Nạp nước ngầm: Nước được thấm từ các ĐNN xuống các tầng ngập nước trong lòng đất, nước được giữ ở đó và điều tiết dần thành dòng chảy bề mặt ở vùng ĐNN khác cho con người sử dụng.
Hạn chế ảnh hưởng lũ lụt: Bằng cách giữ và điều hòa lượng nước mưa như: “bồn chứa” tự nhiên, giải phóng nước lũ từ từ, từ đó có thể làm giảm hoặc hạn chế lũ lụt ở vùng hạ lưu.
Ổn định khí hậu: Do chu trình trao đổi chất và nước trong các HST, nhờ lớp phủ thực vật của ĐNN, sự cân bằng O2 và CO2 trong khí quyển làm cho khí hậu địa phương được ổn định, đặc biệt là nhiệt độ và lượng mưa ổn định.
Chống sóng, bão, ổn định bờ biển và chống xói mòn: Nhờ lớp phủ thực vật, đặc biệt là RNM ven biển, thảm cỏ..có tác dụng làm giảm sức gió của bão và bào mòn đất của dòng chảy bề mặt.
Xử lý nước, giữ lại cặn, chất độc..: Vùng ĐNN được coi như “bể lọc” tự nhiên, có tác dụng giữ lại các chất lắng đọng và chất độc (chất thải sinh hoạt và công nghiệp).
15
Giữ lại chất dinh dưỡng: làm nguồn phân bón cho cây và thức ăn của các sinh vật sống trong HST đó.
Sản xuất sinh khối: Rất nhiều vùng ĐNN là nơi sản xuất và xuất khẩu sinh khối làm nguồn thức ăn cho các sinh vật thủy sinh, các loài động vật hoang dã cũng như vật nuôi.
Giao thông thủy: Hầu hết các sông, kênh rạch, các vùng hồ chứa nước lớn, vùng ngập lụt thường xuyên hay theo mùa..đặc biệt vùng đồng bằng sông Cửu Long, vận chuyển thủy đóng vai trog hết sức quan trọng trong đời sống cũng như phát triển của các cộng đồng dân cư địa phương.
Giải trí, du lịch: Các khu bảo tồn ĐNN như Tràm Chim (Đồng Tháp) và Xuân Thủy (Nam Định), nhiều vùng cảnh quan đẹp như Bích Động và Vân Long (Ninh Bình), cũng như nhiều đầm phá ven biển miền Trung…thu hút nhiều du khách đến tham quan, giải trí.