Luận án Tiến sĩ Nghiên cứu tạo chủng virus PRRS (Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome) nhược độc và đánh giá khả năng làm giống phục vụ sản xuất vaccine

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYỄN THỊ NGA NGHIÊN CỨU TẠO CHỦNG VIRUS PRRS (PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME) NHƯỢC ĐỘC VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG LÀM GIỐNG PHỤC VỤ SẢN XUẤT VACCINE LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI - 2022 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGUYỄN THỊ NGA NGHIÊN CỨU TẠO CHỦNG VIRUS PRRS (PORCINE REPRODUCTIVE AND RESPIRATORY SYNDROME) NHƯỢC ĐỘC VÀ ĐÁNH GIÁ KHẢ NĂNG LÀM GIỐNG PHỤC VỤ SẢN XUẤT VACCINE Chuyên ngành: Hóa sinh học Mã số: 42 01 16 LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Đinh Duy Kháng Viện Công nghệ sinh học PGS.TS Tơ Long Thành Trung tâm Chẩn đốn Thú Y Trung ương HÀ NỘI - 2022 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan: Đây cơng trình nghiên cứu số kết cộng tác với cộng khác; Các kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan, phần cơng bố tạp chí khoa học chuyên ngành với đồng ý cho phép đồng tác giả; Phần lại chưa cơng bố cơng trình khác Tơi cam đoan thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng 02 năm 2022 Tác giả luận án Nguyễn Thị Nga ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án, ngồi cố gắng thân, tơi nhận giúp đỡ tận tình tạo điều kiện nhiều cá nhân tập thể giúp đỡ tơi suốt q trình nghiên cứu, học tập Cho phép tơi bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS.Đinh Duy Khángnguyên Trưởng phòng Vi sinh phân tử, Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Thầy trực tiếp hướng dẫn khoa học tâm huyết, tận tình, hướng dẫn tôi, định hướng, động viên suốt trình nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS.Tơ Long Thành-nguyên Giám đốc Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương, Cục Thú y Thầy đồng hướng dẫn khoa học tận tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức, bảo động viên suốt thời gian học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới tập thể cán phịng Vi sinh phân tử, Viện Cơng nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam tập thể cán Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương, Cục Thú y tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu thực đề tài khoa học Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới Ban Lãnh đạo, tập thể cán Trung tâm Nghiên cứu sản xuất sinh phẩm dược thú y Hanvet tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận án Tơi xin cảm ơn: - Ban Lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học công nghệ Việt Nam tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu - Ban Lãnh đạo Viện Khoa học Công nghệ, Bộ Công an đồng nghiệp quan, nơi công tác tạo điều kiện cho tơi q trình thực nhiệm vụ học tập Cuối xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới gia đình tơi bạn bè chia sẻ khó khăn, động viên, tạo điều kiện thuận lợi cho tơi, giúp tơi hồn thành trình học tập nghiên cứu Nội, ngày tháng năm 2022 Tác giả luận án Nguyễn Thị Nga iii MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 1.1.1 1.1.2 1.1.3 Hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp lợn Lịch sử xuất hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp lợn (PRRS) Tình hình PRRS giới Việt Nam Triệu chứng lâm sàng lợn mắc PRRS 1.1.4 1.1.5 Bệnh tích PRRS 11 Tác nhân gây bệnh đường truyền lây PRRS 11 1.1.6 1.2 1.2.1 1.2.2 Cơ chế bệnh sinh 12 Virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp lợn 13 Nguồn gốc, phân loại virus PRRS 13 Cấu trúc, chức hệ gen virus PRRS 15 1.2.3 1.2.4 Đa dạng di truyền hệ gen virus PRRS 18 Các protein kháng nguyên quan trọng virus PRRS 19 1.2.5 Đáp ứng miễn dịch lợn virus PRRS xâm nhiễm 21 1.2.6 1.2.7 1.3 Sức đề kháng virus PRRS 23 Đặc điểm nuôi cấy virus PRRS 23 Nghiên cứu tạo vaccine PRRS 24 1.3.1 1.3.2 1.3.3 1.3.4 1.3.5 Khái niệm 24 Các loại vaccine nghiên cứu phòng PRRS 25 Một số nghiên cứu vaccine PRRS Việt Nam 29 Nghiên cứu tạo vaccine nhược độc phòng PRRS 31 Giống gốc sản xuất vaccine 32 1.3.6 Yêu cầu giống gốc 32 1.3.7 Một số phương pháp bảo quản giống gốc virus PRRS 33 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 2.1 2.2 2.2.1 Đối tượng, vật liệu nghiên cứu 35 Phương pháp nghiên cứu 36 Phương pháp mổ khám 36 2.2.2 2.2.3 Lấy mẫu xét nghiệm kháng nguyên 36 Lấy mẫu xét nghiệm kháng thể 36 2.2.4 Xử lý bệnh phẩm 37 iv 2.2.5 2.2.6 2.2.7 Phương pháp làm tiêu vi thể 37 Phương pháp nuôi cấy tế bào 38 Phương pháp nhân virus PRRS 39 2.2.8 2.2.9 2.2.10 2.2.11 Phương pháp xác định hiệu giá virus 39 Phương pháp cấy truyền virus PRRS 40 Phương pháp xác định quy luật sinh trưởng virus 40 Phương pháp trung hòa virus (phương pháp virus cố định huyết pha loãng) 41 2.2.12 Phương pháp