CHƯƠNG III. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN
3.3. Phân tích các cá thể BC bằng phương pháp MABC
3.3.1. Phân tích kiểu gen các cá thể thuộc thế hệ BC1F1
Trên cơ sở bản đồ vùng QTL Saltol, những chỉ thị tốt nhất trong vùng QTL Saltol là AP3206 và RM3412, chỉ thị hữu ích nhất là chỉ thị nằm rải rác 2 phía của Saltol là RM10694 và RM493, RM10793, trong khi các chỉ thị nằm gần đó có thể sử dụng cho phép chọn lọc âm tính là RM490 nằm phía trên Saltol và RM7075 ở phía dưới, các chỉ thị Microsatellite không liên kết với Saltol bao phủ cả NST này cho đa hình giữa 2 giống cho nhận gen cũng có thể được sử dụng cho sàng lọc các cá thể tái tổ hợp di truyền và cho chọn lọc nền gen thể nhận. Có 42 chỉ thị SSR đã được phân tích cho sàng lọc thế hệ BC1F1. Việc sàng lọc gen đích đã tiến hành nhờ phân tích các cá thể với 3 chỉ thị AP3206, RM3412 và RM10793. Sau đó, các chỉ thị nằm 2 phía gần vùng Saltol đã được phân tích trong sàng lọc xác định các cây tái tổ hợp. Tổng số 500 cá thể đã được phân tích. Đã xác định được 245 cây mang gen đích Saltol.
Sàng lọc các cá thể BC1F1 với chỉ thị AP3206 cho thấy có 26/46 cá thể trên gel là dị hợp tử với locut AP3206. Các cá thể mang băng dị hợp tử sẽ được ghi nhận lại để phân tích. (Hình 3.6)
1 2 25 AS FL
Hình 9. Sàng lọc cá thể BC1F1 (AS996/FL478) sử dụng chỉ thị AP3206.
Làn gel 1: 25bp ladder, 2-25 và 26-48: các cá thể BC1F1, 49:AS996, 50: FL478
1 2 25 50
Hình 10. Sàng lọc cá thể BC1F1 (AS996/FL478) sử dụng chỉ thị RM10793. Làn gel 25, 50: 25bp ladder, 1-24 và 26-47: các cá thể BC1F1, 48:AS996, 49: FL478
Hình 10 cho thấy kết quả sàng lọc với chỉ thị RM10793, hầu hết các cá thể BC1F1trên gel là dị hợp tử với locut RM10793. Các cá thể mang băng dị hợp tử sẽ được ghi nhận lại để phân tích.
Sau đó phân tích xác định cây tái tổ hợp sử dụng các chỉ thị RM10694, RM562, RM7075 nằm về 2 phía của gen đích trên nhiễm sắc thể số 1.
Sau khi xác định các cá thể tái tổ hợp có chứa gen đích, tiếp tục bước phân tích các cây đã chọn ra bằng các chỉ thị nằm rải rác trên 12 nhiễm sắc thể của lúa đã được sử dụng để phân tích xác định cây mang nhiều nền gen cây nhận.
Hình 11, 12 cho thấy kết quả sàng lọc các cá thể BC1F1 với chỉ thị RM310, RM5639 cho phép lựa chọn các cá thể trên gel mang băng của cây nhận gel AS996 để chọn lựa tối đa nền gen cây nhận gen. Số liệu ghi nhận được phân tích trên trong Excel. Hai cây mang nhiều nền gen cây nhận gồm cá thể P284 và P307 mang tỉ lệ nền gen cây nhận tương ứng là 89.06% và 86.36% (bảng 3.1). Trong trường hợp chỉ sử dụng các phương pháp chọn giống truyền thống, tỉ lệ nền gen của cây nhận gen trong thế hệ này chỉ đạt được 75%, thấp hơn trong nghiên cứu này từ 16-19%.
Hình 12. Sàng lọc cá thể BC1F1 (AS996/FL478) sử dụng chỉ thị RM5639. Làn gel 1, 26: 25bp ladder, 2-25 và 27-48: Các cá thể BC1F1, 49:AS996, 50:FL478 1 2 25 A FL
Hình 11. Sàng lọc cá thể BC1F1 (AS996/FL478) sử dụng chỉ thị RM310. Làn gel 1, 25, 51: 25bp ladder, 2-25 và 26-48: cá thể BC1F1, 49:AS996, 50: FL478 1 25 51
Bảng 8. Tỉ lệ nền gen cây nhận ở 12 cây tái tổ hợp ở thế hệ BC1F1 Cây
số 5 49 28 38 81 84 05 07 11 01 11 26
A 55.26 51.43 60.53 44.74 56.25 78.13 66.67 75.76 63.64 73.68 66.67 63.64 H 34.38 37.93 36.36 34.38 15.63 21.88 33.33 21.21 36.36 80.00 33.33 36.36 R 72.45 70.39 78.71 61.92 64.06 89.06 83.33 86.36 81.82 73.68 83.33 81.82
Số liệu kiểu gen của các cá thể có chứa tái tổ hợp tại vị trí gen Saltol được phân tích trên phần mềm GGT2.0. Kết quả thể hiện trên hình 3.10. Hình vẽ thể hiện bản đồ vị trí các chỉ thị SSR được sử dụng để sàng lọc NST số 1, 3, 4 và 10, các kí hiệu A: là kiểu gen cây mẹ, B: là kiểu gen cây bố; H: là dị hợp tử và K: là số liệu nghi ngờ. Nhỡn vào hỡnh vẽ cú thể thấy rừ cỏc locut phõn tớch với cỏc kiểu gen đặc trưng cho giống cho hoặc nhận gen kháng.
0
cM
RM171 2.6 RM 25022 3.6 R10M10 4.9
R10M17 8.6 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Legend.ABHK
Group 10 [chrom10]
0
cM
RM518 2.0
R4M13 7.9
R4M17 11.5
R4M30 17.9 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Legend.ABHK
Group 4 [chrom4]
0
25
cM
RM5639 8.1 SO3065 12.8 SO3068 14.8 SO3072 15.4
RM5626 24.7 RM6329 28.7
RM3867 31.5 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Legend.ABHK
Group 3 [chrom3]
0
cM
G11A 0.0
RM10694 1.0
AP3206e 2.0
RM10711A 3.0
RM3412A 4.0
RM493 5.0
RM10793 6.0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 Legend.ABHK
Group 1 [chrom1]
Hình 13: Bản đồ của một số cây BC1F1 (AS996/FL478/AS996) trên NST1, 3, 4 và 10.