Thứ nhất, những rào cản thương mại, kỹ thuật khi thõm nhập thị
trường Nhật Bản. Những hàng rào kỹ thuật và thương mại ngày càng chặt
chẽ, với cỏc quy định về dư lượng khỏng sinh, về truy xuất nguồn gốc sản phẩm thuỷ sản, về kiểm dịch cũng là thỏch thức lớn đối với doanh nghiệp thuỷ sản Việt Nam. Nhật Bản là một trong những quốc gia cú luật về an toàn vệ sinh thuỷ sản rất sớm. Phương chõm của luật thực phẩm mới của Nhật Bản là an toàn từ nơi sản xuất đến bàn ăn. Điều này cú nghĩa an toàn vệ sinh phải được bảo đảm từ khi bắt đầu của qui trỡnh tạo ra sản phẩm đến bàn ăn của người tiờu dựng. Để thực hiện phương chõm này Nhật Bản đưa ra qui định về truy xuất xuất xứ, tức là mọi đầu vào tạo nờn thành phẩm phải cú xuất xứ rừ ràng và phải được thể hiện trờn những chứng từ thuộc qui trỡnh. Truy xuất xuất xứ nguồn gốc được yờu cầu đối với cỏc doanh nghiệp cú mặt hàng thuỷ sản xuất khẩu vào Nhật Bản từ đầu năm nay.
Thứ hai, năng lực canh trạnh hàng thuỷ sản của Việt Nam cũn yếu.
Ngoài những yếu kộm chung về truyền thống như chủng loại hàng hoỏ TSXK nghốo nàn, chất lượng và mẫu mó chưa phự hợp, giỏ cả khụng cạnh tranh, năng lực tiếp thị xuất khẩu yếu thỡ điểm nổi bật của cỏc doanh nghiệp XKTS Việt Nam tại thị trường Nhật Bản là quy mụ sản xuất nhỏ và khả năng liờn kết giữa cỏc doanh nghiệp trong sản xuất và XKTS yếu nờn gặp khú khăn trong việc đỏp ứng cỏc đơn đặt hàng lớn hay cỏc yờu cầu thời gian giao hàng nhanh của khỏch hàng Nhật Bản. Bờn cạnh vấn đề chất lượng và kiểm soỏt chặt sản phẩm xuất khẩu, sản phẩm thuỷ sản vấn đề cạnh tranh cũng rất gay gắt, cỏc doanh nghiệp cũng cần hết sức lưu ý. Hiện nay vẫn cũn nhiều sản phẩm thuỷ sản nước ta ngày càng mất thế cạnh tranh so với cỏc nước trờn thương trường quốc tế. Cụ thể, tụm của ta thường bỏn thấp từ 0,1- 0,2 USD/kg so với Thỏi
Lan, trong khi giỏ đầu vào cao hơn từ 15%-20%. Đõy là cũng nguyờn nhõn gúp phần làm khú cho XK thuỷ sản.
Thứ ba, ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chớnh và suy thoỏi kinh
tế thế giới. Một trong những tỏc động tiờu cực lớn nhất, trực tiếp nhất, sớm
nhất đối với Việt Nam là lĩnh vực xuất, nhập khẩu ở tất cả cỏc mặt: thị trường, giỏ cả, thanh toỏn và nguồn hàng, trong đú nổi bật là thị trường và giỏ cả. Do kinh tế bị suy thoỏi, người tiờu dựng thắt chặt chi tiờu. Nhật Bản là thị trường xuất khẩu lớn thứ ba của Việt Nam trong năm 2008. Tuy nhiờn do ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng tài chớnh và suy thoỏi kinh tế thế giới nờn hầu như kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản của Việt Nam sang thị trường cỏc nước trờn thế giới đều giảm. Xuất khẩu vào EU đạt 2,2 tỷ USD, giảm 9,8%, hay giảm 239 triệu USD (chủ yếu là giày dộp, thuỷ sản, gỗ và sản phẩm gỗ), trong đú thuỷ sản đạt trờn 1 tỷ USD; giảm 7,1%. Thị trường Mỹ vẫn là thị trường xuất khẩu lớn nhất của Việt Nam đạt 2,3 tỷ USD, giảm 6,4% so với cựng kỳ năm trước tiếp đến ASEAN, Nhật Bản. Trong điều kiện những thị trường lớn nhất do kinh tế ớt bị suy thoỏi, nhu cầu tiờu dựng co lại, bị sụt giảm mạnh, thỡ cỏc doanh nghiệp xuất khẩu hàng thuỷ sản của Việt Nam đó tranh thủ mở rộng sang cỏc thị trường khỏc bị ảnh hưởng hơn để tăng xuất khẩu. Đõy là cỏch để hạn chế sự sụt giảm tốc độ tăng trưởng xuất khẩu trong điều kiện cỏc thị trường lớn cũn gặp khú khăn.
Thứ tư, năng lực sản xuất nhiều mặt hàng thuỷ sản đó đến ngưỡng,
khú cú khả năng tăng trưởng cao. Do sự mất cõn đối giữa cung và cầu nguyờn
liệu thuỷ sản cho chế biến hàng xuất khẩu, nhiều doanh nghiệp phải nhập khẩu nguyờn liệu nhiều hơn để chế biến. Nhiều nhà mỏy chế biến thuỷ sản cũng phải nhập khẩu thờm nguyờn liệu. Hiện nay nuụi trồng thuỷ sản rất tự phỏt, dẫn đến nguồn nguyờn liệu thuỷ sản chưa ổn định, việc nhập nguyờn liệu thuỷ sản sẽ làm cho giỏ cả hàng TSXK tăng cao ảnh hưởng đến cạnh tranh, đặc biệt là trong giai đoạn khú khăn này.