Realtime RT-PCR 42 2.2.13 Phương pháp thiết kế mồi 42 2.2.14 2.2.15 2.2.16 2.2.17 Phương pháp RT-PCR 44 Phương pháp tách dịng giải trình tự gen 44 Phương pháp so sánh trình tự gen tạo phả hệ 45 Phương pháp điện di 45 2.2.18 Phương pháp IPMA xác định hiệu giá kháng thể 45 2.2.19 Phương pháp đếm tế bào Marc 145 47 2.2.20 Phương pháp kiểm tra vô trùng khiết an toàn virus giống gốc 47 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 50 3.1 Nghiên cứu đánh giá độc lực đặc tính sinh học chủng virus PRRS 02HY 05TB 50 3.1.1 Biểu triệu chứng lâm sàng lợn gây nhiễm chủng virus PRRS 02HY 05TB 50 Khả tăng trọng lợn thí nghiệm 52 Kết kiểm tra bệnh tích lợn thí nghiệm 53 Kiểm tra virus huyết lợn thí nghiệm 55 3.1.2 3.1.3 3.1.4 3.1.5 3.1.6 Khả kích thích sinh kháng thể lợn chủng virus PRRS 02HY 05TB 57 Kiểm tra đặc tính nhân lên virus PRRS 02HY tế bào Marc 145 59 3.2.1 Nghiên cứu tạo chủng virus PRRS nhược độc cấy truyền liên tiếp 80 đời môi trường tế bào Marc 145 60 Đánh giá đặc tính nhân lên chủng virus PRRS 02HY qua đời 3.2.2 cấy truyền tế bào Marc 145 61 Khả kích thích sinh kháng thể lợn chủng virus PRRS 02HY 3.2 qua đời cấy truyền 62 v 3.2.3 Kiểm tra độc lực chủng virus PRRS 02HY qua đời cấy truyền đời cấy truyền P1, P50, P60, P70, P80 64 3.3 Nghiên cứu đặc tính sinh học phân tử chủng virus Hanvet1.vn nhược độc chủng 02HY cường độc 66 Khuếch đại đoạn gen thuộc hệ gen virus PRRS 66 Tách dòng đoạn gen khuếch đại 67 Kết giải mã, phân tích hệ gen chủng Hanvet1.vn nhược độc 02HY cường độc 68 3.3.1 3.3.2 3.3.3 3.3.4 Phân tích so sánh gen chủng Hanvet1.vn nhược độc với chủng virus PRRS lưu hành Việt Nam giới 73 3.4 3.4.1 3.4.2 3.4.3 Đánh giá đặc tính giống gốc chủng virus PRRS Hanvet1.vn nhược độc 76 Kiểm tra khiết 77 Kết kiểm tra tính an tồn giống gốc Hanvet1.vn lợn 78 Khả kích thích sinh kháng thể giống gốc Hanvet1.vn nhược độc 79 3.4.4 3.4.5 Đánh giá đặc tính ổn định giống gốc virus PRRS Hanvet1.vn 83 Nghiên cứu điều kiện bảo quản giống gốc (Master seed) 92 3.4.6 Đáp ứng miễn dịch độ dài miễn dịch lợn sau tiêm vaccine nhược độc chế tạo từ giống gốc Hanvet1.vn 94 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN KẾT QUẢ 100 4.1 Về nghiên cứu đánh giá độc lực chủng virus PRRS 02HY cường độc Việt Nam chọn làm chủng ứng viên để tạo virus giống gốc PRRS nhược độc 100 4.2 Về nghiên cứu tạo chủng virus PRRS nhược độc cấy truyền liên tiếp môi trường tế bào Marc 145 102 Về đánh giá giống gốc Hanvet1.vn nhược độc sử dụng cho chế tạo vaccine PRRS 107 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 112 4.3 NHỮNG CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN ĐỀ TÀI 113 THESIS SUMMARY 114 TÀI LIỆU THAM KHẢO 121 PHỤ LỤC 1PL vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Viết đầy đủ AEC 3- amino-9-ethylcarbazole CPE Cytopathogenic effect DNA Deoxyribonucleic acid DMEM Dulbecco's modified eagle's medium ELISA Enzyme-linked immunosorbent assay FBS Enzyme-linked immunosorbent assay HE Haematoxylin-eosin IHC Immuno histochemistry IPMA Immunoperoxidase monolayer assay MARC-145 Meat animal research center-145 MDS Mystery swine disease MLV Modiffied live vaccine MOI Multiplicity of infection MSD Mystery swine disease NSP Non structural protein OD Optical density OIE Office International des Epizooties ORF Open reading frame PAM Porcine alveolar macrophage PCR Polymerase chain reaction PCV2 Porcine circovirus type PEARS Porcine endemic abortion and respiratory syndrome PRRS Porcine reproductive and respiratory syndrome PRRSV Porcine reproductive and respiratory syndrome virus RNA Ribonucleic acid RT- PCR Reverse transcriptase polymerase chain reaction vii rRT- PCR Realtime reverse transcriptase polymerase chain reaction SP Structural protein TCID50 50% Tissue culture infective dose TPB Triptose phosphas broth VNT Virus neutralization test 02HY Virulent virus in Hung Yen, Vietnam 05TB Virulent virus in Thai Binh, Vietnam viii DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Tổng hợp ổ dịch PRRS xảy Việt Nam từ 2007-2016 Bảng 1.2 So sánh đặc điểm hệ gen chủng virus PRRS giới 15 Bảng 1.3 Hệ gen virus PRRS thông tin liên quan 18 Bảng 1.4 Phát kháng thể đặc hiệu kháng virus PRRS qua phương pháp xét nghiệm 21 Bảng 1.5 Một số vaccine hệ 26 Bảng 2.1 Các cặp mồi dùng khuếch đại 15 đoạn gen hệ gen chủng virus PRRS 02HY Hanvet1.vn 43 Bảng 3.1 Kết biểu lâm sàng lợn gây nhiễm virus PRRS chủng 02 HY 05 TB 50 Bảng 3.2 Kết theo dõi khả tăng trọng lợn 52 Bảng 3.3 Bệnh tích đại thể lợn gây nhiễm virus PRRS 53 Bảng 3.4 Virus PRRS huyết lợn thí nghiệm thời điểm thu huyết 55 Bảng 3.5 Hàm lượng kháng thể huyết lợn gây nhiễm chủng virus 02 HY 05 TB 58 Bảng 3.6 Hiệu giá virus thu thời điểm thu hoạch 59 Bảng 3.7 Hiệu giá virus PRRS 02HY sau 10 đời cấy truyền môi trường tế bào Marc 145 61 Bảng 3.8 Hiệu giá kháng thể kháng virus PRRS