Hiện nay một số chính sách cho phát triển kinh tế vùng đầm phá Thừa Thiên - Huế đã có tác dụng tích cực. Tuy nhiên bên cạnh đó vấn đề cơ chế chính sách vẫn đang là vấn đề bức xúc được đặt ra. Một số cơ chế, chính sách khuyến khích cho ni trồng thủy sản cịn thiếu, hoặc chưa được cụ thể hóa kịp thời làm hạn chế đến việc khuyến khích ngư dân n tâm sản xuất. Ni trồng thủy sản còn chịu nhiều rủi ro do thiên tai bão lụt, hạn hán, do dịch bệnh và do giá cả thị trường không ổn định, khoa học công nghệ mới đưa vào sản xuất cịn hạn chế... chưa có chính sách bảo trợ cho những rủi ro một cách đúng mức.
Trong quản lý khai thác bảo vệ nguồn lợi thủy sản là vấn đề bức xúc nhất hiện nay. Người dân đã quen với việc giao tất cả trách nhiệm quản lý cho chính quyền. Qua tham khảo báo cáo "Mối quan hệ giữa luật và lệ trong quản lý hệ sinh thái, nhân văn vùng đầm phá Tam Giang tỉnh Thừa Thiên - Huế" cho thấy: từ khi khai phá vùng sông nước Tam Giang đã song song tồn tại hai hình thức quản lý là: quản lý bằng luật tục và quản lý bằng pháp luật tức là quản lý bằng "luật" và "lệ" (phép nước, lệ làng). Cơ chế chính sách chưa phát huy được vai trò của nhân dân trong bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản. Chưa có cơ chế tạo nên sự tham gia rộng rãi của các tổ chức và cộng đồng dân cư vào việc quản lý và khai thác trên đầm phá Tam Giang.
Chính sách định canh định cư cho ngư dân vùng đầm phá cũng đang là vấn đề bức xúc hiện nay. Tổng số hộ thủy cư (dân thủy diện) trên đầm phá cịn lớn, tồn vùng có 1405 hộ với 2840 lao động và 7754 nhân khẩu sống lênh đênh trên mặt nước. Đời sống vật chất tinh thần của họ cịn nghèo nàn lạc hậu, trình độ văn hóa thấp, trẻ con thất học nhiều, tỷ lệ tăng dân số cao, tệ nạn mê tín dị đoan cịn phổ biến... ảnh hưởng đến môi sinh môi trường, cảnh quan đầm phá. Số liệu điều tra của đề án "Định canh định cư ngư dân đầm phá Thừa Thiên - Huế" cho thấy 100% hộ gia đình thủy cư được phỏng vấn đều mong muốn được định cư trên đất liền và vẫn tiếp tục làm nghề khai thác, hoặc vừa khai thác vừa nuôi trồng thủy sản. Xuất phát từ thực tế là ngư dân thủy diện khơng có đất, khơng có tiền làm nhà ở và khơng có ngành nghề sản xuất bảo đảm cuộc sống trên bờ. Trước đây một số đã được định canh lên bờ, đi vùng kinh tế mới ở huyện Nam Đông, A Lưới nhưng họ lại quay trở về lênh đênh cùng mặt nước. Chính vì vậy thực hiện định canh định cư rất khó, địi hỏi cơ chế chính sách giải quyết vấn đề này đang là vấn dề bức xúc được đặt ra.
Chính sách thuế cơ bản thực hiện theo thuế nơng nghiệp, một số loại phí, lệ phí áp dụng cho sản xuất thủy sản chưa thống nhất gây khó khăn cho ngư dân đánh bắt, ni trồng thủy sản. Lệ phí xăng dầu dùng cho giao thơng áp dụng vào máy móc phục vụ cho ni trồng, khai thác thủy sản là khơng hợp lý.
Chính sách phát triển nguồn nhân lực đầu tư nâng cao dân trí, phổ cập tiểu học, trung học cơ sở cịn rất khó khăn. Chưa đào tạo được đội ngũ cán bộ quản lý, khoa học kỹ thuật, chưa có chính sách cụ thể hỗ trợ cán bộ các ngành về công tác tại vùng đầm phá.