Trên thực tế, khơng có hệ thống kiểm sốt nội bộ nào đảm bảo khơng có gian lận hay sai sót xảy ra bởi một hệ thống kiểm sốt nội bộ đưa ra sự đảm bảo hợp lý chứ không tuyệt đối về việc bảo vệ tài sản, duy trì mức độ tin cậy của thơng tin và tuân thủ luật lệ, quy định. Xét về bản chất, nó có những hạn chế sau:
- Thứ nhất, nó được xây dựng và áp dụng nhằm ngăn ngừa, phát hiện và sửa chữa kịp thời các sai phạm trọng yếu nhằm hướng tới mục tiêu phải xây dựng một hệ thống sao cho chi phí nhỏ hơn lợi ích, tuy nhiên có những biện pháp khơng thể thực hiện được do chi phí bỏ ra quá lớn so với lợi ích mang lại.
- Thứ hai, đây là quy trình được xây dựng sẵn nên nó chỉ có hiệu quả đối với các nghiệp vụ thông thường chứ không phải các nghiệp vụ bất thường do trong thực tế có nhiều dạng sai phạm mà hệ thống khơng dự kiến được, có những thủ tục kiểm sốt khơng cịn phù hợp khi điều kiện kinh tế, môi trường thay đổi.
- Thứ ba, vì hệ thống được xây dựng và vận hành bởi con người (ban lãnh đạo, nhân viên của tổ chức) nên có những sai sót từ yếu tố con người, hoặc có sự thơng đồng giữa các nhân viên đặc biệt là quản lý cấp cao, sự lạm dụng quyền hạn của người quản lý, sự lạc hậu của các thủ tục kiểm soát khi các thủ tục không kịp thay đổi cho phù hợp với điều kiện thực tế, hạn chế từ trình độ chun mơn, nhận thức có thể gây ra sai sót và gian lận.