Luận án tiến sĩ nghiên cứu các yếu tố nguy cơ lây truyền virus viêm gan b từ mẹ sang con với đáp ứng miễn dịch tế bào t và biến thể gen ở thai phụ hbsag (+)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG THỊ NGỌC TRÂM NGHIÊN CỨU CÁC YẾU TỐ NGUY CƠ LÂY TRUYỀN VIRUS VIÊM GAN B TỪ MẸ SANG CON VỚI ĐÁP ỨNG MIỄN DỊCH TẾ BÀO T VÀ BIẾN THỂ GEN Ở THAI PHỤ HBsAg (+) LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Hà Nội -2023 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG THỊ NGỌC TRÂM NGHIÊN CỨU CÁC YẾU TỐ NGUY CƠ LÂY TRUYỀN VIRUS VIÊM GAN B TỪ MẸ SANG CON VỚI ĐÁP ỨNG MIỄN DỊCH TẾ BÀO T VÀ BIẾN THỂ GEN Ở THAI PHỤ HBsAg (+) Chuyên Ngành : Sản phụ khoa Mã số : 9720105 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Nguyễn Đức Hinh TS Bùi Thị Thu Hương Hà Nội -2023 Nghiên cứu thực Trường Đại học Y Dược Thái Nguyên, Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên, Viện nghiên cứu Virus, Đại học tổng hợp kỹ thuật Munich, Cộng hòa liên bang Đức với hỗ trợ: + Đề tài phía Đức tài trợ bới quỹ BMBF (German Bundesministerium für BIL-dung un Forschung) theo định số 01DP19001, với tên: "Xác định yếu tố virus vật chủ lây truyền HBV từ mẹ sang (TransmitHepB)” Chủ nhiệm đề tài: GS.TS.BS Ulrike Protzer Cơ quan chủ trì: Viện nghiên cứu Virus, Trường Đại học Tổng hợp Kỹ thuật Munich, Cộng hòa liên bang Đức + Đề tài phía Việt Nam cấp kinh phí Bộ khoa học Cơng nghệ Việt Nam, theo định số 232/QD-BKHCN 1422/QD-BKHCN, với tên: “Ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gien ELISPOT (Enzyme linked Immunospot) đánh giá nguy lây truyền HBV từ mẹ sang phụ nữ mang thai có HBsAg (+) Việt Nam” (NĐT.104.VN-GER/21) Chủ nhiệm đề tài: PGS.TS.BS Nguyễn Tiến Dũng Cơ quan chủ trì: Trường Đại học Y Dược Thái Nguyên LỜI CẢM ƠN Với tình cảm chân thành lịng biết ơn sâu sắc, cho phép gửi lời cảm ơn chân thành tới: Ban Giám hiệu, Phòng Đào tạo sau đại học, Bộ môn Phụ sản -Trường đại học Y Hà Nội; Labo Bộ môn Y sinh học di truyền - Trường đại học Y Hà Nội, Ban Giám đốc, Khoa phòng - Bệnh viện Trung ương Thái Nguyên, Bệnh viện A Thái Nguyên, Viện virus học Munich -Đại học tổng hợp Munich, Cộng hòa liên bang Đức, Ban Giám Hiệu trường đại học Y Dược Thái Nguyên quan tâm, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho suốt q trình tơi học tập tiến hành nghiên cứu để tơi hồn thành luận án Đặc biệt, tơi xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Nguyễn Đức Hinh TS Bùi Thị Thu Hương – người thầy tận tình hướng dẫn, dìu dắt tơi q trình học tập, cơng tác chun mơn nghề nghiệp bảo giúp tơi giải nhiều khó khăn, vướng mắc q trình thực nghiên cứu, giúp tơi hồn thành luận án Tơi xin chân thành cảm ơn thầy cô, anh chị trước, bạn bè đồng nghiệp nhiệt tình bảo, giúp đỡ tơi q trình nghiên cứu hồn thành luận án Sau nữa, tơi xin dành tình u thương lịng biết ơn đến người thân gia đình, bạn bè chia sẻ, chỗ dựa vững để tơi thực hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2023 Tác giả luận án Hoàng Thị Ngọc Trâm LỜI CAM ĐOAN Tơi Hồng Thị Ngọc Trâm, nghiên cứu sinh khóa 37 Trường Đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Sản phụ khoa, xin cam đoan: Đây luận án thân trực tiếp thực dưới sự hướng dẫn Thầy PGS.TS Nguyễn Đức Hinh Cô TS Bùi Thị Thu Hương Cơng trình khơng trùng lặp với bất kỳ nghiên cứu khác được công bố Việt Nam