Đến cuối thế kỷ XVII, Mạc Cửu từ Trung Quốc đến Hà Tiên chiêu mộ dân phiêu lưu ở Phú Quốc và các nơi thành lập xã thôn. Vùng đất Phú Quốc từ đây bắt đầu có người cai quản.
Năm 1708 Mạc Cửu xáp nhập Hà Tiên vào Đảng trong Phú Quốc trở thành đơn vị hành chính thuộc lãnh thổ Việt Nam được cai quản trực tiếp bởi vị Tống trấn họ Mạc. Với chính sách phóng khống nhằm kích thích cư dân từ nơi khác đến, người dân tự do khai khẩn mà không phải nộp thuế… tiếng tăm Phú Quốc ngày một vang xa, lưu dân đến ở ngày càng đơng. Từ đó, việc khai thác Phú Quốc diễn ra khá khẩn trương. Lưu dân gồm nhiều thành phần khác nhau đã đến sống và hòa thân với nhau: có người đến do phiêu bạc giang hồ, có người đến để tránh bão tố và sự truy nã của triều định phong kiến lân cận. Trong số này đáng kể nhất là những người Việt đến định cư, khai thác hải sản sinh sống lâu dài.
Cuối thế kỷ XVIII, nhờ vị trí hẻo lảnh, lại có dân sinh sống với cơ sở kinh tế sinh túc, nên Nguyễn Anh đã nhiều lần đặt chân đến nơi này trên đường bôn tẩu trốn tránh Tây Sơn (1782 – 1786).
Năm 1783, Phú Quốc trở thành bãi chiến trường khi lực lượng Tây sơn kéo ra truy diệt Nguyễn Anh nhưng ơng đã thốt được nhờ Lê Phước Điền hy sinh giả dạng để lừa Tây Sơn.
Trong những lần lui tới đảo, Nguyễn Anh đã quan tâm bảo vệ củng cố, phát triển Phú
Quốc cho đông người và sung túc. Năm 1785 Nguyễn Anh cầm đầu hạm đội của mình
cùng nhân dân trên đảo đánh tan đoàn
thuyền cướp biển Mã Lai, bắt giữ 15 ghe và 80 tên hải khấu. Để tránh nạn cướp bóc tái diễn, Nguyễn Anh ra đi để lại một số chiếc thuyền và đội quân hùng mạnh với nhiệm vụ canh giữ và mở mang đảo.
Khi lực lượng Tây Sơn khơng cịn đủ mạnh trên vùng đất Nam Bộ, Nguyễn Anh đã phần nào nhờ vào mãnh đất sung thịnh này để tiến hành cuộc phản công chiếm thành Gia Định xây dựng Nguyễn Triều.