lợn sau gây nhiễm virus 02HY đời cấy truyền 63 Bảng 3.9 Thân nhiệt triệu chứng lâm sàng lợn gây nhiễm virus PRRS 02HY đời cấy truyền P1, P50, P60, P70, P80 64 Bảng 3.10 Phân lập virus từ huyết lợn gây nhiễm virus đời cấy truyền 65 Bảng 3.11 Mức độ tương đồng trình tự nucleotide axit amin chủng virus PRRS Hanvet1.vn nhược độc so với chủng virus PRRS 02HY cường độc 70 Bảng 3.12 Mức độ tương đồng trình tự axit amin protein chủng virus PRRS Hanvet1.vn nhược độc so với chủng virus PRRS tham chiếu Genbank 73 16PL 10261 10321 10381 10441 10501 10561 10621 10681 10741 10801 10861 10921 10981 11041 11101 11161 11221 11281 11341 11401 11461 11521 11581 11641 11701 11761 11821 11881 11941 12001 12061 12121 12181 12241 12301 12361 12421 12481 12541 12601 12661 12721 12781 12841 12901 12961 13021 13081 13141 13201 13261 13321 13381 13441 13501 13561 13621 13681 13741 13801 13861 13921 13981 14041 14101 cctaggggac catcatgcct cattcaacca cgtggaaaaa cggcgccatt gcccactaaa tgctatcttc aggcacaccc caacagagaa taagcgcgtt gctccccaag taaactcccg gtggccagat tggtgccggc ctatctcaca cggccgaatt gtccctccca cgttacctcc ttcgagcccc ccttgaagcg taaggaggtt ccattttacc tactgtgtac cacccattgg gtctagtgca ctcgcttgat tctgtacgag gcgccagaaa gggccctgtc cctctttcac tgttgatatc ggtcttttgc tgagcaatta cctggggcgt atgaaatggt aacaggtggt ttcaacatct tgctgcacaa atcaggtgtt aatggctaat ttgttgtgct gggcaacttc gcaggcagcc ccgatgtagt cgaaggccac ccagttccat gcaccaattc tatttcagcc cctggaatgg caggcgttcg accgcagcat tcctctccga atcaccatca ctttcttctt ggcaatgtgt aaggagttta cctgagacca tgaatgttca tttgtggtgt ctctcatatt ggcacaaaat tgtttcctat gtccaccgcc tctggctgcg ctcttgtacc ttcaaacaac cagacccaat gattacaggg cctgtcaggt actatcgact gattcactca gtgtatgacc gtcaacctca atcacggttg gtagattctc gtcgcgcata gcagaacttg cggttggtag tatatggtgg aaatttgtta gaggtagatt catgccttca aaataccttc gggaaagccg tacctccacc cgactgatgg tggtatcaac ttggacccct ggagctgacc taccatggtg gatccagtaa tttactggaa gggaaaattt attgaaccaa aaaattggcc atcatatttt atcagactgg cagaagatct caaacaccct gtcgcgtcga gagcgaagct tgccgctatt cctgcgcttg tgccattttc agctgtacat gtggttgcga tcttttgaac gctgagatcc gagaacgatc ttgaccagtg cccgagatat atctgcgctg gtatttcaga ctgcgtcctt cctgcaagcc caggcttcgt caattcgcaa ctgccaatgt gccttttcta caggcgtcgt cccaacgctc tgaggtgggc agtatgttgg atcgtgccgt cagttgattt tttgactggg ggggcactca ggatattatc ctgatttgct agatatacca tccaccctgt taaagaccat acaaacttat atgggcaagt ccagtcaagg acaggcaaag cacacaggca cagtgcaccg ctcaggctct tccgcgctat acttgggatt caccccactg ccagccttcg gcccctcggt gaggcgaggc gtcgagagta tcggcgatgt cgcgcttcct cgaaagcagt cagagaccca tatggaaaga ttgcaagcta gcatgggccc tcgcagtcac aaatgcctcc ggtacaaaca atggtgagga ataaagctaa ctttaggcct aactttttgt tggccatttt tttgctccgc tatgaggcct ttgggggtgc atgtaccgcg acattgtctc gaagccgaga acagggtcaa ccaacccctg tcctccatat attccaatgc tcatggtgaa ttgaacccgg atgacgaact tttacgcctg ttgggatagg ttcacgacgg cctactacca tcttttcctc atgtttcagt tgtcctccag aagttctcag cacagatgaa tgcttccgag ggctgtgtgc cttagtggtc aaccgtttta ggaagtgctt tctatcttgc ataacttgac cagtggagac ccaccagcca acgggcggta ttgtcattag acttccttct gggttttgac ctggaggttc gtccatggtc cctcaccccc cgccacattt agctcttgtt attgcagagc tgacgaacag aggcaatgga ttgcgcagac ctatttctca gcccgtggtg ccctatccat gtttttaggc tcaagtgctt tcttgatgat caaaggtacc tcccaaggaa ttgtacattg gtccaggtgc caagacggcc cgcctcatac tgctctttgc cccttatgat aggttacaaa cacctgggga ctgggaggat tgccaccagc gaattgaaat ggatgctttc gtttggcttc ggtactccgt ttctttctca tttggcacca tcatggaaaa gcatcagtgg cttgtaaata atgtaaccat gttcccggcc tttcctccgt tacgttctgt ttacacggta caagtctttt agggttcatg gttggcgttc gaatgtgagt ggataacgcc acaccaggtc ttggttggtt tcgagtcttt gacatcagct tgccgcacgg aattatctac atgagtgaaa gtcaacttta gatcatgtgc gcctgtcttt gaccgcgtgc tgtgctcgtc gctatgtgag ttttgtcatc tttccttgac tgtcttgagt gcttgcgaag ggacactaag tcccattgct gggcagaata aacacgaccc taccacaggg gatgtggtta gctatcacca atgtttgatc ctgatcgtat gataaattca ctggaagggt cctgatttga acaacccaga aaatatagcc acccctgggg ccggagacag cgggagcgag accgttgggg tcagttgcgg acggatgtgt tggaaagtga tattttcaac atccgagttc aacagaaggg tacggtgcca attctggcgt tttgaatcgg tacaatgatg atgaggtttc gaaatggggt acggagtttc acaattgccg gcgcgctcta gtgtcaggtg taaggtgtca agcagggcag tttggatgtg tttggcttcc agtgtataat aaagcttaat tgcagcttct ttttggtttc tgcccgcttt tggtgcagga gttccgcctg ctgtccttca caagtttatg accttgcctc gacggcggca ttaaatgttt cggacatcaa gccttaggca cgatagggac attcttctga agggattcaa ccagctacgt gactgcttca ttgccatcct tgttgctcgc aacgccagcg ctgaatggca ttccccgtgt acagttggtc agcatttacg aactgcatgt ggcagactct atgtatttga tctgtgatgc gtgtgaccta accgagagga cactgcattt gggcaagaca tccccgcgaa tagacagaaa gggccacaga cgagctcccc ctcagtttgc acaatgaaag gcgcgtgcat ttgtgtcata tcttcagcac aagttgctga gatgtcatca tggtcggggt acctcccaga tgttggactt ttgaaggccg ctgttaattc ttgtcgggtc aaattattct gcgcggagtt atacagcgta cgtttcgggc attttccccc ctatgcaaag