Dưới góc độ của cơ quan quản lý thuế thì phương pháp khấu trừ thuế có những ưu điểm sau Thứ nhất, phương pháp này xác định rõ số thuế phải nộp ở từng khâu; từng chủ thể nộp thuế; giúp cơ quan nhà nước.
Dưới góc độ quan quản lý thuế phương pháp khấu trừ thuế có ưu điểm sau: Thứ nhất, phương pháp xác định rõ số thuế phải nộp khâu; chủ thể nộp thuế; giúp quan nhà nước dễ áp dụng quy định pháp luật thuế; biết trách nhiệm trình tiến hành thu thuế; xác định đối tượng phải nộp thuế Và nhờ việc xác định rõ số thuế phải nộp chủ thể nộp; giúp cho quan thuế thu đủ số tiền thuế mà doanh nghiệp phải nộp; chống thất thu thuế, đảm bảo cho ngân sách nhà nước không bị hao hụt Thứ hai, Phương pháp khấu trừ thuế làm đơn giản hóa q trình quản lý thu thuế; số thuế phát sinh khâu phản ánh rõ chứng từ hóa đơn Giúp quan Nhà nước giảm bớt thủ tục hành rườm rà, thời gian; đặc biệt quản lý thuế hiệu Vì tính thuế GTGT; quan thuế phải vào hóa đơn chứng từ xác định được; số thuế GTGT đầu số thuế GTGT đầu vào khấu trừ phản ánh rõ hóa đơn, chứng từ Có thể nói; tính thuế theo phương pháp khấu trừ làm bật tính trung lập kinh tế thuế giá trị gia tăng; không làm tăng giá thành sản xuất; không phụ thuộc vào độ dài ngắn chu trình sản xuất lưu thơng hàng hóa, dịch vụ Nhược điểm Vì điều kiện để áp dụng phương pháp tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ; sở kinh doanh phải thực đầy đủ chế độ kế tốn hóa đơn chứng từ; đó, để hợp thức hóa điều kiện nhiều sở kinh doanh sử dụng hóa đơn giả để đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; doanh nghiệp ma thành lập để kinh doanh hóa đơn, chứng từ giả Điều làm cho quan thuế gặp khó khăn việc quản lý; xác định hóa đơn thật hay giả, khơng tiến hành kiểm tra; xem xét cách kỹ lưỡng hậu sở kinh doanh trốn thuế thành công; đồng nghĩa với việc bị thất thu thuế khiến cho ngân sách nhà nước bị thâm hụt Vì vậy, vấn đề khiến cho quan thuế phải đau đầu để giải Ngoài ra, sở áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; khấu trừ thuế đầu vào, hoàn thuế, điều khiến cho quan thuế phải tiến hành hai giai đoạn; giai đoạn thu thuế sau khấu trừ thuế, hoàn thuế cho sở kinh doanh Như tính linh hoạt quy định chưa cao; tạo nhiều trình tự thủ tục; điều kiện phức tạp, khiến cho quan quản lý thuế tải việc Phương pháp tính trực tiếp GTGT Ưu điểm Với phương pháp tính trực tiếp GTGT; phương pháp giúp cho quan thuế tiến hành truy thuế cách nhanh gọn; “ăn đứt bán đoạn” phải tiến hành thu lần xong Cơ sở áp dụng phương pháp không khấu trừ thuế, hồn thuế; quan thuế không cần phải tiến hành thêm giai đoạn khấu trừ thuế đầu vào; hoàn thuế cho sở kinh doanh sở kinh doanh áp dụng phương pháp khấu trừ thuế Từ đó, việc truy thu thuế quan thuế tiến hành nhanh gọn