SVM (Trang 19)
Hình 2-6: So sánh bộ phân lớp đơn lẻ và bộ phân lớp tổng hợp - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 6: So sánh bộ phân lớp đơn lẻ và bộ phân lớp tổng hợp (Trang 20)
Hình 2-7: Mơ hình hoạt động Bagging - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 7: Mơ hình hoạt động Bagging (Trang 21)
Hình 2-8: Mơ hình hoạt động Boosting - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 8: Mơ hình hoạt động Boosting (Trang 22)
Hình 2-9: Mơ hình hoạt động RandomForest - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 2 9: Mơ hình hoạt động RandomForest (Trang 23)
Bảng 2-3: Bảng giá trị ma trận confusion (chưa chuẩn hĩa) - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 2 3: Bảng giá trị ma trận confusion (chưa chuẩn hĩa) (Trang 24)
Hình 3-1: Sơ đồ phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 3 1: Sơ đồ phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram (Trang 29)
Bảng 3-1: Bảng chia nhĩm 20 amino acid dựa vào tính lưỡng cực và khối lượng mạch nhánh - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 3 1: Bảng chia nhĩm 20 amino acid dựa vào tính lưỡng cực và khối lượng mạch nhánh (Trang 30)
4.1.1 Yêu cầu cấu hình - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
4.1.1 Yêu cầu cấu hình (Trang 36)
Hình 4-3: Giao diện chức năng lựa chọn thuộc tính/đặc trưng - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 3: Giao diện chức năng lựa chọn thuộc tính/đặc trưng (Trang 37)
Hình 4-2: Giao diện chức năng trích xuất thuộc tính/đặc trưng - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 2: Giao diện chức năng trích xuất thuộc tính/đặc trưng (Trang 37)
Hình 4-4: Giao diện chức năng Phân lớp thuộc tính/đặc trưng - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 4: Giao diện chức năng Phân lớp thuộc tính/đặc trưng (Trang 38)
Hình 4-5: Giao diện chức năng Đánh giá mơ hình thuật tốn - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 5: Giao diện chức năng Đánh giá mơ hình thuật tốn (Trang 38)
Bảng 4-1: Bảng giá trị phân lớp dự đốn - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 1: Bảng giá trị phân lớp dự đốn (Trang 39)
Trong bảng biểu diễn kết quả ta xếp thành từng cặp theo luật: thuật tốn phân lớp đơn lẻ A - thuật tốn phân lớp tổng hợp cĩ cơ sở là thuật tốn phân lớp đơn lẻ A tương ứng - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
rong bảng biểu diễn kết quả ta xếp thành từng cặp theo luật: thuật tốn phân lớp đơn lẻ A - thuật tốn phân lớp tổng hợp cĩ cơ sở là thuật tốn phân lớp đơn lẻ A tương ứng (Trang 40)
Bảng 4-5: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 5: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 42)
Bảng 4-4: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 4: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 42)
Hình 4-7: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 7: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính MLD, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 43)
Bảng 4-6: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 6: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều thuộc tính (Trang 44)
Bảng 4-7: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 7: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều thuộc tính (Trang 44)
Hình 4-8: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều số thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 8: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, khơng giảm chiều số thuộc tính (Trang 45)
Bảng 4-9: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 9: Thời gian thực hiện phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 46)
Bảng 4-8: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Bảng 4 8: Kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 46)
Hình 4-9: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
Hình 4 9: Biểu đồ kết quả thực nghiệm phương pháp trích xuất thuộc tính n-gram, giảm chiều cịn 100 thuộc tính (Trang 47)
Tổng kết, ta cĩ bảng rút gọn kết quả thực nghiệm trong nghiên cứu cho các phương pháp trích xuất thuộc tính/đặc trưng, các phương pháp phân lớp như sau: - Dự đoán tương tác protein-protein sử dụng kỹ thuật khai phá dữ liệu
ng kết, ta cĩ bảng rút gọn kết quả thực nghiệm trong nghiên cứu cho các phương pháp trích xuất thuộc tính/đặc trưng, các phương pháp phân lớp như sau: (Trang 48)

TỪ KHÓA LIÊN QUAN

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w