tggtgtccat gttggctggt ccgttcaccc gacattccca accctgattg gctgcctgga gtggctcact cggctaccca agtactttgg gattttcagc tgtactcttt cgctggttag gcccaacccg tagggcatga gcctctccag gctacacggc ttgacatcaa gccatgacaa attggtttca cgtggtttct aaccaacacc tggcgactcg gcccgtgtac tctcctcatg agtggtgttt ccaacacgtc tttcatgaca actggcaatt gattgctttt acaacaacag cagattggct tgactcacat tggccactgt cagtctgtgc cctggcgcta atcgttggcg 17PL 14161 14221 14281 14341 14401 14461 14521 14581 14641 14701 14761 14821 14881 14941 15001 15061 15121 15181 15241 gtcgcccgtc caagagagtt atggggtcgt gcgttttcca ctgctagggc acattcgtgc cttctttggg ttgtgcttgc ggctttcatc actacggtca gctgttaagc aaagaaaaag catcgcccaa cccggagaag tagtgagcgg ttgtgccctg acatactgtg ttggcacctc cctttaagtc attgtggaga gtgcttgatg ctctagacga ttacctacac ttctgcacct actttgagag gagtgtactc taggccgcaa cgattgcggc acggcacatt agggagtggt aaggggaatg caaaaccagt ccccatttcc caattgtgtc tcagattcag cgtctgatcc agtgttagaa acctattcaa aaaggggtaa gttccgcggc cttctgcaat gccagtgatg tttgatcttt cacaaatagg agccatagaa gtacattctg aaatgataac ggtgcccggg aaaccttgtt gccagccagt ccagaggcaa ctctagcgac tgtcgtcgat ggaggataag gcgccacagc ttgggagaat ttagggcgac ggttgaggtc aaccccttta gatagcacag atatatgctc ctgaattgtg gtcgcgctca acctggaaat gcccctgccc cacgcatttg ttgaaaagcc aaatatgcca caatcagctg gggaccgggg tgaagatgac ccagactgcc ttacactgtg atcaccctca gtgtggtgaa cgtgtg gaaggtcacc accagagttt ctccacagaa taaaggtaag cttttacctt ctatgggagc tcatcacctc accacgtcga tcgtccggcg tcgtgttggg aataacaacg tgccaaatgc aagaaaaata gtcaggcatc ttcaatcagg gagtttagtt gcatgatggg tggcactgat tgatcgacct cagcggaact ggtgcttttg tcgcggccga cgggtacatg agtagttgca cagatgccgt aagtgccgcg tcccggctcc tggcagaaaa gcaagcagca tgggtaagat ggaagaaaaa actttacccc gcgctggaac tgccgacgca ctggcattct tgacactgtg 18PL BẢNG PL3.2 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN NSP1a CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF1A_P Total number of residues: 2473 02HY_ORF1A_P Total number of residues: 2473 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF1A_P- MSGILDRCTCTPNARVFVAEGQVYCTRCLSARSLLPLNLQVPELGVLGLF -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- MSGILDRCTCTPNARVFVAEGQVYCTRCLSARSLLPLNLQVPELGVLGLF -50 HANV_ORF1A_P- YRPEEPLRWTLPRAFPTVECSPAGACWLSAIFPIARMTSGNLNFQQRMVR -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- YRPEEPLRWTLPRAFPTVECSPAGACWLSAIFPIARMTSGNLNFQQRMVR -100 HANV_ORF1A_P- VAAEIYRAGQLTPTVLKTLQVYERGCRWYPIVGPVPGVGVYANSLHVSDK -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VAAEIYRAGQLTPTVLKTLQVYERGCRWYPIVGPVPGVGVYANSLHVSDK -150 HANV_ORF1A_P- PFPGATHVLTNLPLPQRPKPEDFCACECAMADVYDIGRGAVMYVAGGKVS -200 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PFPGATHVLTNLPLPQRPKPEDFCPFECAMADVYDIGRGAVMYVAGGKVS -200 HANV_ORF1A_P- WAPRGGNEVKFEPVPKELKLVANRLHTSFPPHHVVDMSKFTLMTPGSGVS -250 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||| 02HY_ORF1A_P- WAPRGGNEVKFEPVPKELKLVANRLHTSFPPHHAVDMSRFTFMTPGSGVS -250 HANV_ORF1A_P- MRVEYQHGCLPADTVPEGNCWWRLFDSLPPEVQYKEIRHANQFGYQTKHG -300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- MRVEYQHGCLPADTVPEGNCWWRLFDSLPPEVQYKEIRHANQFGYQTKHG -300 HANV_ORF1A_P- VPGKYLQRRLQVNGLRAVTDTHGPIVIQYFSVKESWIRHLKLVEEPSLPG -350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VPGKYLQRRLQVNGLRAVTDTHGPIVIQYFSVKESWIRHLKLVEEPSLPG -350 HANV_ORF1A_P- FEDLLRIRVEPNTSPLAGKDEKIFRFGSHKWYGAGKRARKTRSGATTMVA -400 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF1A_P- FEDLLRIRVEPNTSPLAGKDEKIFRFGSHKWYGAGKRARKTRSGASTMVA -400 HANV_ORF1A_P- HHASSAHETRQATKHEGAGANKAEHLKRYSPPAEGNCGWHCISAIANRMV -450 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- HHASSAHDTRQATKHEGAGANKAEHLKRYSPPAEGNCGWHCISAIANRMV -450 19PL HANV_ORF1A_P- NSNFETTLPERVRPSDDWATDEDLVNTIQILRLPAALDRNGACGSAKYVL -500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- NSNFETTLPERVRPSDDWATDEDLVNTIQILRLPAALDRNGACGSAKYVL -500 HANV_ORF1A_P- KLEGEHWTVSVIPGMSPTLLPLECVQGCCEHKGGLVSPDAVEISGFDPAC -550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- KLEGEHWTVSVIPGMSPTLLPLECVQGCCEHKGGLVSPDAVEISGFDPAC -550 HANV_ORF1A_P- LDRLAKVMHLPSSTIPAALAESSDDSNRPVSPAATTWTVSQFYARHRGGD -600 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- LDRLAKVMHLPSSTIPAALAELSDDSNRPVSPAATTWTVSQFYARHRGGD -600 HANV_ORF1A_P- HHDQVCLGKIISLCQVIEDCCCHQNKTNRATPEEVAAKIDQYLRGATSLE -650 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- HHDQVCLGKLISLCQVIEDCCCHQNKTNRATPEEVAAKIDQYLRGATSLE -650 HANV_ORF1A_P- ECLAKLERVSPPSAADTSFDWNVVLPGVEAANQTTDQPHVNSCCTLVPPV -700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- ECLAKLERVSPPSAADTSFDWNVVLPGVEAANQTTDQPHVNSCCTLVPPV -700 HANV_ORF1A_P- TQEPLGKDSVPLTAFSLSNCYYPAQGDEVHHRERLNSVLSKLEEVVLEEY -750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- TQEPLGKDSVPLTAFSLSNCYYPAQGDEVHHRERLNSVLSKLEEVVLEEY -750 HANV_ORF1A_P- GLMSTGLGPRPVLPSGLDELKDQMEEDLLQLTNTQATSEMMAWAAEQVDL -800 