Giống FL478 có mang gen chịu mặn Saltol. Nhằm mục đích tìm kiếm chỉ thị có thể sử dụng để phát hiện gen chịu mặn trong các cá thể con lai chúng tôi tiến hành phản ứng PCR với ADN của các giống lúa FL478 và AS996. Tổng số 500 chỉ thị SSR trên 12 NST của lúa đã được sàng lọc để xác định các chỉ thị cho đa hình giữa các cây bố mẹ cho và nhận gen kháng. Trong số đó, có 52 chỉ thị nằm ở vùng gen Saltol đã được phân tích. Kết quả có 63 chỉ thị cho băng đa hình giữa giống
FL478 và AS996 (phụ lục 1). Kết quả này cho thấy tần số cho đa hình của các chỉ thị SSR đã phân tích với 2 giống AS996/FL478 là khá thấp (12,6%). Tất cả các chỉ thị này đã được sử dụng để phân tích sàng lọc các cá thể con lai ở những thế hệ BC1F1, BC2F1 và BC3F1.
Hình 6 cho thấy, hai giống FL478 và AS996 (giếng thứ tư và thứ sáu ở mỗi phần gel đối với từng chỉ thị) cho đa hình với các chỉ thị SO7053, G11, AP3206, S12055.
Hình 3.4 đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide cho thấy hai giống FL478 và AS996 cho đa hình với các chỉ thị RM18 và RM152.
Hình 6. Đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide 6%
Thứ tự giếng theo chỉ thị: 1.Q5; 2.Q5; 3.OM5472; 4.FL478; 5.IR64SUB1;
6.AS996; 7.KDDB; 8.BT
Chỉ thị: 1-8 SO7053; 9-16 G11; 17-24 AP3206; 25-32 S12055; 34-41 RM228; M: 42 25bp ladder
Hình 7. Đánh giá đa hình các giống bố mẹ trên gel polyacrylamide 4.5%
Thứ tự giếng theo chỉ thị:1.Q5; 2.Q5; 3.OM5472; 4. IR64SUB1; 5. FL478; 6.KDDB; 7.AS996; Chỉ thị: RM18; RM118; RM152; RM223; RM284
1 4 8 12 16 17 20 24 28 32 34 38 41
Hình 8. Bản đồ di truyền các chỉ thị SSR được sử dụng cho phân tích các cá thể
3.3. Phân tích các cá thể BC bằng phƣơng pháp MABC
3.3.1. Phân tích kiểu gen các cá thể thuộc thế hệ BC1F1 (AS996/FL478 x AS996) AS996)
Trên cơ sở bản đồ vùng QTL Saltol, những chỉ thị tốt nhất trong vùng QTL
Saltol là AP3206 và RM3412, chỉ thị hữu ích nhất là chỉ thị nằm rải rác 2 phía của Saltol là RM10694 và RM493, RM10793, trong khi các chỉ thị nằm gần đó có thể
sử dụng cho phép chọn lọc âm tính là RM490 nằm phía trên Saltol và RM7075 ở
phía dưới, các chỉ thị Microsatellite không liên kết với Saltol bao phủ cả NST này
cho đa hình giữa 2 giống cho nhận gen cũng có thể được sử dụng cho sàng lọc các cá thể tái tổ hợp di truyền và cho chọn lọc nền gen thể nhận. Có 42 chỉ thị SSR đã được phân tích cho sàng lọc thế hệ BC1F1. Việc sàng lọc gen đích đã tiến hành nhờ phân tích các cá thể với 3 chỉ thị AP3206, RM3412 và RM10793. Sau đó, các chỉ thị nằm 2 phía gần vùng Saltol đã được phân tích trong sàng lọc xác định các cây tái tổ hợp. Tổng số 500 cá thể đã được phân tích. Đã xác định được 245 cây mang gen đích Saltol.
Sàng lọc các cá thể BC1F1 với chỉ thị AP3206 cho thấy có 26/46 cá thể trên gel là dị hợp tử với locut AP3206. Các cá thể mang băng dị hợp tử sẽ được ghi nhận lại để phân tích. (Hình 3.6)
1 2 25 AS FL