Các số liệu thông tin nghiên cứu hồn tồn xác, trung thực khách quan, được xác nhận chấp thuận cơ sở nơi nghiên cứu Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm trước pháp luật những cam kết Hà Nội, ngày tháng nam ̆ 2023 Hoàng Thị Ngọc Trâm DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt AIDS Tên Tiếng Anh Acquired Immuno Tên Tiếng Việt Deficiency Hội chứng suy giảm miễn dịch Syndrom mắc phải HIV ALT Alanine Aminotransferase Enzyme gan AST Aspartate aminotransferase (Aspartate transaminase) Anti HBc Anti HBe Antibody to Hepatitis B core Kháng thể với kháng nguyên lõi antigen HBV Antibody to Hepatitis B early Kháng thể chống lại kháng antigen Anti HBs CBMCs nguyên e HBV Antibody to Hepatitis B surface Kháng thể chống lại kháng antigen nguyên bề mặt HBV Cord blood mononuclear cells Tế bào bạch cầu đơn nhân máu ngoại vi máu cuống rốn ELISA Enzyme-Linked Immunosorbent Kỹ thuật hấp thụ miễn dịch gắn enzyme Assay ELISPOT Enzyme-linked immunosorbent Điểm hấp thụ miễn dịch liên kết spot với enzyme ER Endoplasmic reticulum Lưới nội mô GWAS Genome – Wide Association Nghiên cứu tương quan toàn Studies gen Hepatitis B core antigen Kháng nguyên lõi virus viêm HBcAg gan B HBeAg Hepatitis B early Antigen Kháng nguyên HBV HBIg Hepatitis B Immunoglobulin Globulin miễn dịch kháng viêm gan B HBsAg Hepatitis B surface antigen Kháng nguyên bề mặt virus viêm gan B HBV Hepatitis B virus Virus viêm gan B HELLP Hemolysis, Elevated liver enzyms Hội chứng thiếu máu, tăng men and Low platelet count gan giảm tiểu cầu HLA Human Leukocyte Antigen Kháng nguyên bạch cầu người IC Immune Clearance Giai đoạn thải trừ miễn dịch hay viêm gan mạn HBeAg (+) IN Inactive Carrier Giai đoạn virus không nhân lên hay giai đoạn mang virus bất hoạt IgE Immunoglobulin E Globulin miễn dịch E IgG Immunoglobulin G Globulin miễn dịch G IgM Immunoglobulin M Globulin miễn dịch M IT Immune tolerance Dung nạp miễn dịch LEP Large envelope protein Kháng nguyên vỏ lớn LD Linkage disequilibrum Mất cân liên kết MHC Major Histocompatibility Phức hợp hịa hợp mơ chủ yếu Complex mRNA Messenger RNA RNA thông tin NGS Next-Generation Sequencing Giải trình tự gen hệ NK Natural killer Tế bào diệt tự nhiên OR Odds Ratio Tỉ suất chênh PBMCs Peripheral Blood Mononuclear Tế bào bạch cầu đơn nhân máu Cell PBMCsM Peripheral ngoại vi Blood Mononuclear Tế bào bạch cầu đơn nhân máu Cell of Mother ngoại vi máu mẹ PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng chuỗi polymerase RE Reactivation Giai đoạn tái hoạt hóa hay Viêm gan mạn với HBeAg (-) RIA Radioimmunoassay Phương pháp miễn dịch đánh dấu phóng xạ RR Risk Ratio Tỉ số nguy SNP Single nucleotide polymorphisms Đa hình đơn nucleotide Tc Cytotoxic T Cell Tế bào T gây độc TLR Toll like receptor Thụ thể giống Toll TNF Tumor necrosis factor Yếu tố hoại tử u WHO World Health Organization Tổ chức Y tế giới 95% CI 95% Confidence Interval Khoảng tin cậy 95% CP Capsid Protein Kháng nguyên lõi CTL Cytotoxic T Lymphoyte Tế bào T gây độc -Tc CR Cuống rốn ĐHQ Điểm huỳnh quang ĐTNC Đối tượng nghiên cứu DNA Deoxyribonucleic acid IL Interleukin IFN Interferons RNA Ribonucleic acid MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Virus viêm gan B vấn đề liên quan .3 1.1.1 Cấu tạo HBV 1.1.2 Các dấu ấn HBV 1.1.3 Các giai đoạn miễn dịch HBV14 