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- GLMSTGLGPRPVLPSGLDELKDQMEEDLLKLTNTQATSEMMAWAAEQVDL -800 HANV_ORF1A_P- KAWVKSYPRWTPPPPPPRVQPRRTKSVKSLPEGKPVPAPRRKVRSDCGSP -850 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- KAWVRSYPRWTPPPPPPRVQPRRTKSVKSLPEGKPVPAPRRKVRSDCGSP -850 HANV_ORF1A_P- VLMGDNVPNGSEETVGGPLNFPTPSEPMTPMSEPVLVPASRRVPKLMTPL -900 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VLMGDNVPNGSEETVGGPLNFPTPSEPMTPMSEPILVPASRRVPKLMTPL -900 HANV_ORF1A_P- SGSAPVPAPRRTVTTTLTHQDEPLDLSVSSQTEYEAFPLAPSQNMGILEA -950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SGSAPVPAPRRTVTTTLTHQDEPLDLSVSSQTEYEAFPLAPSQNMGILEA -950 HANV_ORF1A_P- RGQEVEGVLSEISDILNDTNPAPVSSSSSLSSVKITRPKYSAQAIIDSGG -1000 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- RGQEVEGVLSEISDILNDTNLEPVSSSSSLSSVKITRPKYSAQAIIDSGG -1000 HANV_ORF1A_P- PCSGHLQKEKEACLSIMREACDASKLGDPATQEWLSRMWDRVDMLTWRNT -1050 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PCSGHLQKEKEACLSVMREACDASKLGDPATQEWLSRMWDRVDMLTWRNT -1050 HANV_ORF1A_P- SAYQAFRILNGMFEFLPKMILETPPPHPCGFVMLPRTPAPSVSAESDLTI -1100 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SAYQAFRILNGRFEFLPKMILETPPPHPCGFVMLPRTPAPSVSAESDLTI -1100 HANV_ORF1A_P- GSVATEDVPRILGKIGDTDELLDRGPSAPSKGEPVCDQPAKDPRMSPRES -1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- GSVATEDVPRILGKIGDTDELLDRGPSAPSKGEPVCDQPAKDPRMSPRES -1150 HANV_ORF1A_P- DESMIAPPADTGGVGSFTDLPSSDGVDVDGGGPLRTVKTKAGRLLDQLSC -1200 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- DESMMAPPADTGGVGSFTDLPSSDGVDVDGGGPLRTVKTKAGRLLDQLSC -1200 20PL HANV_ORF1A_P- QVFSLVSHLPIFFSHLFKSDSGYSPGDWGFAAFTLFCLFLCYSYPFFGFA -1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- QVFSLVSHLPIFFSHLFKSDSGYSPGDWGFAAFTLFCLFLCYSYPFFGFA -1250 HANV_ORF1A_P- PLLGVFSGSSRRVRMGVFGCWLAFAVGLFKPVSDPVGTACEFDSPECRNV -1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PLLGVFSGSSRRVRMGVFGCWLAFAVGLFKPVSDPVGTACEFDSPECRNV -1300 HANV_ORF1A_P- LHSFELLKPWDPVRSLVVGPVGLGLAILGRLLGGARYIWHFLLRLGIVAD -1350 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF1A_P- LHSFELLKPWDPVRSLVVGPVGLGLAILGRLLGGARYIWHFLLRLCIVAD -1350 HANV_ORF1A_P- CILAGAYVLSQGRCKKCWGSCVRTAPNEIAFNVFPFTRATRLSLIDLCDR -1400 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| 02HY_ORF1A_P- CILAGAYVLSQGRCKKCWGSCVRTAPNEIAFNVFPFTRATRLSPIDLCDR -1400 HANV_ORF1A_P- FCAPKGMDPIFLATGWRGCWTGRSPIEQPSEKPIAFAQLDEKRITARTVV -1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- FCAPKGMDPIFLATGWRGCWTGRSPIEQPSEKPIAFAQLDEKRITARTVV -1450 HANV_ORF1A_P- TQPYDPNQAVKCLRVLQAGGAMVAEAVPKVVKVSAIPFRAPFFPAGVKVD -1500 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- AQPYDPNQAVKCLRVLQAGGAMVAEAVPKVVKVSAIPFRAPFFPAGVKVD -1500 HANV_ORF1A_P- PECRIVVDPDTFTTALRSGYSTANLVLGTGDFAQLNGLKIRQISKPSGGG -1550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PECRIVVDPDTFTTALRSGYSTANLVLGTGDFAQLNGLKIRQISKPSGGG -1550 HANV_ORF1A_P- PHLIAALHVACSMALHMLAGVYVTAVGSCGTGTNDPWCTNPFAVPGYGPG -1600 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PHLIAALHVACSMALHMLAGVYVTAVGSCGTGTSDPWCTNPFAVPGYGPG -1600 HANV_ORF1A_P- SLCTSRLCISQHGLTLPLTALVAGFGLQDIALVVLIFVSIGGMAHRLSCK -1650 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SLCTSRLCISQHGLTLPLTALVAGFGLQEIALVVLIFVSIGGMAHRLSCK -1650 HANV_ORF1A_P- ADMLCILLAIASYVWVPLTWLLCVFPCWLRWFSLHPLTILWLVFFLISVN -1700 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- ADMLCILLAIASYVWVPLTWLLCVFPCWLRWFSLHPLTILWLVFFLISVN -1700 HANV_ORF1A_P- IPSGILAVVLLVSLWLLGRYTNIAGLVTPYDIHHYTSGPRGVAALATAPD -1750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- IPSGILAVVLLVSLWLLGRYTNIAGLVTPYDIHHYTSGPRGVAALATAPD -1750 HANV_ORF1A_P- GTYLAAVRRAALTGRTMLFTPSQLGSLLEGAFRTQKPSLNTVNVVGSSMG -1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- GTYLAAVRRAALTGRTMLFTPSQLGSLLEGAFRTQKPSLNTVNVVGSSMG -1800 HANV_ORF1A_P- SGGVFTIDGKIKCVTAAHVLTGNSARVSGVGFNQMLDFDVKGDFAIADCP -1850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- SGGVFTIDGKIKCVTAAHVLTGNSARVSGVGFNQMLDFDVKGDFAIADCP -1850 HANV_ORF1A_P- NWQGVAPKAQFCEDGWTGRAYWLTSSGVEPGVIGNGFAFCFTACGDSGSP -1900 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- NWQGVAPKAQFCEDGWTGRAYWLTSSGVEPGVIGNGFAFCFTACGDSGSP -1900 HANV_ORF1A_P- VITEAGELVGVHTGSNKQGGGIVTRPSGQFCNVKPIKLSELSEFFAGPKV -1950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- VITEAGELVGVHTGSNKQGGGIVTRPSGQFCNVKPIKLSELSEFFAGPKV -1950 21PL HANV_ORF1A_P- PLGDVKIGSHIIKDTCEVPSDLCALLAAKPELEGGLSTVQLLCVFFLLWR -2000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PLGDVKIGSHIIKDTCEVPSDLCALLAAKPELEGGLSTVQLLCVFFLLWR -2000 HANV_ORF1A_P- MMGHAWTPLVAVGFFILNEILPAVLVRSVFSFGMFVLSWLTPWSAQVLMI -2050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- MMGHAWTPLVAVGFFILNEILPAVLVRSVFSFGMFVLSWLTPWSAQVLMI -2050 HANV_ORF1A_P- RLLTAALNRNRWSLGFYSLGAVTSFVADLAVTQGHPLQVVMNLSTYAFLP -2100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- RLLTAALNRNRWSLGFYSLGAVTSFVADLAVTQGHPLQVVMNLSTYAFLP -2100 HANV_ORF1A_P- RMMVVTSPVPVIACGVVHLLAIILYLFKYRCLHNVLVGDGVFSSAFFLRY -2150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- RMMVVTSPVPVIACGVVHLLAIILYLFKYRCLHNVLVGDGVFSSAFFLRY -2150 HANV_ORF1A_P- FAEGKLREGVSQSCGMSHESLTGALAMRLTDEDLDFLTKWTDFKCFVSAS -2200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- FAEGKLREGVSQSCGMSHESLTGALAMRLTDEDLDFLTKWTDFKCFVSAS -2200 HANV_ORF1A_P- NMRNAAGQFIEAAYAKALRIELAQLVQVDKVRGTMAKLEAFADTVAPQLS -2250 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 02HY_ORF1A_P- NMRNAAGQFIEAAYAKALRIELAQLVQVDKVRGTMAKLEAFADTVAPRLS -2250 HANV_ORF1A_P- PGDIVVALGHTPVGSIFDLKVGSTKHTLQAIETRVLAGSKMTVARVVDPT -2300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PGDIVVALGHTPVGSIFDLKVGSTKHTLQAIETRVLAGSKMTVARVVDPT -2300 HANV_ORF1A_P- PAPPPVPVPIPLPPKVLENGPNAWGDEDRLSKKKRRRMEAVGIFVMDGKK -2350 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- PAPPPVPVPIPLPPKVLENGPNAWGDEDRLNKKKRRRMEAVGIFVMDGKK -2350 HANV_ORF1A_P- YQKFWDKNSGDVFYEEVHISTDEWECLRTGDPVDFDPETGIQCGHITIED -2400 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- YQKFWDKNSGDVFYEEVHINTDEWECLRTGDPVDFDPETGIQCGHITIED -2400 HANV_ORF1A_P- KVYNVFTSPSGRRFLVPANPENRRAQWEAAKLSVEQALGMMNVDGELTAK -2450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- KVYNVFTSPSGRRFLVPANPENRRAQWEAAKLSVEQALGMMNVDGELTAK -2450 HANV_ORF1A_P- ELEKLKRIIDKLQGLTKEQCLNC -2473 ||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1A_P- ELEKLKRIIDKLQGLTKEQCLNC -2473 Identity : 2448 (98.99%) Number of gaps inserted in HANV_ORF1A_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF1A_P: 22PL BẢNG PL3.3 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN NSP1b CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF1B_P Total number of residues: 1459 02HY_ORF1B_P Total number of residues: 1459 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF1B_P- KLLAASGLTRCGRGGLVVTETAVKIVKFHNRTFTLGPVNLKVASEVELKD -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 02HY_ORF1B_P- KLLAASGLTRCGRGGLVVTETAVKIVKFHNRTFTLGPVNLKVTSEVELKD -50 HANV_ORF1B_P- AVEHNQHPVARPVDGGVVLLRSAVPSLIDVLISGADASPKLLARHGPGNT -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AVEHNQHPVARPVDGGVVLLRSAVPSLIDVLISGADASPKLLARHGPGNT -100 HANV_ORF1B_P- GIDGTLWDFEAEATKEEVALSAQIIQACDIRRGDAPEIGLPYKLYPVRGN -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- GIDGTLWDFEAEATKEEVALSAQIIQACDIRRGDAPEIGLPYKLYPVRGN -150 HANV_ORF1B_P- PERVKGVLQNTRFGDIPYKTPSDTGSPVHAAACLTPNATPVTDGRSVLAT -200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- PERVKGVLQNTRFGDIPYKTPSDTGSPVHAAACLTPNATPVTDGRSVLAT -200 HANV_ORF1B_P- TMPSGFELYVPTIPASVLDYLDSRPDCPKQLTEHGCEDAALRDLSKYDLS -250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- TMPSGFELYVPTIPASVLDYLDSRPDCPKQLTEHGCEDAALRDLSKYDLS -250 HANV_ORF1B_P- TQGFVLPGVLRLVRKYLFAHVGKCPPVHRPSTYPAKNSMAGINGNRFPTK -300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- TQGFVLPGVLRLVRKYLFAHVGKCPPVHRPSTYPAKNSMAGINGNRFPTK -300 HANV_ORF1B_P- DIQSVPEIDVLCAQAVRENWQTVTPCTLKKQYCGKKKTRTILGTNNFIAL -350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- DIQSVPEIDVLCAQAVRENWQTVTPCTLKKQYCGKKKTRTILGTNNFIAL -350 HANV_ORF1B_P- AHRAALSGVTQGFMKKAFNSPIALGKNKFKELQAPVLGRCLEADLASCDR -400 || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AHPAALSSVTQGFMKKAFNSPIALGKNKFKELQAPVLGRCLEADLASCDR -400 HANV_ORF1B_P- STPAIVRWFAANLLYELACAEGHLPSYVLNCCHDLLVTQSGAVTKRGGLS -450 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- STPAIVRWFAANLLYELACAEEHLPSYVLNCCHDLLVTQSGAVTKRGGLS -450 23PL HANV_ORF1B_P- SGDPITSVSNTIYSLVIYAQHMVLSYFKSGHPHGLLFLQDQLKFEDMLKV -500 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- SGDPITSVSNTIYSLVIYAQHMVLSYFKSGHPHGFLFLQDQLKFEDMLKV -500 HANV_ORF1B_P- QPLIVYSDDLVLYAESPSMPNYHWWVEHLNLMLGFQTDPKKTTITDSPSF -550 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- QPLIVYSDDLVLYAESPSMPNYHWWVEHLNLMLGFQTDPKKTTITDSPSF -550 HANV_ORF1B_P- LGCRIINGRQLVPNRDRILAALAYHMKASNVSEYYASAAAILMDSCACLE -600 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | 02HY_ORF1B_P- LGCRVINGRQLVPNRDRILAALAYHMKASNVSEYYASAAAILMDSCACVE -600 HANV_ORF1B_P- YDPEWFEELVVGIAQCARKDGYSFPGPPFFLSMWEKLRSNHEGKKSRMCG -650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- YDPEWFEELVVGIAQCARKDGYSFPGPPFFLSMWEKLRSNHEGKKSRMCG -650 HANV_ORF1B_P- YCGAPAPYATACGLDVCVYHTHFHQHCPVIIWCGHPAGSGSCSECEPPLG -700 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- YCGAPAPYATACGLDVCVYHTHLHQHCPVIIWCGHPAGSGSCSECEPPLG -700 HANV_ORF1B_P- KGTSPLDEVLEQVPYKPPRTVIMHVEQGLTPLDPGRYQTRRGLVSVRRGI -750 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- KGTSPLDEVLEQVPYKPPRTVIMHVEQGLTPLDPGRYQTRRGLVSVRRGI -750 HANV_ORF1B_P- RGNEVDLPDGDYASTALLPTCKEINMVAVASNVLRSRFIIGPPGAGKTHW -800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 02HY_ORF1B_P- RGNEVDLPDGDYASTALLPTCKEINMVAVASNVLRSRFIIRPPGAGKTHW -800 