Đặc điểm tổ chức bộ máy là các hoạt động của đơn vị tác động đến cơ chế quản lý tài chính và chịu tác động ngược lại của cơ chế quản lý tài chính. Hoạt động thu, chi tài chính, phân bổ và sử dụng nguồn lực trong từng thời kỳ phụ thuộc vào hoạt động chuyên môn của đơn vị. Các yếu tố này sẽ phát triển hoặc hạn chế phụ thuộc vào định hướng hoạt động của bộ máyđơn vị. Ngược lại tài chính phải đảm bảo cho bộ máy vận hànhvà các hoạt động khác hiệu quả.
Đặc điểm hoạt động của đơn vị quyết định xu hướng tự chủ: Phát triển thu sự nghiệp hay thực hiện nhiệm vụ chính trị được nhà nước giao do đó nhà nước phải cấp ngân sách.
Theo quy định hiện nay, cơ chế tự chủ đã cho phép đơn vị sự nghiệp công lập được thành lập hay sáp nhập, giải thể các tổ chức sự nghiệp trực thuộc để thực hiện hoạt động dịch vụ phù hợp với chức năng, nhiệm vụ và quy chế hoạt động cụ thể cho các tổ chức trực thuộc này. Những công việc cần bố trí lao động thường xuyên, tuỳ theo mức độ tự chủ về kinh phí hoạt động, đơn vị sự nghiệp công lập được quyền quyết định biên chế lao động của đơn vị ở các mức độ khác nhau. Những đơn vị sự nghiệp công lập đã tự bảo đảm tồn bộ kinh phí hoạt động sẽ được quyền quyết định hồn tồn về biên
chế, hình thức tuyển dụng lao động cho đơn vị mình. Những đơn vị sự nghiệp cơng lập tự bảo đảm một phần kinh phí hoạt động hay do NSNN bảo đảm tồn bộ kinh phí hoạt động, số biên chế lao động tại đơn vị do cơ quan chủ quản trực tiếp quyết định trêncơ sở định mức biên chế hàng năm được giao và kế hoạch biên chế hàng năm do đơn vị xây dựng. Những công việc không cần bố trí lao động thường xun, đơn vị sự nghiệp cơng lập được quyền quyết định ký hợp đồng thuê, khoán; ký hợp đồng hợp tác khác với chuyên gia, nhà khoa học trong và ngoài nước để đáp ứng yêu cầu chuyên môn của đơn vị.
Cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp cơng, năm 2012 Chính phủ đã có kế hoạch thực hiện việc đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, đẩy mạnh xã hội hố một số loại hình dịch vụ sự nghiệp cơng. Theo đó cùng với việc đánh giá kết quả tổ chức, hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, lựa chọn thí điểm một số đơn vị sự nghiệp thuộc các lĩnh vực GD&ĐT, y tế, khoa học công nghệ… thực hiện đổi mới cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính theo hướng đặt hàng cung ứng dịch vụ. Việc kiện toàn tổ chức, bộ máy, biên chế nhằm phát huy trí tuệ, tinh thần trách nhiệm cao nhất, tính tự chủ của mỗi đơn vị, nâng cao hiệu lực, hiệu quả công việc trong quản lý Nhà nước, phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn. Với mục tiêu thúc đẩy việc sắp xếp, tổ chức bộ máy tinh gọn nhằm nâng cao chất lượng, hiệu quả công việc của đơn vị sự nghiệp cơng lập chống lãng phí khi sử dụng kinh phí nhà nước cấp.... Chính vì vậy, cơ chế tự chủ đã tạo hành lang pháp lý cho các đơn vị sự nghiệp cơng lập có quyền chủ động hơn về biên chế, quản lý, sử dụng lao động khi hoàn thiện tổ chức bộ máy. Cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tổ chức bộ máy tạo điều kiện cho đơn vị sự nghiệp công lập được làm việc thực sự, được quyền quyết định về nhân sự nói chung. Để nâng cao hiệu quả hoạt động dịch vụ, các đơn vị được chủ động xây dựng phương án sắp xếp tổ chức bộ máy theo hướng tinh gọn, giảm những phòng, ban có chức năng trùng lặp, chồng chéo; xây dựng cơ cấu, chức danh viên chức nhằm
nâng cao trình độ chun mơn cho đội ngũ lao động; chủ động ký kết các hợp đồng lao động phù hợp với khối lượng công việc và khả năng nguồn tài chính, giảm dần áp lực về biên chế, tháo gỡ cho các đơn vị có nhu cầu lao động lớn nhưng được giao biên chế thấp. Từ đó tạo điều kiện cho các đơn vị sự nghiệp cơng lập, áp dụng cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về bộ máy sẽ có thể đưa lại hiệu năng quản lý, đáp ứng yêu cầu phát triển và nâng cao hiệu quả hoạt động của đơn vị.