1.1.4 Đáp ứng miễn dịch thai phụ nhiễm HBV 1.1.5 Đáp ứng miễn dịch bào thai nhiễm HBV 1.2 Các vấn đề liên quan đến nguy lây truyền HBV từ mẹ sang 11 1.2.1 Nguy lây truyền 11 1.2.2 Các phương thức lây truyền HBV từ mẹ sang 12 1.2.3 Một số triệu chứng thai phụ nhiễm HBV 17 1.2.4 Các yếu tố nguy truyền dọc HBV từ mẹ sang 20 1.3 Các vấn đề liên quan đến biến thể gen người nhiễm HBV 24 1.3.1 Tính đa hình alen HLA mối liên hệ với HBV 24 1.3.2 Biến thể gen 26 1.4 Một số nghiên cứu HBV thai phụ giới Việt Nam 30 Chương 2: ĐỐI TƯƠNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .33 2.1 Đối tượng nghiên cứu .33 2.1.1 Tiêu chuẩn lựa chọn 33 2.1.2 Tiêu chuẩn loại trừ 33 2.1.3 Thời gian nghiên cứu 33 2.1.4 Địa điểm nghiên cứu 33 2.2 Phương pháp nghiên cứu 34 2.2.1 Thiết kế nghiên cứu 34 2.2.2 Cỡ mẫu nghiên cứu 34 2.2.3 Qui trình nghiên cứu .34 2.2.4 Các biến số, số nghiên cứu phương pháp thu thập thông tin 35 2.2.5 Phương pháp thu thập số liệu số kỹ thuật sử dụng nghiên cứu 41 2.2.6 Phương pháp xử lí số liệu 44 2.3 Đạo đức nghiên cứu 49 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 51 3.1 Đặc điểm chung nhóm đối tượng nghiên cứu 51 3.2 Đánh giá số yếu tố nguy lây truyền HBV từ mẹ sang khả đáp ứng miễn dịch tiết IL-2, IFN-γ tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBsAg(+) 55 3.2.1 Đánh giá số yếu tố nguy lây truyền HBV từ mẹ sang thai phụ có HBsAg(+) .55 3.2.2 Khả đáp ứng miễn dịch tiết IL-2, IFN-γ (IL-2 + IFN-γ) tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBsAg(+) 58 3.3 Phân tích mối liên quan số biến thể gen CHCHD3, CCDC146, LSAMP FHIT với yếu tố nguy sự thay đổi IL-2, IFN-γ tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBSAg(+) 73 Chương 4: BÀN LUẬN 86 4.1 Một số yếu tố nguy lây truyền HBV đáp ứng miễn dịch tiết IL-2, IFN-γ tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBsAg (+) 86 4.1.1 Đặc điểm chung đối tượng nghiên cứu 86 4.1.2 Một số yếu tố nguy lây truyền HBV từ mẹ sang thai phụ có HBsAg (+) 88 4.1.3 Về khả đáp ứng miễn dịch tiết IL-2, IFN-γ tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBsAg (+) .91 4.2 Phân tích mối liên quan số biến thể gen CHCHD3, CCDC146, LSAMP FHIT với yếu tố nguy sự thay đổi IL-2, IFN-γ tế bào T hoạt hóa thai phụ có HBsAg (+) .111 KẾT LUẬN 125 KHUYẾN NGHỊ 127 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC  Nếu giá trị đo nằm dải định lượng kết cuối kết đo máy  Nếu giá trị đo < 20 → chạy lại bệnh phẩm không pha loãng  Nếu giá trị đo > 52.000 → Pha loãng bệnh phẩm 1: 100 chạy lại xét nghiệm theo bước chạy mẫu 4.5 Bệnh phẩm không pha loãng - Dải định lượng 0,05 - 130 IU/ml - Ngưỡng phát hiện: 0,05 IU/ml  Nếu giá trị đo thấp ngưỡng phát máy báo < 0,05 → Xét nghiệm lại HBsAg định tính  Nếu HBsAg âm tính → Trả kết âm tính  Nếu HBsAg âm tính → Trả kết ngưỡng phát  Nếu giá trị đo lớn dải định lượng máy báo > 130 → Trả kết > 130 IU/ml 4.6 Bệnh phẩm pha loãng 1: 100 Những mẫu bệnh phẩm nồng độ pha lỗng 1:400 cho kết > 52.000 pha loãng bệnh phẩm 1: 100 với dung dịch Dil Hep cung cấp sẵn sinh phẩm (như mẫu pha loãng 40.000 lần) chạy lại xét nghiệm theo bước chạy mẫu phần II.2 Kết cuối (IU/ml) = giá trị đo máy x 100 V NHỮNG SAI SÓT VÀ XỬ TRÍ - Máy báo sample short (do bệnh phẩm bị đông không đủ) → Chú ý ly tâm mẫu thật kỹ từ đầu hút mẫu cup - Không sử dụng