M: ADN thang chuẩn; (-) mẫu âm tính (khơng bổ sung ADN khn); (+) mẫu có bổ sung ADN khn.
Hình ảnh điện di cho thấy, sản phẩm của phản ứng PCR có kích thước khoảng 270 bp, đúng với kích thước thiết kế cho đoạn ADN của gen Actin, mục tiêu của phản ứng LAMP. Kết quả điện di cũng cho thấy, phản ứng PCR hồn tồn khơng có băng phụ, khơng kéo vệt, chứng tỏ mẫu ADN khn có chất lượng tốt, ít đứt gãy, ít nhiễm tạp. Bên cạnh đó, đoạn ADN mã hóa Actin cũng cho thấy là gen bảo thủ, ít có sự biến đổi hoặc đa hình trong kích thước gen.
Bộ mồi cho phản ứng LAMP, sau khi được kiểm tra kích thước sản phẩm bằng PCR, được kiểm tra nhiệt độ gắn mồi phù hợp với ADN khn bằng cách thiết kế thí nghiệm LAMP với nhiệt độ gắn mồi từ 60°C đến 64°C. Sản phẩm của phản ứng được đánh giá thông qua sự thay đổi màu sắc của chất chỉ thị màu HNB, cho kết quả như hình sau.
Hình 24. Sự thay đổi màu sắc của HNB ở phản ứng LAMP với các nhiệt độ khác nhau
(-) mẫu âm tính (khơng bổ sung ADN khn); (+) mẫu có bổ sung ADN khuôn.
Dựa vào sự thay đổi màu sắc của HNB cho thấy, ở nhiệt độ 60°C, màu của HNB dường như khơng thay đổi giữa mẫu có bổ sung ADN của sắn và mẫu âm tính đối chứng. Ngược lại, các mẫu có bổ sung ADN sắn, màu của HNB nhạt dần khi nhiệt độ của phản ứng tăng dần từ 61°C đến 63°C, chứng tỏ khi tăng nhiệt dần thì hiệu quả khuếch đại gen cũng tăng dần. Tuy nhiên, khi tăng nhiệt độ phản ứng lên 64°C thì màu của HNB ở phản ứng dương tính (có bổ sung thêm ADN của sắn) lại đậm hơn so với trước đó, cho thấy, ở nhiệt độ này, phản ứng LAMP đã đi qua khoảng nhiệt độ tối ưu cho khả năng bắt cặp giữa mồi đặc hiệu và trình tự ADN khn. Kết quả này chứng tỏ rằng, nhiệt độ tối ưu cho phản ứng LAMP với các cặp mồi đặc hiệu cho gen Actin nằm trong khoảng 62°C-63°C. So sánh màu sắc của 2 mẫu này cho thấy có sự khác biệt khơng đáng kể, cho thấy, các cặp mồi cho Actin của sắn có thể phản ứng tốt ở 62°C hoặc 63°C.
Kiểm tra lại bằng điện di sản phẩm khuếch đại trên gel agarose 2%, nhuộm ethidium và hiển thị dưới ánh sáng tử ngoại có bước sóng 254 nm