Thứ nhất là thanh tra môi trường: Hoạt động thanh tra, kiểm tra doanh
nghiệp còn chồng chéo giữa cơ quan quản lý môi trường các cấp và lực lượng cảnh sát mơi trường, dẫn đến phiền hà cho doanh nghiệp, có doanh nghiệp hàng năm tiếp nhiều đồn đến thanh, kiểm tra cơng tác bảo vệ môi trường, trong khi hoạt động thanh tra, kiểm tra còn thiếu chủ động linh hoạt. Mặt khác, Luật thanh tra 2010 chưa tháo gỡ được những ràng buộc mang tính thủ tục hành chính như: quyết định thanh tra, thơng báo trước... vơ tình đã làm hạn chế phát hiện hành vi vi phạm, đặc biệt là vi phạm về xả thải ra mơi trường, vì khi nhận được quyết định thanh tra, kiểm tra các cơ sở có thời gian để chuẩn bị đối phó.
Trong khi đó, Nghị định số 155/2016/NĐ-CP bổ sung quy định về trách nhiệm và cơ chế phối hợp trong hoạt động kiểm tra, thanh tra và xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường như: việc kiểm tra, thanh tra và xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường phải bảo đảm nguyên tắc không chồng chéo; khơng làm ảnh hưởng đến hoạt động bình thường của cá nhân, tổ chức vi phạm. Một năm chỉ có một đồn kiểm tra hoặc thanh tra trong lĩnh vực bảo vệ môi trường tại một cơ sở, doanh nghiệp, trừ trường hợp kiểm tra, thanh tra đột xuất theo quy định của pháp luật.
Thứ hai, quy định về thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường: theo quy định từ Điều 48 đến Điều 50 Nghị định số 155/2016/NĐ-CP, người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ mơi trường gồm có Chủ tịch Ủy ban nhân dân các cấp, Công an nhân dân, thanh tra chuyên ngành. Thẩm quyền xử phạt của các lực lượng khác được quy định tại Điều 51. Đối với hình thức xử phạt chính, hình phạt cảnh cáo thuộc thẩm quyền của tất cả những người, cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ mơi trường. Sự khác nhau về thẩm quyền của người,
trường được thể hiện ở mức phạt tiền của hình phạt chính (khác biệt này sẽ ảnh hưởng đến thẩm quyền xử phạt đối với các hành vi cụ thể của người hoặc cơ quan xử phạt), áp dụng hình thức phạt bổ sung và áp dụng các biện pháp khắc phục hậu quả nào.
Thứ ba, trách nhiệm bồi thường thiệt hại do ơ nhiễm, suy thối mơi trường:
Thời hiệu khởi kiện yêu cầu bồi thường thiệt hại trong lĩnh vực bảo vệ môi trường cũng là vấn đề còn nhiều tranh cãi và thiếu thống nhất. Luật bảo vệ môi trường năm 2014 không quy định về thời hiệu khởi kiện bồi thường thiệt hại về mơi trường. Vì vậy, thời hiệu này được xác định theo quy định chung của pháp luật dân sự, tố tụng dân sự. Theo Bộ luật dân sự năm 2005 thì thời hạn này là 2 năm kể từ ngày quyền và lợi ích hợp pháp của cá nhân, pháp nhân, chủ thể khác bị xâm phạm, nhưng từ ngày 01/01/2017, thời hiệu này là 3 năm theo Bộ luật dân sự năm 2015.
Trong lĩnh vực mơi trường, ngày quyền và lợi ích hợp pháp bị xâm phạm khơng hồn tồn trùng khít với ngày phát sinh thiệt hại trên thực tế. Thiệt hại đối với người bị nhiễm chất phóng xạ, nhiễm hóa chất độc hại là những ví dụ điển hình, có thể kéo dài nhiều năm. Nên chăng, pháp luật môi trường cần hướng tới việc quy định thời hiệu khởi kiện gắn với ngày mà thiệt hại thực tế xảy ra và cần quy định thời hiệu khởi kiện phù hợp hơn trong lĩnh vực này.
Thiệt hại phải được bồi thường toàn bộ và kịp thời đã trở thành nguyên tắc luật định, song trong lĩnh vực môi trường, do giá trị của các thiệt hại về môi trường thường rất lớn và khó xác định nên trong đại đa số các trường hợp, việc áp dụng trách nhiệm bồi thường toàn bộ và kịp thời các thiệt hại là điều khó có thể thực hiện được. Pháp luật cần có các quy định mang tính linh hoạt hơn trong lĩnh vực này. Chẳng hạn như người gây thiệt hại đối với mơi trường có thể bồi thường một lần hoặc nhiều lần trong khoảng thời gian tối đa một số năm nhất định nào đó kể từ ngày áp dụng trách nhiệm bồi thường thiệt hại.
Pháp luật còn thiếu quy định về việc hỗ trợ giải quyết bồi thường thiệt hại như: thiếu quy định về hỗ trợ chuyên môn cho giải quyết bồi thường thiệt hại về
mơi trường. Hiện chưa có quy định nào về sự trợ giúp của các cơ quan chuyên môn, các tổ chức xã hội dân sự, đặc biệt là các hội nghề nghiệp trong việc trợ giúp các bên tranh chấp. Trong lĩnh vực môi trường, do việc xác định thiệt hại cũng như mối quan hệ nhân quả giữa hành vi vi phạm và hậu quả quá khó khăn, liên quan nhiều đến yếu tố kỹ thuật mơi trường, vì vậy, sự trợ giúp chun mơn là hết sức cần thiết cho cả người bị thiệt hại lẫn người gây thiệt hại và các cơ quan có thẩm quyền giải quyết bồi thường thiệt hại.
Thiếu quy định về việc hình thành và phát triển nguồn kinh phí hỗ trợ khắc phục thiệt hại trong trường hợp không xác định được nguyên nhân gây thiệt hại hay thiệt hại gây ra do tự nhiên. Trong lĩnh vực mơi trường, có khơng ít các trường hợp gây thiệt hại cho môi trường nhưng không xác định được nguyên nhân gây thiệt hại. Tuy nhiên, nếu khơng khắc phục kịp thời thì hậu quả thiệt hại có thể tăng lên nhiều lần do hiệu ứng tác động lan truyền giữa các thành phần môi trường. Trong trường hợp này, sự chủ động về tài chính là hết sức cần thiết. Do đó, việc thiếu các quy định về hình thành và phát triển nguồn kinh phí hỗ trợ khắc phục thiệt hại là một lỗ hổng cần sớm được khắc phục để có thể ứng cứu kịp thời, giảm bớt hậu quả thiệt hại trong trường hợp không xác định được nguyên nhân gây thiệt hại hay thiệt hại gây ra do tự nhiên.