thuốc thử hạn sử dụng - Tránh tạo bọt lọ thuốc thử loại mẫu (bệnh phẩm, calibration chứng) PHỤ LỤC 4.1 Tổng kết số lượng biến thể gene DNA Micro Array Số biến thể (SNP) có p ý nghĩa qua phương pháp Nhiếm sắc thể phân tích cân LD Tổng số biến thể (SNP) tìm Tổng số Nhóm tải lượng Nhóm tải lượng < x 107 ≥ x 107 sao/ml (thấp) sao/ml (cao) 59487 3416 1887 1456 57949 2486 1439 1081 47430 948 935 704 40606 1246 702 571 42272 1656 1022 803 48510 3649 3858 2728 38317 2549 1176 672 37202 1497 807 662 32974 1671 892 676 10 39258 2823 1331 969 11 36831 3214 1110 827 12 34790 280 197 20 13 27963 1496 828 629 14 23436 917 501 412 15 21779 846 511 412 16 22893 759 415 324 17 20371 844 499 391 18 21800 833 457 341 19 15211 774 487 401 20 18526 438 700 545 21 10292 1002 603 458 22 10531 709 572 447 X 18055 1188 680 500 Tổng số 726483 35241 21609 16029 PHỤ LỤC 4.2 Các mơ hình di truyền kiểm tra mức độ ảnh hưởng yếu tố khác ảnh hưởng đến tần số kiểu gen/alen cặp biến thể nghiên cứu Mơ hình di truyền trội STT Nhiễm sắc thể Cặp biến thể InteractionPval hap.freq P(haplotype) rs213319//rs1920383 (T/A) 1.08E-06 0.423 3.44E-10 11 rs11022114/rs11021708(T/G) 6.98E-06 0.271 3.94E-02 11 rs11022114/rs11021708(C/T) 6.98E-06 0.155 2.35E-02 11 rs11022114/rs11021708(T/T) 6.98E-06 0.080 1.73E-06 19 rs275583/rs275581(AG) 1.30E-05 0.241 4.35E-02 rs4731907/rs4729246(T/A) 1.37E-05 0.405 1.42E-03 7 rs4731907/rs4729246(*/*) 1.37E-05 0.026 4.01E-02 14 rs12432771/rs1256038(*/*) 3.64E-05 0.011 2.55E-02 19 rs12980275/rs12980275(G/G) 4.47E-05 0.402 4.86E-08 10 14 rs12432771/rs1256031(*/*) 4.54E-05 0.011 2.55E-02 185 11 rs11037150/rs11025927(*/*) 2.06E-03 0.049 5.02E-03 186 X rs173935/rs1734787(C/C) 2.07E-03 0.103 1.31E-03 187 rs5011851/rs4970998(C/T) 2.11E-03 0.179 3.88E-02 188 rs5011851/rs4971005(C/A) 2.11E-03 0.179 3.88E-02 189 rs5011851/rs4970998(A/C) 2.11E-03 0.153 1.19E-02 2808 rs2972407/rs2937074(C/G) 4.99E-02 0.067 3.33E-02 2809 rs17156635/rs17156635(A/A) 4.99E-02 0.083 5.70E-03 2810 rs1552122/rs1577863(G/G) 5.00E-02 0.157 7.95E-03 2811 rs1552122/rs1577864(G/G) 5.00E-02 0.157 7.95E-03 2812 rs13199772/rs149946(T/A) 5.00E-02 0.126 4.49E-02 … … Mơ hình di truyền đồng trội STT Nhiễm sắc thể Cặp biến thể Interaction hap P Pval freq (haplotype) 19 genobloc63(rs12979860/rs12979860) (A/A) 1.77E-06 0.423 3.44E-10 19 genobloc60(rs12980275/rs12980275) (G/G) 5.41E-05 0.402 4.86E-08 genobloc684.4(rs1977265/rs198406) (T/G) NA 0.166 2.00E-07 genobloc683.4(rs1977265/rs198393) (T/T) NA 0.169 3.02E-07 genobloc494.4(rs11534415/rs2247573)(T/T) NA 0.075 3.55E-07 19 genobloc55.3(rs12979860/rs1640271) (A/G) 3.81E-02 0.288 5.40E-07 19 genobloc54.3(rs12979860/rs1640273) (A/G) 3.77E-02 0.287 7.91E-07 genobloc1387.4(rs4147812/rs4147823)(T/C) 3.91E-02 0.164 1.57E-06 genobloc1389.3(rs4147816/rs4147823)(C/C) 3.91E-02 0.164 1.60E-06 10 11 genobloc412.4(rs11021708/rs11022114)(T/T) NA 0.080 1.73E-06 445 11 genobloc344.2(rs10896604/rs10899600)(T/A) 4.19E-02 0.065 1.41E-03 446 genobloc227(rs17021355/rs17021355)(G/G) 4.62E-02 0.055 1.42E-03 447 genobloc785.2(rs4729246/rs4731907)(A/T) NA 0.405 1.42E-03 448 20 genobloc38.4(rs230198/rs2250199)(G/T) 5.20E-03 0.086 1.43E-03 449 13 genobloc478.rare(rs9600573/rs9600575)(*/*) NA 0.011 1.43E-03 5573 genobloc1749.rare(rs9943197/rs966365)(*/*) 3.46E-02 0.003 