Sau khi Kế hoạch kiểm sốt đƣợc phê duyệt, Trƣởng phịng (đối với cuộc kiểm sốt gián tiếp), Trƣởng đồn (đối với cuộc kiểm soát trực tiếp) phổ biến kế hoạch và triển khai thực hiện.
2.4.3.1. Trình tự tiến hành kiểm sốt
Trƣởng phịng (Trƣởng đoàn hoặc Tổ trƣởng tổ kiểm soát) xác định những vấn đề trọng tâm, nhƣ: số liệu xử lý tài chính lớn, quan trọng; đánh giá, nhận xét quan trọng; kiến nghị kiểm tốn quan trọng; số liệu khơng khớp nhau giữa các phần, mục, phụ lục...; từ đó yêu cầu các kiểm soát viên tập trung vào các vấn đề trọng tâm, cần kiểm tra, làm rõ. Đặc biệt, cần chú ý phát hiện nhanh những vấn đề chƣa rõ, chƣa cụ thể, chƣa phù hợp, hợp lý, hợp pháp.
Trên cơ sở đó, các kiểm sốt viên thực hiện kiểm soát theo nhiệm vụ đƣợc giao. Trong q trình kiểm sốt cần thƣờng xun trao đổi trong tổ kiểm soát và Trƣởng phịng (Trƣởng đồn, Tổ trƣởng) về các phát hiện để tăng cƣờng tính phản biện và thống nhất, đảm bảo tính đúng đắn về kết quả và loại kết quả.
2.4.3.2. Phương pháp kiểm soát
Các kiểm soát viên sử dụng phƣơng pháp kiểm soát từ tổng hợp đến chi tiết và đối chiếu, theo từng tổ, từng đơn vị đƣợc kiểm toán. Các hồ sơ, tài liệu của Đồn kiểm tốn cần phải đƣợc kiểm tra, rà soát trong mối liên hệ chặt chẽ với nhau.
Cần đặc biệt chú trọng kiểm sốt về nghiệp vụ, kiểm tra tính hợp pháp (so với chế độ, quy định), hợp lý, đúng đắn, chính xác của kết quả kiểm tốn, bút toán điều chỉnh hạch tốn, kiến nghị kiểm tốn...; đối chiếu, phân tích báo cáo tài chính, quyết tốn và tài liệu liên quan của đơn vị đƣợc kiểm toán, đối chiếu thuế để phát hiện những vấn đề trọng yếu kiểm toán bị bỏ qua, rủi ro kiểm tốn có thể xảy ra.
Các phát hiện kiểm soát đƣợc tổng hợp kèm theo các đề xuất, kiến nghị, Trƣởng phịng (Trƣởng đồn, Tổ trƣởng) kiểm tra, sốt xét lại kết quả kiểm soát của các kiểm soát viên để lập báo cáo kiểm soát.