Với sự khảo sát, phân tích ở góc độ mối quan hệ giữa kết cấu và hệ thống và hệ thống hình tượng, giữa kết cấu và cốt truyện "Thuỷ Hử truyện", khoá luận đã cho thấy những đặc điểm độc đáo và đặc sắc trong kết cấu tác phẩm bất hủ ấy. Tài năng nghệ thuật tổ chức, xây dựng kết cấu "Thuỷ Hử truyện" của Thi Nại Am đã được khẳng định từ việc sắp xếp hệ thống nhân vật đồ sộ tới việc tổ chức đoạn, chương hồi, từ việc chắp nối, sáng tạo những câu chuyện có sẵn trong dân gian thành một cốt truyện duy nhất tới việc tổ chức không gian và thời gian nghệ thuật....
Về nghệ thuật tổ chức hệ thống hình tượng, bằng kì tài của mình, Thi Nại Am đã tạo dựng một số lượng nhân vật đồ sộ thuộc nhiều tầng lớp, giai cấp khác nhau trong xã hội nhưng đều nhất quán, logic theo tư tưởng tác giả. Mặc dù,tuyến nhân vật chính diện là bình diện tác phẩm, tuyến nhân vật phản diện đóng vai trị thứ yếu nhưng hai tuyến này luôn luôn bổ xung, hỗ trợ, nâng đỡ nhau để làm nổi bật chân lí nghệ thuật "quan bức dân phản, bức thướng Lương Sơn". Đặc biệt, hình tượng dẫn chuyện đã có những màu sắc mới mẻ so với văn chương truyền thống bởi hệ thống ngôn ngữ và điểm nhìn trần thuật.
Cốt truyện "Thuỷ Hử truyện" rất độc đáo bởi đó là sự sắp xếp, móc nối các câu chuyện riêng lẻ thành một cốt truyện li kì, hấp dẫn, hồn chỉnh, thống nhất, có giá trị thẩm mỹ và nhận thức sâu sắc. Nghệ thuật tổ chức đoạn, chương hồi, một đặc trưng nghệ thuật truyền thống phương Đông, đã được tác giả khai thác triệt để ở nhiều khía cạnh khác nhau. Mặt khác, một điểm khác biệt của Thuỷ Hử so với các tác phẩm trước kia đã xuất hiện thời gian và khơng gian sinh hoạt góp phần phản ánh một cách trung thực cuộc sống bình thường hàng ngày của nhân dân lao động. Đó là bước ngoặt, là chiếc cầu nối giữa tiểu thuyết anh hùng và tiểu thuyết sinh hoạt sau này.
Vượt qua mọi không gian và thời gian, "Thuỷ Hử truyện" ngày được lưu truyền rộng rãi trong nhân dân, nó khơng chỉ được nhân lao động u thích mà cịn cả các trí trức say mê nghiên cứu bởi giá trị hiện thực và nhận thức vơ cùng
sâu sắc. "Thuỷ Hử truyện" khơng chỉ có ảnh hưởng mạnh mẽ và trở thành nỗi khiếp sợ kinh hoàng của bè lũ thống trị phong kiến, khiến chúng ra sức xuyên tạc, căm ghét nó đến tận xương tuỷ, mà cịn có ảnh hưởng tích cực đối với cuộc sống hiện thực, với tất cả hoạt động muôn màu, muôn vẻ, chống lại giai cấp thống trị của quần chúng nhân dân mn đời về sau. Đó là minh chứng hùng hồn cho người hảo hán "đầu đội trời, chân đạp đất"một thời.Mặt khác, hồn tính dân tộc đã được khẳng định một cách mạnh mẽ, từ việc phản ánh chủ đề, tư tưởng tới việc xây dựng cốt truyện đều thấm đẫm màu sắc li kì và thần hố.
Tuy vậy, "Thuỷ Hử truyện" nói riêng và tiểu thuyết cổ điển Trung Quốc nói chung vẫn có những hạn chế nhất định. Đây là hình thức kết cấu tiểu thuyết chương hồi bắt nguồn từ những chuyện kể dân gian, do tính chất chuyện kể mà người kể chuyện khơng có thời gian dừng lại để phân tích tâm lí dài dịng mà chủ yếu lấy hành động, ngơn ngữ, cử chỉ, lời nói để khắc hoạ tính cách nhân vật. Tính cách nhân vật nhiều khi trở nên đơn độc, nhất quán, không sinh động, cốt truyện cũng như tình tiết, sự kiện xuôi theo thời gian tuyến tính, một chiều....Bên cạnh đó, như nhiều nhà nghiên cứu, phê bình đã nói, Thi Nại Am đã quá tự nhiên chủ nghĩa trong việc miêu tả những hành động giết người dã man của Lí Quỳ, Võ Tịng và nhiều nhân vật khác trong tác phẩm. Đó cũng là một hạn chế trong thế giới quan nhà văn.
Tuy có những hạn chế nhất định như vậy, nhưng từ xưa tới nay, "Thuỷ Hử truyện" vẫn giữ vị trí xứng đáng là một trong bốn bộ sách "tuyệt lạ" của kho tàng văn học Trung Quốc và có ảnh hưởng khơng nhỏ tới nền văn học dân tộc cũng như các nước lân cận trong đó có Việt Nam.