5.01E-02 5574 genobloc1744.rare(rs966365/rs9943192)(*/*) NA 0.003 5.01E-02 5575 genobloc1748.rare(rs9943197/rs966364)(*/*) 3.46E-02 0.003 5.01E-02 5576 genobloc1743.rare(rs966364/rs9943192)(*/*) NA 0.003 5.01E-02 5577 16 genobloc171.rare(rs6564860/rs6564859)(*/*) NA 0.017 5.01E-02 … … Mơ hình di truyền siêu trội STT Nhiễm sắc thể Cặp biến thể Interaction hap P Pval freq (haplotype) 19 genobloc40(rs12979860/rs12979860)(A/A) 2.99E-02 0.423 3.44E-10 genobloc741.2(rs4705752/rs852564)(A/G) NA 0.250 3.48E-07 19 genobloc38.3(rs12979860/rs1290652)(A/T) 3.85E-02 0.206 4.08E-07 19 genobloc39.3(rs12979860/rs1290650)(A/T) 2.18E-02 0.202 6.62E-07 19 genobloc38.1(rs12979860/rs1290652)(A/C) 3.85E-02 0.217 1.28E-06 19 genobloc39.1(rs12979860/rs1290650)(A/C) 2.18E-02 0.221 1.66E-06 19 genobloc37.2(rs1290650/rs12980275)(C/G) NA 0.219 6.85E-06 genobloc420.1(rs2544679/rs2544671)(G/A) NA 0.186 9.92E-06 genobloc32.rare(rs10271617/rs10269693)(*/*) 1.15E-02 0.020 1.18E-05 10 19 genobloc37.4(rs1290650/rs12980275)(T/G) NA 0.183 1.34E-05 211 genobloc1020.1(rs9268460/rs9268454)(C/A) NA 0.165 1.39E-03 212 genobloc1022.1(rs9268460/rs9268461)(C/G) NA 0.165 1.39E-03 213 genobloc472.4(rs9390409/rs9374544)(CT) 1.47E-02 0.291 1.41E-03 214 genobloc737.2(rs4729246/rs4731907)(A/T) NA 0.405 1.42E-03 215 13 genobloc488.rare(rs9600575/rs9600573)(*/*) NA 0.011 1.43E-03 1638 genobloc267.1(rs2301796/rs2306054)(G/C) NA 0.173 5.00E-02 1639 20 genobloc111.2(rs6015710/rs6015181)(G/C) 5.87E-03 0.244 5.00E-02 1640 genobloc91.1(rs1518921/rs1549108)(A/C) NA 0.094 5.00E-02 1641 genobloc308.4(rs3749348/rs3755739)(G/T) NA 0.241 5.01E-02 1642 16 genobloc150.rare(rs6564859/rs6564860)(*/*) 1.81E-02 0.017 5.01E-02 … … Mơ hình di truyền cộng hợp STT Nhiễm sắc thể Interaction Pval hap freq P (haplotype) 19 genobloc40(rs12979860/rs12979860)(A/A) 2.99E-02 0.423 3.44E-10 genobloc741.2(rs4705752/rs852564)(A/G) NA 0.250 3.48E-07 19 genobloc38.3(rs12979860/rs1290652)(A/T) 3.85E-02 0.206 4.08E-07 19 genobloc39.3(rs12979860/rs1290650)(A/T) 2.18E-02 0.202 6.62E-07 19 genobloc38.1(rs12979860/rs1290652)(A/C) 3.85E-02 0.217 1.28E-06 19 genobloc39.1(rs12979860/rs1290650)(A/C) 2.18E-02 0.221 1.66E-06 19 genobloc37.2(rs1290650/rs12980275)(C/G) NA 0.219 6.85E-06 genobloc420.1(rs2544679/rs2544671)(G/A) NA 0.186 9.92E-06 genobloc32.rare(rs10271617/rs10269693)(*/*) 1.15E-02 0.020 1.18E-05 10 19 genobloc37.4(rs1290650/rs12980275)(T/G) NA 0.183 1.34E-05 211 genobloc1020.1(rs9268460/rs9268454)(C/A) NA 0.165 1.39E-03 212 genobloc1022.1(rs9268460/rs9268461)(C/G) NA 0.165 1.39E-03 213 genobloc472.4(rs9390409/rs9374544)(C/T) 1.47E-02 0.291 1.41E-03 214 genobloc737.2(rs4729246/rs4731907)(A/T) NA 0.405 1.42E-03 215 13 genobloc488.rare(rs9600575/rs9600573)(*/*) NA 0.011 1.43E-03 1638 genobloc267.1(rs2301796/rs2306054)(G/C) NA 0.173 5.00E-02 1639 20 genobloc111.2(rs6015710/rs6015181)(G/C) 5.87E-03 0.244 5.00E-02 1640 genobloc91.1(rs1518921/rs1549108)(A/C) NA 0.094 5.00E-02 1641 genobloc308.4(rs3749348/rs3755739)(G/T) NA 0.241 5.01E-02 1642 16 genobloc150.rare(rs6564859/rs6564860)(*/*) 1.81E-02 0.017 5.01E-02 Cặp biến thể … … rs842248 rs1920383 rs616996 rs6442089 rs7639020 rs884766 rs358732 rs3136667 rs7641571 rs2724691 rs2715694 rs3821710 rs3821415 rs6442549 rs275667 rs3845905 rs6551034 rs3821415 rs3821801 rs820292 rs832027 rs3774388 rs3774388 rs3856668 rs213319 rs10513524 degree rs2718783 rs1672376 rs2728955 rs533657 rs3792546 rs11712375 rs1175541 rs1165930 rs10937439 rs11719286 rs11129306 rs3774573 rs2733580 rs17281612 rs2660775 rs17069221 rs16845761 rs4839629 rs2931383 rs11923873 rs123598 rs1735538 rs294284 rs336629 rs17065240 rs17047650 rs1504299rs1485172 rs4857735 rs1464566 rs296158.1 rs2972491 rs293794 rs2729042 rs2742413 rs2950985 rs2718783 rs2718783.1 rs10513761 rs259493 rs10049223 rs2730335 rs2700648 rs2655217 13 rs265781 rs269373 rs2691073 rs2660775 rs2673028 rs775762 rs775762.1 rs7652288 rs2701595 rs777487 rs2685109 rs2651609 rs2715694 rs275667 rs2724691 rs2724693 rs2731946 rs2608430 rs777487.1 rs774601 rs2676889 rs2681404 rs16852525rs16853406 rs16847040 rs2931394 rs12696666 rs2687195 rs2679545 rs36167.1 rs2972469 rs294305 rs267218 rs35682 rs2981482 rs2665549 rs36167 rs358966 rs355762 rs35681 rs35681.1 rs348867 rs4683448 rs4682931 rs17706250 rs4684847 rs17679760 rs1909807 rs17065240 rs355749 rs355749.1 rs296158 rs2931394 rs6599223 rs4074418 rs17047650 rs2929374 rs285299 rs279553 rs349902.1 rs349538 rs349902 rs696081 rs4021819 rs939646 rs960470 rs2932306 rs294284.1 rs294284 rs2981482 rs1648703 rs2470520.2 rs2470537.1 rs293794 rs259506 rs12636454 rs11129306 rs1482176 rs1137117 rs2972491 rs12695041 rs704384 rs16833512 rs696016 rs704259 rs696016.1 rs696853 rs696023 rs1672376 rs1492171 rs2972469 rs12496005 rs3772238 rs285299.1rs282877 rs2455800 rs2470520 rs2526392 rs1052437 rs6767638 rs704943 rs690216 rs16834947 rs7635130 rs7628341 rs2642347.1 rs1562498 rs6804193 rs7644621 rs1061375 rs296158 rs159157 rs2727918 rs2630173 rs2729130 rs4857296 rs294305 rs2938387 degree rs818816 rs820292 rs832027 rs836832rs822394 rs17436300 rs3773380 rs1909807 rs346076 rs262210 rs1175541.1 rs12330139 rs2470537 rs2455800.1 rs2470520.1 rs7340717 rs17706250 rs2929374 rs1195356 rs820336 rs819855 rs17421738 rs2625946 rs2642347 rs711948 rs4856220 rs2630173.1 rs6445538 rs6550532 rs1920383 rs213333 rs2085310 rs2007634 rs17078864 rs2691073 rs16847040 rs16853406 rs1969262 rs3804867 rs836832.1 rs818816.1 rs832193 rs6551273.1 rs17436300.1 rs7430257 rs6442449 rs6551034 rs775762 rs2729042 rs16852525 rs2049173 rs3856668 rs779803 rs1128154 rs17043028 rs16847421 rs1143670 rs6437802 rs16854812 rs2008877 rs2132147 rs197825 rs6442549 rs6437802 rs745168 rs6551034.1 rs346068 rs346076 rs6551273 rs3774573 rs2931383 rs2929347 rs3845905 rs6551482 rs2733533 rs10511140 rs1549108 rs3792546 rs322673 rs340268 rs342887 rs17073207 rs564799 rs632682 rs4687855 rs4687295 rs318725 rs1705814 rs3815619 rs4687855.1 rs4681443 rs2731946 rs34309901 rs360757 rs4687680 rs11128596 rs6445538 rs4646754 rs305508 rs7612444 rs6550532 rs4679492 rs533657 rs213319 rs1137117 rs2700351 rs2700351.1 rs1795145rs17805868 rs1167241 rs2729265 rs1153451 A Nhiễm sắc thể số – tải lượng cao B Nhiễm sắc thể số – tải lượng thấp rs3095008 rs2965086 rs2965634 rs2053998 rs2057904 rs17166338 rs17166360 rs7801111 rs2971971 rs1130499 rs1130500 rs3095009 rs1859113 rs1839574 rs1859037 rs10281493 rs2249151 rs245945rs2519923 rs38116 rs38147 rs12702933 rs2252826 rs12702978 rs215669rs262145 rs2960773 rs6977831 rs2249157 rs2240982 rs12702767 rs2941544 rs10226516 rs38110 rs10226545rs10225986 rs2463478 rs245930 rs2519945 rs2519954 