HANV_ORF1B_P- LLQQVQDGDVIYTPTHQTMLDMIRALGTCRFNVPAGTTLQFPAPSHTGPW -850 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- LLQQVQDGDVIYTPTHQTMLDMIRALGTCRFNVPAGTTLQFPAPSHTGPW -850 HANV_ORF1B_P- VRILAGGWCPGKNSFLDEAAYCNHLDVLRLLSKTTLTCLGDFKQLHPVGF -900 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- VRILAGGWWPGKNSFLDEAAYCNHLDVLRLLSKTTLTCLGDFKQLHPVGF -900 HANV_ORF1B_P- DSHCYVFDIMPQTQLKTIWRFGQNICDAIQPDYRDKLMSMVNTTRVTYVE -950 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- DSHCYVFDIMPQTQLKTIWRFGQNICDAIQPDYRDKLMSMVNTTRVTYVE -950 HANV_ORF1B_P- KPVRYGQVLTPYHRDREDGAITIDSSQGATFDVVTLHLPTKDSLNRQRAL -1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- KPVRYGQVLTPYHRDREDGAITIDSSQGATFDVVTLHLPTKDSLNRQRAL -1000 HANV_ORF1B_P- VAITRARHAIFVYDPHRQLQSMFDLPAKGTPVNLTVHRDEQLIVLDRNNR -1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- VAITRARHAIFVYDPHRQLQSMFDLPAKGTPVNLAVHRDEQLIVLDRNNR -1050 HANV_ORF1B_P- EITVAQALGNGDKFRATDKRVVDSLRAICADLEGSSSPLPKVAHNLGFYF -1100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- EITVAQALGNGDKFRATDKRVVDSLRAICADLEGSSSPLPKVAHNLGFYF -1100 HANV_ORF1B_P- SPDLTQFAKLPAELAPHWPVVTTQNNERWPDRLVASLRPIHKYSRACIGA -1150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- SPDLTQFAKLPAELAPHWPVVTTQNNERWPDRLVASLRPIHKYSRACIGA -1150 HANV_ORF1B_P- GYMVGPSVFLGTPGVVSYYLTKFVRGEAQVLPETVFSTGRIEVDCREYLD -1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- GYMVGPSVFLGTPGVVSYYLTKFVRGEAQVLPETVFSTGRIEVDCREYLD -1200 24PL HANV_ORF1B_P- DREREVAESLPHAFIGDVKGTTVGGCHHVTSKYLPRFLPKESVAVVGVSS -1250 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- DREREVAESLPHAFIGDVKGTTVGGCHHVTSKYLPRFLPKESVAVVGVSS -1250 HANV_ORF1B_P- PGKAAKAVCTLTDVYLPDLEAYLHPETQSRCWKVMLDFKEVRLMVWKDKT -1300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- PGKAAKAVCTLTDVYLPDLEAYLHPETQSRCWKVMLDFKEVRLMVWKDKT -1300 HANV_ORF1B_P- AYFQLEGRHFTWYQLASYASYIRVPVNSTVYLDPCMGPALCNRRVVGSTH -1350 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- AYFQLEGRHFTWYQLASYASYIRVPVNSTVYLDPCMGPALCNRRVVGSTH -1350 HANV_ORF1B_P- WGADLAVTPYDYGAKIILSSAYHGEMPPGYKILACAEFSLDDPVRYKHTW -1400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- WGADLAVTPYDYGAKIILSSAYHGEMPPGYKILACAEFSLDDPVRYKHTW -1400 HANV_ORF1B_P- GFESDTAYLYEFTGNGEDWEDYNDAFRARQKGKIYKANATSMRFHFPPGP -1450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF1B_P- GFESDTAYLYEFTGNGEDWEDYNDAFRARQKGKIYKANATSMRFHFPPGP -1450 HANV_ORF1B_P- VIEPTLGLN -1459 ||||||||| 02HY_ORF1B_P- VIEPTLGLN -1459 Identity : 1448 (99.25%) Number of gaps inserted in HANV_ORF1B_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF1B_P: 25PL BẢNG PL3.4 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP2 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF2_P Total number of residues: 256 02HY_ORF2_P Total number of residues: 256 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF2_P 0202HY_ORF2_P HANV_ORF2_P - MKWGLCKASFTKLANFLWMLSRSFWCPLLISSYFWPFCLASQLPVGWWSF -50 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| 02HY_ORF2_P - MKWGLCKASLTKLANFLWMLSRSFWCPLLISSYFWPFCSASQSPVGWWSY -50 HANV_ORF2_P - ASDWFAPRYSVRALPFTLSNYRRSYEAFLSQCQVDIPTWGVKHPLGVLWH -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF2_P - ASDWFAPRYSVRALPFTLSNYRRSYEAFLSQCQVDIPTWGVKHPLGVLWH -100 HANV_ORF2_P - HKVSTLIDEMVSRRMYRVMEKAGQAAWKQVVSEATLSRISGLDVVAHFQH -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF2_P - HKVSTLIDEMVSRRMYRVMEKAGQAAWKQVVSEATLSRISGLDVVAHFQH -150 HANV_ORF2_P - LAAIEAETCKYLASRLPMLHNLRLTGSNVTIVYNSTLDQVFAIFPTPGSR -200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF2_P - LAAIEAETCKYLASRLPMLHNLRLTGSNVTIVYNSTLDQVFAIFPTPGSR -200 HANV_ORF2_P - PKLNDFQQWLIAVHSSIFSSVAASCTLFVVLWLRIPMLRSVFGFRWLGAT -250 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF2_P - PKLHDFQQWLIAVHSSIFSSVAASCTLFVVLWLRIPMLRSVFGFRWLGAT -250 HANV_ORF2_P - SLLNSW -256 ||||| 02HY_ORF2_P - FLLNSW -256 Identity : 250 (97.66%) Number of gaps inserted in HANV_ORF2_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF2_P: 26PL BẢNG PL3.5 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP3 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF3_P Total number of residues: 254 02HY_ORF3_P Total number of residues: 254 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF3_P - MANSCTFLHIFLRCSFLYSFCCAVVANSNATFCFWFPLVRGNFSFELMVN -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - MANSCTFLHIFLRCSFLYSFCCAVVANSNATFCFWFPLVRGNFSFELMVN -50 HANV_ORF3_P - YTVCPLCPTRQAAAEILEPGKSFWCRIGHDRCSENDHDELGFMVPPGLSS -100 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - YTVCPLCPTRQAAAEILEPGKSFWCRIGNDRCSENDHDELGFMVPPGLSS -100 HANV_ORF3_P - EGHLTSVYAWLAFLSFSYTAQFHPEIFGIGNVSQVYVDIKHQFICAVHDG -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - EGHLTSVYAWLAFLSFSYTAQFHPEIFGIGNVSQVYVDIKHQFICAVHDG -150 HANV_ORF3_P - DNATLPRHDNISAVFQTYYQHQVDGGNWFHLEWLRPFFSSWLVLNVSWFL -200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF3_P - DNATLPRHDNISAVFQTYYQHQVDGGNWFHLEWLRPFFSSWLVLNVSWFL -200 HANV_ORF3_P - RRSPASHVSVRVFRTSKPTPPQHQASLSSRTSAALGMATRPLRQFAKVLS -250 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| 02HY_ORF3_P - RRSPASHVSVRVFRTSKPTPPQLQASLSSRTSAALGMATRPLRRFAKVLS -250 HANV_ORF3_P - AARR -254 |||| 02HY_ORF3_P - AARR -254 Identity : 251 (98.82%) Number of gaps inserted in HANV_ORF3_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF3_P: 27PL BẢNG PL3.6 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP4 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF4_P Total number of residues: 178 HY_ORF4_P Total number of residues: 178 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF4_P - MAASFLFLLVGFKCFVVSQAFACKPCFSSSLSDIKTNTTAASGFVVLQDI -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF4_P - MAASFLFLLVGFKCFVVSQAFACKPCFSSSLSDIKTNTTAASGFVVLQDI -50 HANV_ORF4_P - SCLRHGDSSSPTIRKSSQCRTAIGTPVYITITANVTDENYLHSSDLLMLS -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF4_P - SCLRHGDSSSPTIRKSSQCRTAIGTPVYITITANVTDENYLHSSDLLMLS -100 HANV_ORF4_P - SCLFYASEMSEKGFKVVFGNVSGVVAVCVNFTSYVQHVKEFTQRSLVVDH -150 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF4_P - SCLFYASEMSEKGFKVVFGNVSGIVAVCVNFTSYVQHVKEFTQRSLVVDH -150 HANV_ORF4_P - VRLLHFMTPETMRWATVLACLFAILLAI -178 ||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF4_P - VRLLHFMTPETMRWATVLACLLPSLLAI -178 Identity : 174 (97.75%) Number of gaps inserted in HANV_ORF4_P: Number of gaps inserted in HY_ORF4_P: 28PL BẢNG PL3.7 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN GP5 CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF5_P Total number of residues: 200 02HY_ORF5_P Total number of residues: 200 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF5_P 02HY_ORF5_P HANV_ORF5_P - MLGKCLTACCCSRLLFLWCIVPFYLAVLVNASDNNSSHIQLIYNLTLCEL -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - MLGKCLTACCCSRLLFLWCIVPFYLAVLVNASDNNSSHIQLIYNLTLCEL -50 HANV_ORF5_P - NGTDWLAQNFDWAVETFVIFPVLTHIVSYGALTTSHFLDTVGLATVSTAG -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - NGTDWLAQNFDWAVETFVIFPVLTHIVSYGALTTSHFLDTVGLATVSTAG -100 HANV_ORF5_P - YYHGRYVLSSIYAVCALAALICFVIRLAKNCMSWRYSCTRYTNFLLDTKG -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF5_P - YYHGRYVLSSIYAVCALAALICFVIRLAKNCMSWRYSCTRYTNFLLDTKG -150 HANV_ORF5_P - RLYRWRSPVIVEKRGKVEVEGHLIDLKRVVLDGSAATPLTRVSAELWGRL -200 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 02HY_ORF5_P - RLYRWRSPVIVEKRGKVEVEGHLIDLKRVVLDGSAATPLTRVSAEQWGRL -200 Identity : 199 (99.50%) Number of gaps inserted in HANV_ORF5_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF5_P: 29PL BẢNG PL3.8 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN NP CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF6_P Total number of residues: 174 02HY_ORF6_P Total number of residues: 174 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF6_P 02HY_ORF6_P HANV_ORF6_P - MGSSLDDFCNDSTAPQKVLLAFSITYTPVMIYALKVSRGRLLGLLHLLIF -50 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF6_P - MGSSLDDFCNDSTAPQKVLLAFSITYTPVMIYALKVSRGRLLGLLHLLIF -50 HANV_ORF6_P - LNCAFTFGYMTFVHFESTNRVALTMGAVVALLWGVYSAIETWKFITSRCR -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF6_P - LNCAFTFGYMTFVHFESTNRVALTMGAVVALLWGVYSAIETWKFITSRCR -100 HANV_ORF6_P - LCLLGRKYILAPAHHVESAAGFHPIAANDNHAFVVRRPGSTTVNGTLVPG -150 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF6_P - LCLLGRKYILAPAHHVESAAGFHPIAANDNHAFVVRRPGSTTVNGTLVPG -150 HANV_ORF6_P - LKSLVLGGRKAVKQGVVNLVKYAK -174 |||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF6_P - LKSLVLGGRKAVKQGVVNLVKYAK -174 Identity : 174 (100.00%) Number of gaps inserted in HANV_ORF6_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF6_P: 30PL BẢNG PL3.9 SO SÁNH TRÌNH TỰ AXIT AMIN PROTEIN MP CHỦNG VIRUS PRRS HANVET1.VN NHƯỢC ĐỘC VỚI 02HY CƯỜNG ĐỘC *************************************** * ALIGNMENT OF TWO PROTEIN SEQUENCES * *************************************** The two sequences to be aligned are: HANV_ORF7_P Total number of residues: 123 02HY_ORF7_P Total number of residues: 123 Comparison matrix Open gap cost Unit gap cost : Structure-genetic matrix : : The character to show that two aligned residues are identical is '|' HANV_ORF7_P 02HY_ORF7_P HANV_ORF7_P - MPNNNGKQQKKKKGNGQPVNQLCQMLGKIIAQQNQSRGKGPGKKNRKKNP -50 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - MPNNNGKQQKKKKGNGQPVNQLCQMLGKIIAQQNQSRGKGPGKKNRKKNS -50 HANV_ORF7_P - EKPHFPLATEDDVRHHFTPSERQLCLSSIQTAFNQGAGTCALSDSGRISY -100 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - EKPHFPLATEDDVRHHFTPSERQLCLSSIQTAFNQGAGTCALSDSGRISY -100 HANV_ORF7_P - TVEFSLPTQHTVRLIRATASPSA -123 ||||||||||||||||||||||| 02HY_ORF7_P - TVEFSLPTQHTVRLIRATASPSA -123 Identity : 122 (99.19%) Number of gaps inserted in HANV_ORF7_P: Number of gaps inserted in 02HY_ORF7_P: