Bên cạnh những thành công trong thu hút và sử dụng nguồn vốn vay ODA-JICA, còn tồn tại nhiều vấn đề cần giải quyết để sử dụng nguồn vốn này có hiệu quả hơn trong tương lai.
• Nâng cao hiệu quả sử dụng ODA-JICA là một trong những vấn đề quan trọng mà Việt Nam phải giải quyết. Một trong những nguyên nhân chính của việc sử dụng ODA-JICA chưa có hiệu quả là nhận thức và hiểu về bản chất của ODA-JICA chưa được chính xác và đầy đủ trong q trình huy động và sử dụng. Điều này dẫn đến tình trạng kém hiệu quả trong việc thực hiện một số chương trình và dự án ODA-JICA. Thực tế, hầu hết các khoản ODA-JICA là dưới dạng các khoản vay ưu đãi với lãi suất thấp, thời gian trả nợ và ân hạn dài. Sử dụng ODA-JICA khơng hiệu quả, gánh nặng trả nợ sẽ tăng lên.
• Tỷ lệ giải ngân ODA-JICA ở Việt nam vẫn còn thấp. Từ năm 1993 đến 2009, vốn ODA-JICA đã giải ngân là 26,2 tỷ USD, chỉ chiếm 46,5% tổng số ODA-JICA cam kết (56,4 tỷ USD).
• Cơ cấu tổ chức và năng lực cán bộ trong công tác quản lý và thực hiện ODA còn yếu và chưa đáp ứng được những yêu cầu của việc nâng cao hiệu quả ODA-JICA . Sự thất thoát và tham nhũng ở dự án PMU18, dự án lớn trong lĩnh vực dầu khí, vụ hối lộ PCI vừa qua là ví dụ về hạn chế trong quản lý và theo dõi ODA-JICA. Thách thức đảm bảo sự minh bạch và trách nhiệm trong quản lý ODA từ phía Việt Nam đang là một vấn đề hết sức cấp thiết.
• Phân cấp trong quản lý và sử dụng ODA-JICA chưa đáp ứng được những yêu cầu đổi mới của quản lý nguồn lực cơng, chưa có sự thống nhất giữa trung ương và địa phương, giữa chính quyền địa phương và các nhà tài trợ. Những hạn chế về năng lực của đội ngũ cán bộ ở địa phương trong chuyên môn nghiệp vụ và ngoại ngữ cũng là nhân tố làm hạn chế việc phân cấp và sử dụng hiệu quả nguồn vốn này. Điều này dẫn tới sự chậm trễ trong quá trình thiết kế và thực hiện dự án, gây ra việc sử dụng ODA lãng phí và kém hiệu quả.
• Thứ năm, Việc sử dụng ODA hiện khơng hồn tồn đồng bộ với chiến
lược phát triển vùng với trọng tâm là phát triển cơ sở hạ tầng. Do phát triển cơ sở hạ tầng là một trong những ưu tiên hàng đầu trong kế hoạch phát triển của Việt Nam nên phần ODA lớn nhất đã được phân bổ vào lĩnh vực này. Tuy nhiên, nhiều dự án ODA được phê duyệt nhưng vẫn chỉ nằm trong kế hoạch hoặc chưa được hoàn thành do nhiều lý do khác nhau. Trong điều kiện sự tham gia của khu vực tư nhân vào cơ sở hạ tầng còn hạn chế, ODA không nên chỉ tập trung nhiều vào cơ sở hạ tầng mà cần phải căn cứ vào chiến lược phát triển kinh tế dài hạn.
Công tác giải ngân nguồn vốn vay ODA-JICA đến nay vẫn còn tồn tại nhiều bất cập như sau:
• Tốc độ giải ngân ODA-JICA mặc dù có tăng trong năm qua nhưng so với mức cam kết tài trợ thì vẫn cịn kém xa. Trong thời kỳ 1996-2009 toàn bộ giá trị ODA được giải ngân chỉ đạt 544.428 triệu Yên trong khi tổng giá trị cam kết ODA-JICA tích lũy là 1.253.720 triệu Yên. Như vậy tỷ lệ giải ngân chỉ đạt 43,5%. Điều này làm giảm lòng tin của JICA đối với khả năng tiếp nhận ODA của Việt Nam.
• Tốc độ giải ngân thấp hơn nhiều so với kế hoạch. Những con số dự kiến giải ngân của BQLDA thường cao hơn so với con số giải ngân thực tế
dẫn đến việc phải điều chỉnh lại kế hoạch rút vốn đã được lập ban đầu. Điều này ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cơng trình dự án tạo tâm lý khơng tốt cho cả Nhà tài trợ lẫn chủ dự án. Đồng thời làm giảm tốc độ tăng trưởng kinh tế và ảnh hưởng đến việc thực hiện các nhiệm vụ kinh tế - xã hội.
• Tỷ lệ giải ngân ODA-JICA ở nước ta không đồng đều giữa các năm. Trong giai đoạn 2003-2006 tỷ lệ giải ngân ở Việt Nam lại tăng lên (khoảng 11,5%-14%), xấp xỉ tỷ lệ giải ngân trung bình trên thế giới (khoảng 14%-15%) tuy nhiên sang giai đoạn 2006-2009 tỷ lệ giải ngân bình quân của Việt Nam chỉ đạt 13,6%/năm thấp hơn nhiều so với tỷ lệ giải ngân trung bình trên thế giới (khoảng 16,8%/năm).