rs2282909 rs2267828 rs6460176 rs2886612 rs2304693 rs6462756 rs2240454 rs2055017 rs2302445 rs2299102 rs1207731 rs1489119 rs2240455 rs6460178 rs2304694 rs4717865 rs2711881 rs2057915 rs17167332 rs1524770 rs2908320 rs2920487 rs4717939 rs1263563 rs700276 rs1206362 rs12532139 rs2908201 rs2869902 rs1206378 rs1206361 rs2689813 rs740142 rs1227158 rs1263560 rs2869905 rs2908336 rs2191331 rs12534102 rs17136113 rs1208204 rs1208197 rs2965402rs3095223 rs4296945 rs2908203 rs1525645 rs1505341 rs2689805 rs17143100 rs17169790 rs10488516 rs2192383 rs17163759 rs849072 rs10951822 rs17168135 rs10954732 rs1015570 rs1178162 rs852392 rs17170686 rs6461515 rs1177951 rs7785705 rs1362026 rs10279432 rs10227287 rs1731837 rs1362927 rs2310928 rs6461664rs6461666 rs4577865 rs1177952 rs12155213 rs798536 rs1104878 rs2106730 rs2708861 rs2708862 rs1015571 rs2346444 rs6461516 rs17228184 rs1178129 rs2686519 rs836556 rs17313716 rs4129040 rs4590360 rs7790976 rs4721875 rs826802 rs7794942 rs826790 rs2708580 rs2686468 rs2392452 rs2686829 rs4721867 rs836534 rs2392450 rs2392241 rs217020 rs2677093rs2644270 rs262143 rs2717808 rs4718603 rs4722579 rs2392243 rs180238 rs2644269 rs3095031 rs5745661 rs1132553 rs2686835 rs38096 rs2677039 rs2951346 rs4722370 rs1839580 rs2687473 rs619672 rs7800398 rs38155 rs6459960 rs4729567 rs180262 rs1035027 rs1525742 rs12333881 rs6974582 rs4729568 rs4449730 rs1525738 rs2602565 rs1132552 rs5745646 rs12333979 rs4724795 rs2951314 rs4236575 rs2712201 rs2693727rs2693737 rs849086rs849434 rs2621215 rs4236623 rs2194649 rs2731568 rs10278557 rs10277410 rs221159 rs12701985 rs2686828 rs507803 rs2245385 rs849329 rs41532 rs177584 rs4725392 rs255156 rs12702405 rs2686838 rs6463401 rs2241053 rs849081 rs2189915 rs273968 rs177585 rs4146042 rs2712228rs2710804 rs339075 rs6463224 rs12702950 rs849315 rs255153 rs4719411 rs2540569 rs1989781 rs1205283 rs2540571 rs36880 rs4719773 rs194507 rs2711005 rs1971642 rs12666618 rs36873 rs2710998 rs1527206 rs2245617 rs2022090 rs222307 rs194520 rs17164275 rs2267692 rs2271032 rs1988495 rs12707492 rs194524 rs12702976 rs2075674rs2077759 rs193840 rs2191852 rs2190324 rs194503 rs4074750 rs7803251 rs3095012 rs4077509 rs3094993 rs4146042 rs2687081 rs2941539rs2960763 rs10227194 rs2267733 rs2687087 rs6974412rs6974598 rs6974582 rs2191331rs2190324 rs17866121 rs17867644 rs17134485 rs17706596 rs17157125 rs4129040 rs17166752 rs17134567 rs1174964 rs11766467 rs17160037 rs4729567 rs213938 rs4724800 rs4729568 rs259013 rs258989 rs339072 rs1382618rs2539000 rs1406153rs1403237rs10499542 rs11979076 rs11979422 rs4717865 rs4716603 rs2717772 rs177584 rs2971971 rs304782 rs304768 rs10277410 rs7798616 rs7794942 rs2194649 rs4074750 rs4077509 rs4236657 rs4236623 rs41532 rs2686817 rs2686821 rs2686835 rs2687473 rs10480915 rs10265492 rs2352127 rs849081rs849072 rs849424 rs17161914rs1455857 rs2371367 rs849430 rs2540592 rs4288278 rs432519 rs2069849 rs11760855 rs1167794 rs273938 rs2731564 rs221298 rs4732356 rs1206362 rs17138740 rs221293rs2714682 rs2267733 rs2267828 rs1524770 rs1206378 rs1206361 rs1455858 rs10480917 rs2267732 rs5745646 rs2686838 rs2686829 rs262143 rs849315 rs849086 rs849329 rs2267824rs2240455 rs6459960 rs5745661 rs6464144 rs582937 rs604804 rs221159 rs17170842 rs17167977 rs6464142 rs6467784 rs2240454 rs2194654 rs17135330 rs17138718 rs6467785 rs10224244 rs1006369 rs10234185 rs2192399 rs2107093 rs2602565 rs1012401 rs1012402rs10224419 rs17171329 rs17171331 rs2107086 rs2082744 rs2204466 rs2241053 rs1229553rs1229568 rs17170686 rs179870 rs219235 rs179869 rs180262 rs12702950 rs2598097 rs2613573 degree rs17170682 rs2621215 rs1526518 rs1525738 rs1228875 rs2708580 rs1229542 rs17135029 rs1228963 rs1364729 rs1182188 rs2090954 rs13247719 rs13438315 rs2717808 rs1839580 rs180238 rs2971957 rs1182179 rs10951669 rs2463468 rs3735241 rs1406039 rs11521036 rs10951667 rs2717885 rs11563971 rs10499987 rs2189059 rs2346442 rs197334 rs3735242 rs2717886 rs1971642 rs833016 rs6963949 rs17165129 rs6968758 rs849082 rs2055017rs17166338 rs10278985 rs833018 rs17166360 rs10279132 rs177585 rs2299293 rs2717803 rs7786401 rs1419391 rs4726968 rs4726277 rs4726986 rs6964151 rs11524138 rs2920486 rs11521035 rs2355147 rs2305475 rs2305473 rs2355129 rs2057915 rs6949755 rs798536 rs17228184 rs1731837 rs7805133rs7803029 rs17167332 rs6950237 rs2711881 rs2538999 rs2538474 rs7785846 rs2160222 rs2714664 rs2714657 rs7785705 rs337317 rs3176565 rs17313716 rs17430936 rs17431866 rs216730 rs4729246 rs1174981 rs1174950 rs4724795 rs213945 rs2540571 rs4731907 rs337304 rs2190073 rs2190099 rs2157753 rs2141823 rs17369536 rs17369837 rs339075 rs1174963 rs4128396 rs1524743 degree rs2540569 rs4730596rs4730599 rs4732354 rs4718421 rs4718428 C Nhiễm sắc thể số – tải lượng cao D Nhiễm sắc thể số – tải lượng thấp Bản đồ mạng lưới kiểu biến thể phân tích đặc biệt PHỤ LỤC 4.3 THÔNG TIN CÁC BIẾN THỂ TRONG NGHIÊN CỨU * Biến thể rs4731907 thuộc gen: CHCHD3 vùng Intron * Biến thể rs4729246 thuộc vùng intro CCDC146 * Biến thể rs1920383 thuộc vùng intron LSAMP * Biến thể rs213319 thuộc vùng intron FHIT KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ ĐOẠN GEN CHỨA BIẾN THỂ RS1920383, RS213319, RS4731907 VÀ RS4729246 rs4731907 (T>A/T>C/T>G) (mồi 2B: 5’ GCTCCTTTTGTGCACTTCCA 3’) 5’AAGTGGTAGATCTGAT[CAGTACGATGTACCTTATGCC]AAGATTGGAAAA GTGAAAAGTAA3’ rs213319 (A>G) (1D: 5’ GGCAACCAACCTGATTCACT 3’) 5’ TTTCTGTGTACAAGAAC[TGCTGACAAAGGCAAGCGTGA]TATGTCATACTGATG 3’ rs1920383 (T>A/T>C) (mồi 3C: 5’TGAAGGGAATGTGGCAGGAA3’) 5’CCTGGGAAAAGATGATAAG[AAAAAAAGTATATAACCACAG]ACAGCTCAA AAATATTT 3’ * rs4729246 thuộc vùng intro CCDC146 Kết PCR rs4729246: sản phẩm PCR kích thước: 557bp, sử dụng mồi rs246PCRprimerL1 rs246PCRprimerR2 Nhận xét: Kết giải trình tự Sanger rs4729246 thuộc vùng intro CCDC146: đoạn nucleotide giàu T GT gây nhiễu, cần phải sử dụng mồi khác phương pháp PCR enzyme cắt Hình PL 4.3 Kết giải trình tự đoạn gen chứa biến thể nghiên cứu PHỤ LỤC CÁC GIAI ĐOẠN MIỄN DỊCH TRONG NGHIÊN CỨU HBV DNA STT (bản sao/mL) ≥ 5x107 ≥ 5x107 < 5x107 HBsAg (UI/mL) ≥ 1380 ALT (U/L HBeAg 37oC) Số Số Giai đoạn ĐHQ bệnh nhân miễn dịch > 35 + 612 17 IC > 35 + 180 IC ≥ 1380 > 35 + 72 IC < 5x107 ≥ 1380 ≤ 35 + 72 IC 11 < 5x107 < 1380 > 35 + 288 IC 13 < 5x107 < 1380 ≤ 35 + 180 IC ≥ 5x107 ≥ 1380 ≤ 35 - 36 IN ≥ 5x107 < 1380 ≤ 35 + 36 IN 10 < 5x107 ≥ 1380 ≤ 35 - 36 IN 14 < 5x107 < 1380 ≤ 35 - 360 10 IN ≥ 5x107 ≥ 1380 ≤ 35 + 180 IT ≥ 5x107 ≥ 1380 > 35 - 108 RE ≥ 5x107 < 1380 ≤ 35 - 36 RE 12 < 5x107 < 1380 > 35 - 684 19 RE < 1380 * Các giai đoạn miễn dịch bao gồm: dung nạp miễn dịch (IT), thải trừ miễn dịch HBeAg (+) (IC), virus bất hoạt (người mang mầm bệnh không hoạt động) (IN) viêm gan mạn với HBeAg (-) (RE)